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Le logiciel libre et la recherche publique partagent un objectif : le bien commun, au service de tous. Cette présentation revient sur cette «légende» urbaine qu'est le bien commun, et la science ouverte, pour essayer de les analyser à l'aide de l'exemple concret issu du monde de la recherche qui est celui de PAPPSO.
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PAPPSO s'est dotée d'une infrastructure informatique complète : réseau, serveurs, stockage, calcul et postes personnels, basée sur des systèmes et logiciels libres. Elle développe elle même plusieurs logiciels sous licence libre et en particulier toute la chaîne de traitement informatique des données protéomiques.
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Nous montrerons que ce choix s'est opéré naturellement. Il facilite la reproductibilité des traitements, apporte une maîtrise fine des logiciels et permet l'intégration de codes sources tiers.
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Nous verrons également comment l'agilité, intrinsèque au modèle de développement communautaire des logiciels libres et à l'emploi d'outils qui en sont nés et qui sont devenus universels (forges logicielles, systèmes de rapport de bogue, tests multiples, documentation), permet une efficacité scientifique accrue.
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Nous décortiquerons ensemble les liens fondamentaux entre recherche scientifique et culture libre, nous tenterons de défaire quelques fausses croyances et d'analyser les freins actuels au développement scientifique libre, afin de faciliter et de permettre une plus grande synergie entre les deux.
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