From 89b4e0bc8715981b402eb4add16007f347fd662d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Olivier Langella Date: Thu, 6 Jan 2022 13:19:56 +0100 Subject: [PATCH] bibliographie OK --- article_jres_olivier_amoi.fodt | 122 +++++---------------------------- 1 file changed, 18 insertions(+), 104 deletions(-) diff --git a/article_jres_olivier_amoi.fodt b/article_jres_olivier_amoi.fodt index 9e6876c..30103f1 100644 --- a/article_jres_olivier_amoi.fodt +++ b/article_jres_olivier_amoi.fodt @@ -1,10 +1,10 @@ - 2021-02-15T09:17:10.478673722PT2H56M9S35LibreOffice/7.0.4.2$Linux_X86_64 LibreOffice_project/00$Build-2Modèle et mini-guideModèle Jres 20212022-01-06T13:05:17.862077205Olivier Langella + 2021-02-15T09:17:10.478673722PT3H10M36S47LibreOffice/7.0.4.2$Linux_X86_64 LibreOffice_project/00$Build-2Modèle et mini-guideModèle Jres 20212022-01-06T13:19:51.607419200Olivier Langella - 214335 + 119606 0 36826 14619 @@ -13,12 +13,12 @@ view2 - 26162 - 227274 + 13718 + 127108 0 - 214335 + 119606 36825 - 228953 + 134223 0 0 false @@ -1750,7 +1750,7 @@ - JRES 2021 – Marseille8/8 + JRES 2021 – Marseille5/5 @@ -1931,7 +1931,7 @@ Le document sera finalement transformé en format « Portable Document Format » (.pdf) pour la phase finale de publication. Taille des articlesTransition des logiciels propriétaires au Logiciel libre L’article doit faire entre 5 et 10 pages.Le passage progressif au Logiciel libre a permis une rationalisation de l’utilisation des ressources informatiques. Nous sommes passés de postes dédiés à licence unique pour usage unique à une infrastructure collective combinant stockage, calcul et enchaînement des traitements depuis n’importe quel poste de travail. - Durant la période 2005–2015, notre travail a été facilité par la définition de formats standards en protéomique, l’émergence de nombreux logiciels libres dans le domaine (cf http://dx.doi.org/10.2174/1389203722666210118160946) et le développement en interne de nouvelles solutions logicielles (PROTICdb, mineXpert2, X!TandemPipeline, MassChroQ). + Durant la période 2005–2015, notre travail a été facilité par la définition de formats standards en protéomique, l’émergence de nombreux logiciels libres dans le domaine [1]et le développement en interne de nouvelles solutions logicielles (PROTICdb [2], mineXpert2 [3], X!TandemPipeline [4], MassChroQ [5]). Choix du système d'exploitation Le choix de PAPPSO s’est porté d’abord sur la distribution GNU/Linux Ubuntu, puis sur Debian. Un groupe de développeurs officiels Debian, dont un auteur de ce rapport, s'attache à fournir dans la distribution de nombreux logiciels pour la chimie, et en particulier pour la spectrométrie de masse ("team debichem"). L'intérêt principal de la distribution Debian est la richesse de son offre logicielle qui permet de disposer d'un socle de fonctionnalités robuste couvrant les exigences "serveur" et les impératifs "bureautique". Tous les logiciels développés par PAPPSO sont disponibles sous forme de paquets Debian dans des dépôts publics. Le déploiement des logiciels sur les serveurs et les postes de travail de l’équipe est ainsi totalement automatisé. Stockage @@ -1939,7 +1939,7 @@ Le système de stockage des données de spectrométrie de masse doit permettre une adaptation en continu de la volumétrie d'espace disque disponible ainsi que les meilleures performances en lecture et écriture. Les solutions classiques de type NAS ont été écartées pour éviter la dépendance matérielle et les problèmes liés au renouvellement des équipements. Dès 2011, nous avons été parmi les premiers à faire confiance à une solution nouvelle de stockage distribué: Ceph. La principale caractéristique de ce système de stockage est de ne requérir que des serveurs standard. La flexibilité et l'adaptabilité de ce système à des besoins perpétuellement en évolution en ont fait la solution la plus robuste que nous connaissions. - + Figure 1– Evolution des besoins de stockage de la plateforme en To/an, comparée à l’évolution des disques durs Calcul La plateforme PAPPSO est spécialisée dans les traitements en