From ad8c3fde56f3bd3f547b9524a0c42b341c4adbbb Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Olivier Langella <olivier.langella@u-psud.fr>
Date: Wed, 5 Jan 2022 09:27:11 +0100
Subject: [PATCH] ma vie

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-       <dc:creator>Olivier Langella</dc:creator>
-       <dc:date>2022-01-04T17:44:03</dc:date>
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       <office:change-info>
        <dc:creator>R. electeur.</dc:creator>
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     <text:sequence-decl text:display-outline-level="0" text:name="Figure"/>
    </text:sequence-decls>
-   <text:p text:style-name="Title"><text:span text:style-name="T21">Modèle</text:span> de l’article JRES</text:p>
+   <text:p text:style-name="Title"><text:span text:style-name="T24">Modèle</text:span> de l’article JRES</text:p>
    <text:p text:style-name="Auteurs">Prénom Nom de l’auteur 1</text:p>
    <text:p text:style-name="Laboratoire">Laboratoire ou service</text:p>
    <text:p text:style-name="Adresse"><text:span text:style-name="T49">38</text:span> rue de l’adresse</text:p>
@@ -2256,40 +2314,40 @@
    <text:p text:style-name="Adresse"><text:span text:style-name="T49">11</text:span> <text:span text:style-name="T42">avenue</text:span> d<text:span text:style-name="T42">u</text:span> <text:span text:style-name="T42">comité</text:span></text:p>
    <text:p text:style-name="Adresse"><text:span text:style-name="T34">67 000</text:span> <text:span text:style-name="T34">Strasbourg</text:span></text:p>
    <text:p text:style-name="Titre_20_résumé">Résumé</text:p>
-   <text:p text:style-name="Résumé"><text:change-start text:change-id="ct94241686289456"/>Ce document résume les instructions aux auteurs de la conférence JRES.</text:p>
-   <text:p text:style-name="Résumé"><text:change-end text:change-id="ct94241686289456"/><text:change-start text:change-id="ct94241685539232"/>Le Logiciel libre et la recherche publique partagent un objectif : le bien commun, au service de tous. Cette présentation revient sur ce que sont le bien commun et la science ouverte pour essayer de les analyser à l&apos;aide de l&apos;exemple de la plateforme scientifique Analyses protéomiques de Paris Sud-Ouest(PAPPSO).<text:line-break/>PAPPSO s&apos;est dotée d&apos;une infrastructure informatique complète basée exclusivement sur du Logiciel libre : réseau, serveurs, stockage, calcul et postes personnels. Elle développe plusieurs logiciels sous licence libre, dont ceux qui forment la chaîne de traitement des données de spectrométrie de masse. Ce choix naturel facilite la reproductibilité des traitements, apporte la maîtrise des logiciels et permet l&apos;intégration de code source tiers.<text:line-break/>L&apos;apport majeur du Logiciel libre à la recherche publique permet l&apos;utilisation des réseaux et systèmes informatiques. Scientifiquement, l&apos;ouverture du code source et la liberté d&apos;utilisation des logiciels garantissent l&apos;échange des données, leur réutilisation et leur vérification par les pairs. Cet ensemble forme un bien commun protégé par des licences. De nombreux laboratoires y contribuent en utilisant ou en produisant des logiciels libres, comme en témoigne en partie la forge du code source du secteur public (<text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://code.etalab.gouv.fr/" office:target-frame-name="_blank" xlink:show="new" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">https://code.etalab.gouv.fr</text:a>).<text:line-break/>Comment contribuer efficacement ? Quelles sont les recommandations et obligations pour les établissements publics ? Quelle licence choisir ? Comment une licence copyleft peut-elle aussi séduire les partenaires privés ? Nous apporterons des réponses et des éléments de réflexion pour corriger quelques fausses croyances et promouvoir la construction collective d&apos;une culture libre, au service du bien commun.<text:change-end text:change-id="ct94241685539232"/><text:change-start text:change-id="ct94241685920480"/>Le résumé doit faire de quinze à vingt lignes. <text:span text:style-name="T30">Comme le reste du document, i</text:span><text:span text:style-name="T27">l utilise la </text:span><text:span text:style-name="T28">feuille de style Jres ; ici, </text:span><text:span text:style-name="T27">définition de</text:span><text:span text:style-name="T12"> style « </text:span><text:span text:style-name="T26">Résumé » : </text:span>écrit<text:span text:style-name="T26">ure</text:span> en italique, police avec empattement en taille 12 points. Le titre <text:span text:style-name="T26">utilisant le style </text:span>« <text:span text:style-name="T26">Titre r</text:span>ésumé » (ainsi que le titre « Mots-clefs » ci-dessous) sont en 14 points, gras, sans empattement.<text:change-end text:change-id="ct94241685920480"/></text:p>
