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Olivier Langella 3 months ago
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Fonctionnement d'une plateforme d'analyse protéomique en mode libre
# Fonctionnement d'une plateforme d'analyse protéomique en mode libre
Présentation longue 30' + 10 minutes questions
# Objectif
présenter une démarche. Comment et pourquoi faire de utiliser des logiciels libres dans un contexte scientifique.
# Plan
* introduire le logiciel libre, mariage science / ouverture du code (recherche reproductible), public money public code, obligation éthique en science, pérennité, investissement rentable
* contexte de la plateforme : fabricants de spectromètres, éditeurs de logiciels scientifique. Adaptation permanente, incompatibilité des logiciels entre eux, perte d'expertise lors des changements de versions ou d'éditeur, analyse entre projets ou sur la durée difficile, coût des licences, maintenance, postes dédiés, nombre d'utilisateur restreint, nombre de CPU restreint.
* Expérience PAPPSO en 15 ans d'engagement FOSS : réinvestissement des gains en licence vers l'infrastructure, maitrise du déploiement, maitrise du SI matériel et logiciel, développements à façon, rationalisation des flux de données (production, analyse, archivage), réutilisation des données, compatibilité. Adaptation permanente à l'émergence de nouvelles techniques : comment PAPPSO a pu grâce aux logiciels libres, s'adapter et monter en puissance. gel2D, analyses shotgun, haut débit, explosion des données, métaprotéomique, mobilité ionique...
* Comment : compétences en admin sys/réseau, développement, scientifique, expertise technique dans la même équipe. Développement agile et ouvert.
* Conclusion : le FOSS est un atout pour la recherche. Un engagement réel est nécessaire pour garder la maitrise des SI au niveau des labos et au niveau national (éviter les solutions propriétaires pour la messagerie, visio...). L'ouverture du code est nécessaire pour pouvoir s'adapter et innover.
Réu BBB : Olivier, Eda, Filipo
Notes en vrac :
Fortes recommandation d'utiliser des licences libres + blabla

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