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Olivier Langella
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<text:h text:style-name="P48" text:outline-level="2">Affinités entre culture libre, communs et recherche publique</text:h>
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<text:p text:style-name="P20">La recherche publique vise <text:s/>à produire et à développer des connaissances, les améliorer sans cesse, puis les faire connaître et les transmettre au public, à travers les générations, constituant ainsi un savoir qui caractérise notre histoire et notre présent. La recherche scientifique est par essence incrémentale, en ce sens que toute nouveauté plonge ses racines dans un savoir établi. Pour que la recherche puisse être menée efficacement, il faut donc pouvoir accéder aux connaissances établies, idéalement sans aucune entrave d’aucun type.</text:p>
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<text:p text:style-name="P20">Des savoirs, <text:s/>des acquis librement disponibles pour servir de fondement au progrès, voici qui sert de fondation aux notions de logiciel libre et, plus largement, de bien libre. En effet, la notion d’accès libre à un corpus de savoirs n’est pas unique aux logiciels. Cette notion peut s’appliquer, en effet, à un logiciel, un service informatique en ligne, un document (article scientifique, livre, poème), un produit artistique, une semence végétale (graines libres de droit), un médicament libre, etc. Une œuvre, un bien libre est quelque chose dont on peut disposer librement (partage, modification pour adaptation ou amélioration, redistribution, etc). </text:p>
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<text:p text:style-name="P21">Si l’on songe à certains aspects de notre vie de tous les jours, la libre disposition de certains biens nous semble naturelle : l’air, le ciel, l’eau sont des ressources naturelles dont il nous paraît normal de disposer sans entrave. De la même manière, il nous semble naturel de pouvoir tirer parti de notre patrimoine culturel, musées, monuments, sites historiques. Ces ressources sont dites « les biens communs », expression souvent abrégée en « les communs ». <text:s/>Leur caractéristique principale est d’être partagés et gérés par la collectivité et de n’appartenir à personne d’autre qu’à la collectivité dans son ensemble <text:span text:style-name="T39">(Elinor Ostrom, prix Nobel en 2009 pour les sciences économiques, utilise dans <text:s/>ses travaux sur la théorie des communs l’expression « ressources de propriété commune » [7]).</text:span> <text:s/></text:p>
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<text:p text:style-name="P21">Si l’on songe à certains aspects de notre vie de tous les jours, la libre disposition de certains biens nous semble naturelle : l’air, le ciel, l’eau sont des ressources naturelles dont il nous paraît normal de disposer sans entrave. De la même manière, il nous semble naturel de pouvoir tirer parti de notre patrimoine culturel, musées, monuments, sites historiques. Ces ressources sont dites « les biens communs », expression souvent abrégée en « les communs ». <text:s/>Leur caractéristique principale est d’être partagés et gérés par la collectivité et de n’appartenir à personne d’autre qu’à la collectivité dans son ensemble <text:span text:style-name="T39">(Elinor Ostrom, prix Nobel en 2009 pour les sciences économiques, utilise dans <text:s/>ses travaux sur la théorie des communs l’expression « ressources de propriété commune » </text:span><text:span text:style-name="T39"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__2296_944871799">[6]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T39">).</text:span> <text:s/></text:p>
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<text:p text:style-name="P22">L’idée qu’une communauté se construise autour de biens communs peut être éclipsée, comme l’indique dans le domaine économique l’expression anglo-saxonne « the tragedy of the commons », qui décrit l’accaparement de ressources naturelles par des gens dans des sociétés où la régulation et le contrôle sont trop faibles. Depuis les années 2000, avec l’augmentaton vertigineuse des inégalités <text:soft-page-break/>sociales et la crise environnementale, une prise de conscience s’est opérée dans les sociétés, avec un renouveau de l’intérêt pour les communs comme socle de solidarité d’une société. L’état français publie depuis déjà des années des recommandations concernant l’emploi du Logiciel libre dans la fonctionne publique, par exemple, comme discuté ci-dessous.</text:p>
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<text:p text:style-name="P22"/>
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<text:h text:style-name="P49" text:outline-level="2"><text:s/>Recommandations institutionnelles et obligations légales en terme de publications de code source</text:h>