+   <text:p text:style-name="Résumé"><text:change-start text:change-id="ct94691391234048"/>Ce document résume les instructions aux auteurs de la conférence JRES.</text:p>
+   <text:p text:style-name="Résumé"><text:change-end text:change-id="ct94691391234048"/><text:change-start text:change-id="ct94691391347952"/>Le Logiciel libre et la recherche publique partagent un objectif : le bien commun, au service de tous. Cette présentation revient sur ce que sont le bien commun et la science ouverte pour essayer de les analyser à l&apos;aide de l&apos;exemple de la plateforme scientifique Analyses protéomiques de Paris Sud-Ouest(PAPPSO).<text:line-break/>PAPPSO s&apos;est dotée d&apos;une infrastructure informatique complète basée exclusivement sur du Logiciel libre : réseau, serveurs, stockage, calcul et postes personnels. Elle développe plusieurs logiciels sous licence libre, dont ceux qui forment la chaîne de traitement des données de spectrométrie de masse. Ce choix naturel facilite la reproductibilité des traitements, apporte la maîtrise des logiciels et permet l&apos;intégration de code source tiers.<text:line-break/>L&apos;apport majeur du Logiciel libre à la recherche publique permet l&apos;utilisation des réseaux et systèmes informatiques. Scientifiquement, l&apos;ouverture du code source et la liberté d&apos;utilisation des logiciels garantissent l&apos;échange des données, leur réutilisation et leur vérification par les pairs. Cet ensemble forme un bien commun protégé par des licences. De nombreux laboratoires y contribuent en utilisant ou en produisant des logiciels libres, comme en témoigne en partie la forge du code source du secteur public (<text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://code.etalab.gouv.fr/" office:target-frame-name="_blank" xlink:show="new" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">https://code.etalab.gouv.fr</text:a>).<text:line-break/>Comment contribuer efficacement ? Quelles sont les recommandations et obligations pour les établissements publics ? Quelle licence choisir ? Comment une licence copyleft peut-elle aussi séduire les partenaires privés ? Nous apporterons des réponses et des éléments de réflexion pour corriger quelques fausses croyances et promouvoir la construction collective d&apos;une culture libre, au service du bien commun.<text:change-end text:change-id="ct94691391347952"/><text:change-start text:change-id="ct94691391364592"/>Le résumé doit faire de quinze à vingt lignes. <text:span text:style-name="T30">Comme le reste du document, i</text:span><text:span text:style-name="T27">l utilise la </text:span><text:span text:style-name="T28">feuille de style Jres ; ici, </text:span><text:span text:style-name="T27">définition de</text:span><text:span text:style-name="T12"> style « </text:span><text:span text:style-name="T26">Résumé » : </text:span>écrit<text:span text:style-name="T26">ure</text:span> en italique, police avec empattement en taille 12 points. Le titre <text:span text:style-name="T26">utilisant le style </text:span>« <text:span text:style-name="T26">Titre r</text:span>ésumé » (ainsi que le titre « Mots-clefs » ci-dessous) sont en 14 points, gras, sans empattement.<text:change-end text:change-id="ct94691391364592"/></text:p>
    <text:p text:style-name="Titre_20_Mots-clés">Mots-clefs</text:p>
