From 547dae6cd48a154a61898484a484f9901a4b7f0e Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rusconi Filippo Date: Wed, 6 Jul 2022 12:38:14 +0200 Subject: [PATCH] Modifications par Filippo. --- amue/article_amue.fodt | 79 ++++++++++++++++++++++++------------------ 1 file changed, 46 insertions(+), 33 deletions(-) diff --git a/amue/article_amue.fodt b/amue/article_amue.fodt index cfe4af8..fb81c51 100644 --- a/amue/article_amue.fodt +++ b/amue/article_amue.fodt @@ -1,28 +1,28 @@ - Olivier Langella2022-07-04T09:54:55.7765718442022-07-04T13:46:38.899678442Olivier LangellaPT1H27M48S6LibreOffice/7.0.4.2$Linux_X86_64 LibreOffice_project/00$Build-2 + Olivier Langella2022-07-04T09:54:55.7765718442022-07-06T12:37:58.044156812Filippo Matteo RusconiPT3H43M12S12LibreOffice/7.0.4.2$Linux_X86_64 LibreOffice_project/00$Build-2 - 19468 + 7163 0 - 26829 - 11236 + 37756 + 18971 true false view2 - 4914 - 26843 + 10377 + 22461 0 - 19468 - 26827 - 30702 + 7163 + 37754 + 26132 0 0 false - 151 + 130 false false @@ -85,7 +85,7 @@ true true - 1191711 + 1385359 true false @@ -145,14 +145,14 @@ - - + + - + @@ -163,17 +163,17 @@ - + - + - + @@ -234,7 +234,7 @@ - + @@ -246,6 +246,9 @@ + + + @@ -258,9 +261,21 @@ + + + + + + + + + + + + - - + + @@ -278,25 +293,23 @@ - version soumise : + Logiciels libres et recherche scientifique : à la recherche du bien commun - # Logiciels libres : à la recherche du bien commun + Le logiciel libre et la recherche publique partagent un même objectif : le bien commun, au service de tous. Les deux semblent faits l'un pour l'autre. Mais qu'en est-il en réalité? - Résumé - - Le logiciel libre et la recherche publique partagent un objectif : le bien commun, au service de tous. - Les deux semblent faits l'un pour l'autre. Mais qu'en est-il en réalité? - - Dans les laboratoires, sur le terrain, l’outil informatique est souvent basé sur des logiciels propriétaires, situation favorisée par les habitudes et les constructeurs de matériel scientifique qui ne fournissent les logiciels et le support que pour ces plateformes. + Dans les laboratoires, par exemple, l’outil informatique est souvent basé sur des logiciels propriétaires, à cause de l’inertie et des fabricants de matériel scientifique qui ne fournissent les logiciels et le support que pour la plateforme de bureautique dominante. - Au travers de l’exemple de la plateforme de protéomique PAPPSO (Plateforme d'Analyses Protéomique de Paris Sud-Ouest http://pappso.inra.fr/), nous avons démontré qu’une transition vers le logiciel libre était possible et que cela apporte de réels bénéfices à la « science ouverte ». + Au travers de l’exemple de la plateforme de protéomique PAPPSO (Plateforme d'Analyses Protéomique de Paris Sud-Ouest http://pappso.inra.fr/), nous avons démontré qu’une transition vers le logiciel libre était possible tout au bénéfice de la « Science ouverte ». - PAPPSO s'est dotée petit à petit, au fil des années et des besoins, d'une infrastructure informatique complète : réseau, serveurs, stockage, calcul et postes personnels, basée en totalité sur des systèmes et logiciels libres. De plus, la plateforme développe aujourd'hui elle même plusieurs logiciels sous licence libre et en particulier toute la chaîne de traitement informatique des données protéomiques, depuis leur sortie des instruments de mesure, jusqu'à leur analyse statistique finale : mineXpert2, X!TandemPipeline, MassChroQ, PROTICdb (liste complète des logiciels ici http://pappso.inra.fr/bioinfo/). + PAPPSO s'est dotée au fil des années et des besoins, d'une infrastructure informatique complète : réseau, serveurs, stockage, calcul et postes personnels, basée en totalité sur des systèmes d’exploitation et des logiciels libres. La plateforme développe elle-même plusieurs logiciels sous licence libre et en particulier toute la chaîne de traitement des données de protéomique, depuis leur production par les instruments jusqu'à leur