protéomique haut débit (nombreux échantillons à traiter dans les plus brefs délais). Pour assurer la disponibilité de nos moyens de calcul à l’ensemble des utilisateurs, nous utilisons le gestionnaire de processus HTCondor. @@ -1954,114 +1954,28 @@ La dernière « rupture technologique » a été l’apparition du timsTOF Pro du fabricant Bruker. Cet appareil dispose d’une fréquence d’acquisition 10 fois supérieure à celle de la génération précédente ainsi que d’une nouvelle dimension de séparation des peptides (mobilité ionique). Fait unique depuis les débuts de la protéomique, Bruker nous a confié les spécifications techniques de son format de fichier de données. Cela nous a permis d’adapter MassChroQ pour pouvoir utiliser de manière native les données obtenues sur cet instrument. Notre savoir faire en développment C++ nous a ainsi permis d'obtenir des gains de performances remarquables par rapport aux logiciels commerciaux, ainsi que de meilleurs résultats scientifiques. Bilan - Le passage au Logiciel libre pour tous les besoins informatiques de la plateforme PAPPSO a permis une maîtrise totale de ses outils, depuis la production des données brutes jusqu’à l’interprétation biologique. Les sommes importantes économisées en licences de logiciels propriétaires (20k€ par an) ont été transférées dans la maintenance des ressources de calcul et de stockage. Le savoir faire développé par PAPPSO dans l’analyse protéomique haut débit est reconnu au niveau international (129 articles citant MassChroQ depuis 2011, publication d’un article de référence en métaprotéomique Nature communications , 2021). Toutes les analyses sont complètement vérifiables et reproductibles, les logiciels étant tous librement téléchargeables, sous licence GPLv3, sans demande préalable. + Le passage au Logiciel libre pour tous les besoins informatiques de la plateforme PAPPSO a permis une maîtrise totale de ses outils, depuis la production des données brutes jusqu’à l’interprétation biologique. Les sommes importantes économisées en licences de logiciels propriétaires (20k€ par an) ont été transférées dans la maintenance des ressources de calcul et de stockage. Le savoir faire développé par PAPPSO dans l’analyse protéomique haut débit est reconnu au niveau international (129 articles citant MassChroQ depuis 2011, publication d’un article de référence en métaprotéomique [6]). Toutes les analyses sont complètement vérifiables et reproductibles, les logiciels étant tous librement téléchargeables, sous licence GPLv3, sans demande préalable. - Présentation générale - Le style fourni et utilisé dans ce document est dérivé de celui de base de LibreOffice. - Les quelques modifications sont regroupées dans la hiérarchie de styles « → Jres », sous le style de paragraphe par défaut. Autant que possible, l’auteur doit s’y conformer. Les fontes utilisées sont celles fournies par LibreOffice et ainsi disponibles en standard sur chaque plate-forme (Windows, Mac, Linux & BSD). - Utiliser les styles définis - Chaque élément qui compose le document doit être lié à un style bien précis : les titres, les figures, les bibliographies… - Pour appliquer le style (taille et police) qui correspond, il suffit de se positionner sur la ligne ou bien de sélectionner la chaîne de caractères et dans le bandeau en haut en gauche du menu de sélectionner le style correspondant. Ainsi, le style lui sera automatiquement appliqué. Il est important de respecter le style fourni ; non seulement l’homogénéité des numérotations des titres, sous-titres, figures est respectée, mais cela garantit aussi que votre article soit homogène avec le reste de la conférence. - Le document ne devrait quasiment pas faire usage de formatage direct. L’option « Effacer le formatage direct » permet de s’assurer que les styles définis sont bien appliqués sans modifications. - Polices - La police de base est de type Liberation Serif en 12 points. - Les titres utilisent, selon la section, des déclinaisons de Liberation Sans de 20, 14 et 12 points avec numérotation arabe, rappel du numéro de section et