-   <text:p text:style-name="Mots-clefs"><text:change-start text:change-id="ct94241686268048"/><text:span text:style-name="T56">logiciel libre, </text:span><text:change-end text:change-id="ct94241686268048"/><text:change-start text:change-id="ct94241682927264"/><text:span text:style-name="T56">IPV6, PKI, CMS, </text:span><text:span text:style-name="T51">Calmar</text:span><text:span text:style-name="T56">…</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241682927264"/><text:change-start text:change-id="ct94241686252176"/><text:span text:style-name="T56">licences</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241686252176"/><text:change-start text:change-id="ct94241687658832"/><text:span text:style-name="T56">, </text:span><text:span text:style-name="T57">protéomique</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241687658832"/></text:p>
-   <text:h text:style-name="Heading_20_1" text:outline-level="1"><text:change-start text:change-id="ct94241684474496"/>Introduction<text:change-end text:change-id="ct94241684474496"/><text:change-start text:change-id="ct94241655966208"/><text:span text:style-name="T22">Plateforme d’analyses protéomique</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241655966208"/><text:change-start text:change-id="ct94241654109328"/><text:span text:style-name="T22">s</text:span></text:h>
-   <text:p text:style-name="P37"><text:span text:style-name="T56">La protéomique </text:span><text:change-end text:change-id="ct94241654109328"/><text:change-start text:change-id="ct94241684437568"/><text:span text:style-name="T56">est l’étude de l’ensemble des protéines produites par une cellule, un organe ou un organisme dans des conditions particulières ou en réponse à un traitement. Elle permet de </text:span><text:span text:style-name="T57">répondre à de nombreuses questions biologiques</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241684437568"/><text:change-start text:change-id="ct94241656804576"/><text:span text:style-name="T57">, </text:span><text:change-end text:change-id="ct94241656804576"/><text:change-start text:change-id="ct94241683639296"/><text:span text:style-name="T11">Conformément au </text:span>document « Instructions aux auteurs », <text:span text:style-name="T11">l</text:span>e format <text:span text:style-name="T11">natif de </text:span>LibreOffice <text:span text:style-name="T11">(.odt)</text:span> sera utilisé durant <text:span text:style-name="T12">toute </text:span>la phase de relecture avec le comité de programme.</text:p>
-   <text:p text:style-name="P37"><text:span text:style-name="T11">L</text:span>e <text:span text:style-name="T11">présent fichier tient lieu de </text:span>modèle <text:span text:style-name="T12">pour les </text:span><text:span text:style-name="T11">article</text:span><text:span text:style-name="T37">s</text:span><text:span text:style-name="T11"> destiné</text:span><text:span text:style-name="T12">s</text:span><text:span text:style-name="T11"> aux </text:span><text:span text:style-name="T12">JRES, </text:span><text:span text:style-name="T11">rédigé</text:span><text:span text:style-name="T12">s</text:span><text:span text:style-name="T11"> avec </text:span><text:span text:style-name="T12">LibreOffice</text:span>. <text:span text:style-name="T11">Il contient également </text:span><text:span text:style-name="T51">quelques</text:span><text:span text:style-name="T11"> </text:span>instructions <text:span text:style-name="T12">sur le cycle de vie de ce document et </text:span><text:span text:style-name="T51">d</text:span><text:span text:style-name="T12">es conseils</text:span> de <text:span text:style-name="T11">mise en page.</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241683639296"/><text:change-start text:change-id="ct94241577929152"/><text:span text:style-name="T57">de comprendre la physiologie ou différentes pathologie dans de nombreuses espèces ou groupes d’</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241577929152"/><text:change-start text:change-id="ct94241687867232"/><text:span text:style-name="T57">espèces (métaprotéomique). On peut connaître les protéines impliquées dans un processus biologique, ainsi que leur quantité et en déduire les caractéristiques de certains génomes ou lignées, comprendre la réponse physiologique liée à un stress par exemple.</text:span></text:p>