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<text:p text:style-name="P11">La recherche publique en France est financée (sources 2018) <text:s/>au moins à 75 % par des fonds publics français (MIRES, hors MIRES, Administrations), et parmi les 25 % restants on ne retrouve que 5 % de ressources contractuelles provenant <text:span text:style-name="T39">d’entreprises</text:span>, les autres 20 % sont un mélange de fonds publics étrangers, notamment européens, ressources propres telles que les prestations de services des structures de recherche elles mêmes, et enfin des ressources privées d’entreprises étrangères) [8]. <text:s/></text:p>
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<text:p text:style-name="P11">La recherche publique en France est financée (sources 2018) <text:s/>au moins à 75 % par des fonds publics français (MIRES, hors MIRES, Administrations), et parmi les 25 % restants on ne retrouve que 5 % de ressources contractuelles provenant <text:span text:style-name="T39">d’entreprises</text:span>, les autres 20 % sont un mélange de fonds publics étrangers, notamment européens, ressources propres telles que les prestations de services des structures de recherche elles mêmes, et enfin des ressources privées d’entreprises étrangères) <text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__2284_944871799">[7]</text:bookmark-ref>. <text:s/></text:p>
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<text:p text:style-name="P16"/>
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<text:p text:style-name="P34"><draw:frame draw:style-name="fr1" draw:name="Image2" text:anchor-type="char" svg:x="0cm" svg:y="0cm" svg:width="17cm" svg:height="8.227cm" draw:z-index="1"><draw:image draw:mime-type="image/png">
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<text:p text:style-name="P51"><text:soft-page-break/>Pour l’état, il s’agit d’un enjeu de souveraineté pour garantir au public l’accès aux données et la maitrise de la technologie. <text:s/>Dans les choix d’infrastructures et de réseaux en particuliers, nous voyons bien l’importance de l’utilisation des standards et de l’interopérabilité. Les standards du web, de la messagerie et des protocoles réseaux se sont imposés et ne sont plus discutés, mais il faut rester vigilant dans les choix que nous faisons pour les nouveaux usages : outils de visioconférence, d’édition de documents en ligne, suites logicielles pour le travail collaboratif. Il en va de notre indépendance stratégique et de la sécurité de nos données. </text:p>
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<text:p text:style-name="P37"/>
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<text:h text:style-name="Heading_20_1" text:outline-level="1"><text:span text:style-name="T44">Bilan</text:span><text:span text:style-name="T52"> </text:span></text:h>
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<text:p text:style-name="P13"><text:span text:style-name="T31">Le passage au </text:span><text:span text:style-name="T36">L</text:span><text:span text:style-name="T31">ogiciel libre pour </text:span><text:span text:style-name="T36">tous les besoins informatiques de </text:span><text:span text:style-name="T31">la plateforme PAPPSO a permis une maîtrise totale de ses outils, de</text:span><text:span text:style-name="T36">pui</text:span><text:span text:style-name="T35">s</text:span><text:span text:style-name="T31"> la production des données brutes </text:span><text:span text:style-name="T36">ju</text:span><text:span text:style-name="T35">s</text:span><text:span text:style-name="T36">qu’</text:span><text:span text:style-name="T31">à l’interprétation biologique. Les sommes importantes économisées en licences de logiciels propriétaires (20k€ par an) ont été investies dans la maintenance des ressources de calcul et de stockage. Le savoir faire développé par PAPPSO dans l’analyse protéomique à haut débit est reconnu au niveau international (129 articles citant MassChroQ depuis 2011, </text:span><text:span text:style-name="T32">publication d’un article de référence en métaprotéomique </text:span><text:span text:style-name="T32"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4411_4199412181">[6]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T35">)</text:span><text:span text:style-name="T32">. Toutes les analyses sont complètement vérifiables et reproductibles, les logiciels étant tous librement </text:span><text:span text:style-name="T36">téléchargeables, </text:span><text:span text:style-name="T32">sous licence GPLv3+</text:span><text:span text:style-name="T36">, sans demande préalable</text:span><text:span text:style-name="T32">.</text:span></text:p>
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<text:p text:style-name="P55"/>