séparation par un point. La couleur bleu sombre RGB (0,51,95), #00335F est utilisée. - Les titres de niveaux inférieurs à 3 sont à éviter, pour des raisons de lisibilité. - Le code source est Liberation Mono 8 points. - L’utilisation du style approprié ajoute le cadre et grise le fond. - Les notes de bas de page sont en 8 points1 - Comme ceci. - Typographie - Les auteurs s’attacheront, dans la mesure du possible, à respecter les règles typographiques françaises. - En particulier, ils veilleront à utiliser des espaces insécables avant les ponctuations hautes (; : ! ?) et des guillemets français («»). - Il est suggéré aux auteurs de lire les leçons de typographie [1]de Jacques André. - Bibliographie - La bibliographie sera réalisée avec le style « Bibliographie – Liste de références » avec des numéros et dans l’ordre d’apparition dans le texte. - Pour faire référence à un élément de cette liste, il faut insérer un « Renvoi » en sélectionnant dans la partie « Paragraphes numérotés » le numéro de la référence de cet élément, par exemple Erreur : source de la référence non trouvée. - - - Pour les articles d’une revue, on indiquera obligatoirement les auteurs, le titre de l’article, la revue, le numéro, le volume, l’année et le mois. Voir Erreur : source de la référence non trouvée. - - - Pour les articles dans les actes d’un congrès, on mentionnera obligatoirement les auteurs, le titre de l’article, le titre des actes, l’année. Voir Erreur : source de la référence non trouvée : (le mois et le lieu sont facultatifs mais conseillés). - - - Pour les livres, on citera obligatoirement le ou les auteurs, le titre, l’éditeur et l’année (il est conseillé de rajouter le lieu d’édition) Erreur : source de la référence non trouvée. - - - Adresses électroniques - Pour diminuer les risques de moissonnage, aucune adresse mail ne figurera dans l’article. - Pour les références à des pages web, il conviendra d’utiliser le menu « Insertion/Hyperlien » disponible dans le menu de LibreOffice, par exemple comme ceci : http://www.jres.org. - Mise en page - Tout comme le respect des règles de typographie, la mise en page du document est parfois négligée. Un document soigné augmente le confort de lecture et permet de se concentrer sur le fond plutôt que la forme : l’article n’en sera que plus apprécié. - Marques de formatage - Pour s’assurer d’une bonne qualité de composition du document, il est conseillé d’utiliser l’affichage des marques de formatage. Son activation permet de mieux détecter quelques erreurs souvent peu visibles (doubles espaces, retours de lignes ou caractères parasites). - - iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAACAAAAAyCAYAAAA9ZNlkAAAACXBIWXMAAA7HAAAOwwFc/upy - AAABUUlEQVR4nGP5+/fvf4YBBCwDafmoA0YdMOqAUQeMOgDsgAuvB9gB4pwDVxe9/M44CKJg - 1AGjDiBG0Z+//xiOX3vGcOb2S4bnb78x/PzzlyjDJ2TYMzAyMlLmgI/ffjLM2nKJ4cnbrwQt - FOLlYFCVEmBQlRZkUJHiJ2g5QQeAfI7PcpgPC2YcZPj//z9DXbQ5UZYS7QBQsBPjc0oAXgec - ufWSppYTdMCLD98H1gH0AHgdICHAyfDg1WfaOgCUenEBEzUJvA5A14vPLOz6CYSAhaYEw4kb - wJzwhnY5Aa8DWJiZGFK9dBlmb7tMM0cQTIT8XOwMhYFGDCeuv2A4DcyWz99/Zfj5m7iimCoO - AAFmYEhY60iBMQgUzjxEcnxT5ABaglEHjDpg1AFkOaA/3Q4vn+YOoCYYUAeAStORHQKDwwEv - vg2wA/RFBnSwfBBEwYh3AAAof3HPQZH9CQAAAABJRU5ErkJggg== - - - Figure 2– Bouton du bandeau supérieur à activer - Figures - Les figures sont de préférence insérées à proximité du texte qui y fait référence. Elles sont numérotées et suivies d’une légende explicite, en italique, non gras, à l’aide du style « Légende – Figure ». Le texte peut alors y faire référence ainsi : Erreur : source de la référence non trouvée. Il est déconseillé de créer des liens d’objets dynamiques. Il conviendra plutôt d’utiliser le menu « Insertion/Image » disponible dans le menu de LibreOffice. - En cas d’insertion de figure contenant des couleurs, il est souhaitable d’en assurer la lisibilité sur une imprimante noir et blanc. - Puces et listes numérotées - Si les styles « Puce 1 » et « Liste » sont utilisés, voici quelques exemples qu’il est utile de rappeler et de respecter. - Que ce soit pour les puces ou les listes