-   <text:p text:style-name="P36"><text:change-end text:change-id="ct94241687867232"/><text:change-start text:change-id="ct94241688314896"/><text:soft-page-break/>Depuis 1997, date d’apparition du terme « protéomique », les techniques utilisées n’ont cessée<text:change-end text:change-id="ct94241688314896"/><text:change-start text:change-id="ct94241656323872"/> d’évoluer.<text:change-end text:change-id="ct94241656323872"/><text:change-start text:change-id="ct94241687775680"/> <text:span text:style-name="T58">Dans une expérience de protéomique, les échantillons biolo</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241687775680"/><text:change-start text:change-id="ct94241686001344"/><text:span text:style-name="T58">giques sont préparés, les protéines extraites, séparées par chromatographie, et analysées par spectrométrie de </text:span><text:change-end text:change-id="ct94241686001344"/><text:change-start text:change-id="ct94241670136928"/><text:span text:style-name="T58">masse.</text:span></text:p>
-   <text:p text:style-name="P38"><text:change-end text:change-id="ct94241670136928"/><text:change-start text:change-id="ct94241682897632"/>Les analyses en spectrométrie de masse produisent de grande quantité des données<text:change-end text:change-id="ct94241682897632"/><text:change-start text:change-id="ct94241687743680"/>, dans des formats propriétaires. <text:change-end text:change-id="ct94241687743680"/><text:change-start text:change-id="ct94241686316832"/>Ces données sont elles mêmes traitées le plus souvent par d’autres logiciels propriétaires. <text:change-end text:change-id="ct94241686316832"/><text:change-start text:change-id="ct94241656757536"/>Ces formats ne sont pas pérennes dans le temps<text:change-end text:change-id="ct94241656757536"/><text:change-start text:change-id="ct94241634092736"/>. Les licences sont <text:change-end text:change-id="ct94241634092736"/><text:change-start text:change-id="ct94241684568208"/>coûteuses, <text:span text:style-name="T59">l’interopérabilité entre logiciels est très limitée.</text:span></text:p>
-   <text:p text:style-name="P40"><text:change-end text:change-id="ct94241684568208"/><text:change-start text:change-id="ct94241696231792"/><text:span text:style-name="T59">Depuis 2005, La </text:span><text:change-end text:change-id="ct94241696231792"/><text:change-start text:change-id="ct94241696027920"/><text:span text:style-name="T59">plateforme scientifique Analyses protéomiques de Paris Sud-Ouest (PAPPSO) a fait le choix du logiciel libre pour</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241696027920"/><text:change-start text:change-id="ct94241682863584"/><text:span text:style-name="T59"> garantir la pérennité de ses chaînes de traitement, la reproductibilité des expérience</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241682863584"/><text:change-start text:change-id="ct94241634009792"/><text:span text:style-name="T59">s et </text:span><text:change-end text:change-id="ct94241634009792"/><text:change-start text:change-id="ct94241683870208"/><text:span text:style-name="T59">capitalisation de son savoir faire.</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241683870208"/><text:change-start text:change-id="ct94241696296800"/></text:p>
-   <text:p text:style-name="P39">Il est recommandé d’utiliser <text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">la dernière version stable de Libre Office (au moment de la rédaction, v</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T55">7</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">.</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T55">0</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">.</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T55">4</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">)</text:a>.</text:p>
-   <text:p text:style-name="P40"><text:span text:style-name="T13">L</text:span>e document sera <text:span text:style-name="T13">finalement </text:span>transformé en format « Portable Document Format » (.pdf) pour la phase finale de publication.<text:change-end text:change-id="ct94241696296800"/></text:p>
-   <text:h text:style-name="P25" text:outline-level="2"><text:change-start text:change-id="ct94241697347840"/>Taille des articles<text:change-end text:change-id="ct94241697347840"/><text:change-start text:change-id="ct94241696920528"/><text:span text:style-name="T24">Transition du logiciel propriétaire au logiciel libre</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241696920528"/></text:h>