analyse statistique finale : mineXpert2, X!TandemPipeline, MassChroQ, PROTICdb (liste complète des logiciels à http://pappso.inra.fr/bioinfo/). - Ce choix s'est opéré naturellement, et même inévitablement, dans un environnement scientifique où la maîtrise fine des logiciels est fondamentale, où il est indispensable d'assurer une haute reproductibilité des traitements, où l'objectif est d'optimiser pour améliorer le fonctionnement des logiciels, afin de faire avancer la recherche et la technique dans le domaine concerné. La maîtrise complète des outils apporte à PAPPSO une agilité extrême qui lui permet de développer ses propres idées et de s’adapter aux nouvelles techniques très rapidement sans remettre en cause toute son organisation. Le passage d’un fabricant de machine à un autre impliquait auparavant le remplacement de toute la chaîne de traitement des données et la formation aux nouveaux outils. Cela rendait le suivi des projets et la reproductibilité des résultats scientifique difficiles. Depuis 10 ans, le logiciel libre et l’utilisation des formats standards nous a permis d’assurer la continuité des projets. D’autre part, nous avons contribué à l’écosystème du logiciel libre en protéomique en proposant nos propres algorithmes et en utilisant les fonctionnalités développées par d’autres équipes en intégrant du code libre dans nos productions. + Ce choix s'est opéré inéluctablement, dans un environnement scientifique où la maîtrise fine des logiciels est consubstantielle à la reproductibilité des traitements, où leur optimisation en améliore le fonctionnement, pour, in fine, faire avancer les techniques et la recherche. Cette maîtrise apporte à PAPPSO une agilité extrême, lui permettant de développer ses propres idées, de s’adapter rapidement aux nouvelles techniques et aux nouveaux instruments sans fragilisation de son organisation. Depuis dix ans, le logiciel libre et l’utilisation des formats de données standard nous a ainsi permis d’assurer la continuité des projets, avec à la clef d’importantes contributions à l’écosystème du logiciel libre en protéomique (algorithmes novateurs), en partie grâce à la réutilisation de fonctionnalités libres développées par d’autres équipes. - De nombreux logiciels libres de pointe sont issus du monde de la recherche publique comme en témoigne en partie la forge du code source du secteur public. De nombreux logiciels connus et utilisés largement en sont issus : la distribution Debian GNU/Linux, le logiciel Inkscape, le langage OCAml, Scilab, Scenari, Sympa, Lodel, VLC qui est née d'un projet d'étudiants de Centrale Paris. - L'environnement de la recherche publique, éloigné d'impératifs économiques immédiats, en contact direct avec un milieu hautement qualifié, riche de par la diversité des savoirs et la qualité des échanges, constitue un atout pour le développement efficace de logiciels libres. C'est d'ailleurs cet environnement, ce savoir faire, que les entreprises privées apprécient et recherchent chez nous: nos capacités et notre force de développement sont uniques. Ne nous sous-estimons pas, et préservons nos spécificités. + De nombreux logiciels libres de pointe sont issus du monde de la recherche publique, comme en témoigne en partie la forge du code source du secteur public. De nombreux logiciels connus et utilisés largement en sont issus : la distribution Debian GNU/Linux, le langage OCaml, Scilab, Sympa, Lodel et VLC, ce dernier né d'un projet d'étudiants de l’Ecole centrale Paris. + + L'environnement de la recherche publique, éloigné d'impératifs économiques immédiats, en contact direct avec un milieu hautement qualifié, riche de par la diversité des savoirs et la qualité des échanges, constitue un atout pour le développement efficace des logiciels libres. C'est d'ailleurs cet environnement et ce savoir faire que les entreprises privées apprécient et recherchent dans le secteur public de la recherche. + +