numérotées, il est conseillé de n’utiliser que deux niveaux. - - - exemple de niveau 1 pour les puces (style « Liste à puces ») ; - - - exemple de niveau 2 pour les puces (style « Liste à puces – Niveau 2 ») ; - - - - - deuxième exemple de niveau 1 pour les puces. - - - - - exemple de niveau 1 pour les listes numérotées (style « Liste numérotée ») ; - - - exemple de niveau 2 pour les listes numérotées (style « Liste numérotée – Niveau 2 ») ; - - - deuxième exemple de niveau 2 pour les listes numérotées ; - - - - - deuxième exemple de niveau 1 pour les listes numérotées. - - - Annexe - Les auteurs ajoutent, si nécessaire, une annexe avec une section non numérotée. Bibliographie - Langella O, Rusconi F. mineXpert2: Full-Depth Visualization and Exploration of MSn Mass Spectrometry Data. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 4 (32) 1138-114, mars 2021 ; https://doi.org/10.1021/jasms.0c00402 + Rusconi F. Free Open Source Software for Protein and Peptide Mass Spectrometry- based Science. Curr Protein Pept Sci, 2 (22) 134-147, 2021 ; https://doi.org/10.2174/1389203722666210118160946 - Rusconi F. Free Open Source Software for Protein and Peptide Mass Spectrometry- based Science. Curr Protein Pept Sci, 2 (22) 134-147, 2021 ; https://doi.org/10.2174/1389203722666210118160946 + Langella O. , Valot B., Jacob D., Balliau T., Flores R., Hoogland C., Joets J., Zivy M.. (2013) Management and dissemination of MS proteomic data with PROTICdb: Example of a quantitative comparison between methods of protein extraction. Proteomics, 9 (13) 1457-66 - Valot B, Langella O, Nano E, Zivy M. MassChroQ: a versatile tool for mass spectrometry quantification. Proteomics, 17 (11) 3572-3577, juin 2011 ; https://doi.org/10.1002/pmic.201100120 + Langella O, Rusconi F. mineXpert2: Full-Depth Visualization and Exploration of MSn Mass Spectrometry Data. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 4 (32) 1138-114, mars 2021 ; https://doi.org/10.1021/jasms.0c00402 - Langella O, Valot B, Balliau T, Blein-Nicolas M, Bonhomme L, Zivy M. X!TandemPipeline: A Tool to Manage Sequence Redundancy for Protein Inference and Phosphosite Identification. J. Proteome Res., 2 (16) 494-503, décembre 2016 ; https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.6b00632 + Langella O, Valot B, Balliau T, Blein-Nicolas M, Bonhomme L, Zivy M. X!TandemPipeline: A Tool to Manage Sequence Redundancy for Protein Inference and Phosphosite Identification. J. Proteome Res., 2 (16) 494-503, décembre 2016 ; https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.6b00632 - Van Den Bossche T, Kunath BJ, Schallert K, Schäpe SS, Abraham PE, Armengaud J, Arntzen M, Bassignani A, Benndorf D, Fuchs S, Giannone RJ, Griffin TJ, Hagen LH, Halder R, Henry C, Hettich RL, Heyer R, Jagtap P, Jehmlich N, Jensen M, Juste C, Kleiner M, Langella O, Lehmann T, Leith E, May P, Mesuere B, Miotello G, Peters SL, Pible O, Queiros PT, Reichl U, Renard BY, Schiebenhoefer H, Sczyrba A, Tanca A, Trappe K, Trezzi JP, Uzzau S, Verschaffelt P, von Bergen M, Wilmes P, Wolf M, Martens L, Muth T. Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows. Nature Communiations, 1 (12) 7305, décembre 2021 ; https://doi.org/10.1038/s41467-021-27542-8 + Valot B, Langella O, Nano E, Zivy M. MassChroQ: a versatile tool for mass spectrometry quantification. Proteomics, 17 (11) 3572-3577, juin 2011 ; https://doi.org/10.1002/pmic.201100120 + + + Van Den Bossche T, Kunath BJ, Schallert K, Schäpe SS, Abraham PE, Armengaud J, Arntzen M, Bassignani A, Benndorf D, Fuchs S, Giannone RJ, Griffin TJ, Hagen LH, Halder R, Henry C, Hettich RL, Heyer R, Jagtap P, Jehmlich N, Jensen M, Juste C, Kleiner M, Langella O, Lehmann T, Leith E, May P, Mesuere B, Miotello G, Peters SL, Pible O, Queiros PT, Reichl U, Renard BY, Schiebenhoefer H, Sczyrba A, Tanca A, Trappe K, Trezzi JP, Uzzau S, Verschaffelt P, von Bergen M, Wilmes P, Wolf M, Martens L, Muth T. Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows. Nature Communiations, 1 (12) 7305, décembre 2021 ; https://doi.org/10.1038/s41467-021-27542-8