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<text:p text:style-name="P13"><text:span text:style-name="T31">Le passage au </text:span><text:span text:style-name="T36">L</text:span><text:span text:style-name="T31">ogiciel libre pour </text:span><text:span text:style-name="T36">tous les besoins informatiques de </text:span><text:span text:style-name="T31">la plateforme PAPPSO a permis une maîtrise totale de ses outils, de</text:span><text:span text:style-name="T36">pui</text:span><text:span text:style-name="T35">s</text:span><text:span text:style-name="T31"> la production des données brutes </text:span><text:span text:style-name="T36">ju</text:span><text:span text:style-name="T35">s</text:span><text:span text:style-name="T36">qu’</text:span><text:span text:style-name="T31">à l’interprétation biologique. Les sommes importantes économisées en licences de logiciels propriétaires (20k€ par an) ont été investies dans la maintenance des ressources de calcul et de stockage. Le savoir faire développé par PAPPSO dans l’analyse protéomique à haut débit est reconnu au niveau international (129 articles citant MassChroQ depuis 2011, </text:span><text:span text:style-name="T32">publication d’un article de référence en métaprotéomique </text:span><text:span text:style-name="T32"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4411_4199412181">[8]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T35">)</text:span><text:span text:style-name="T32">. Toutes les analyses sont complètement vérifiables et reproductibles, les logiciels étant tous librement </text:span><text:span text:style-name="T36">téléchargeables, </text:span><text:span text:style-name="T32">sous licence GPLv3+</text:span><text:span text:style-name="T36">, sans demande préalable</text:span><text:span text:style-name="T32">.</text:span></text:p>
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<text:p text:style-name="P56"/>
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<text:p text:style-name="P36">Cet exemple n’est pas unique, de nombreux logiciels produits dans le domaine de la recherche en France sont maintenant ouverts (https://code.gouv.fr/). Un effort immense est mis en œuvre pour faciliter la réutilisation des données (OpenData). Le choix de l’ouverture peut être difficile pour de nombreuses raisons (changement des habitudes, prise de responsabilité, adhésion des collègues…), mais il s’accorde parfaitement avec les besoins de la science et représente sur le long terme un<text:span text:style-name="T39">e</text:span> réelle opportunité pour valoriser nos compétences et nos savoir faire.</text:p>
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<text:p text:style-name="P36"/>
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<text:p text:style-name="Standard"><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://communs.numerique.gouv.fr/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P52"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4219_4199412181"/><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://communs.numerique.gouv.fr/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T39">Rusconi</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://communs.numerique.gouv.fr/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"> F. Free Open Source Software for Protein and Peptide Mass Spectrometry- based Science. Curr Protein Pept Sci, 2 (22) 134-147, 2021 ; https://doi.org/10.2174/1389203722666210118160946</text:a><text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4219_4199412181"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P53"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4321_4199412181"/><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://communs.numerique.gouv.fr/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">Langella O. , Valot B., Jacob D., Balliau T., Flores R., Hoogland C., Joets J., Zivy M.. (2013) Management and dissemination of MS proteomic data with PROTICdb: Example of a quantitative comparison between methods of protein extraction. Proteomics, 9 (13) 1457-66</text:a><text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4321_4199412181"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P54"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4321_4199412181"/><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://communs.numerique.gouv.fr/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">Langella O. , Valot B., Jacob D., Balliau T., Flores R., Hoogland C., Joets J., Zivy M.. (2013) Management and dissemination of MS proteomic data with PROTICdb: Example of a quantitative comparison between methods of protein extraction. Proteomics, 9 (13) 1457-66</text:a><text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4321_4199412181"/></text:p>
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