-   <text:p text:style-name="P41"><text:change-start text:change-id="ct94241653954560"/>L’article doit faire entre 5 et 10 pages.<text:change-end text:change-id="ct94241653954560"/><text:change-start text:change-id="ct94241634007888"/><text:span text:style-name="T60">Le passage progressif aux logiciels libres a permis une rationalisation de l’utilisation des ressources in</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241634007888"/><text:change-start text:change-id="ct94241686685328"/><text:span text:style-name="T60">formatiques. Nous sommes passés de postes dédiés, à licences uniques, usage unique </text:span><text:span text:style-name="T61">pour un traitement particulier</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241686685328"/><text:change-start text:change-id="ct94241684102176"/><text:span text:style-name="T61"> à une infrastructure collective combinant stockage, calcul et enchaînement </text:span><text:change-end text:change-id="ct94241684102176"/><text:change-start text:change-id="ct94241654501104"/><text:span text:style-name="T61">des traitements depuis n’importe quel poste de travail.</text:span></text:p>
-   <text:p text:style-name="P42"><text:change-end text:change-id="ct94241654501104"/><text:change-start text:change-id="ct94241696355216"/><text:span text:style-name="T62">Durant la période 2005 – 2015, notre travail a été facilité par la définition de formats </text:span><text:change-end text:change-id="ct94241696355216"/><text:change-start text:change-id="ct94241684528752"/><text:span text:style-name="T62">standards en protéomique, l’</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241684528752"/><text:change-start text:change-id="ct94241682851952"/><text:span text:style-name="T62">émergence de nombreux logiciels libres dans le domaine </text:span><text:span text:style-name="T63">(cf http://dx.doi.org/10.2174/1389203722666210118160946)</text:span><text:span text:style-name="T62"> et le développement en interne de nouvelles solutions </text:span><text:span text:style-name="T63">(PROTICdb, MassChroQ, X!TandemPipeline, </text:span><text:change-end text:change-id="ct94241682851952"/><text:change-start text:change-id="ct94241695927392"/>mineXpert2<text:span text:style-name="T63">)</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241695927392"/><text:change-start text:change-id="ct94241683557024"/><text:span text:style-name="T62">.</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241683557024"/><text:change-start text:change-id="ct94241629604144"/></text:p>
-   <text:h text:style-name="P29" text:outline-level="2"><text:change-end text:change-id="ct94241629604144"/><text:change-start text:change-id="ct94241696105920"/><text:span text:style-name="T23">Système</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241696105920"/><text:change-start text:change-id="ct94241697593936"/></text:h>
-   <text:p text:style-name="P42"><text:span text:style-name="T63">Le choix de PAPPSO</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241697593936"/><text:change-start text:change-id="ct94241637892576"/><text:span text:style-name="T63"> s’est porté d’abord sur Ubuntu puis sur Debian. Grâce au travail du groupe « Debichem » de nombreux logiciel</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241637892576"/><text:change-start text:change-id="ct94241628391600"/><text:span text:style-name="T63">s nécessaires aux analyses de protéomique sont déjà disponibles. La distribution Debian offre un socle commun côté serveur et bureautique côté client.</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241628391600"/><text:change-start text:change-id="ct94241685094160"/><text:span text:style-name="T63"> </text:span><text:change-end text:change-id="ct94241685094160"/><text:change-start text:change-id="ct94241696335008"/><text:span text:style-name="T64">La plateforme diffuse ses propres logiciels sous forme de paque</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241696335008"/><text:change-start text:change-id="ct94241696209088"/><text:span text:style-name="T64">ts Debian dans un dépôt accessible publiquement. Cela permet le déploiement complet sur les serveurs et les pos</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241696209088"/><text:change-start text:change-id="ct94241637913760"/><text:span text:style-name="T64">tes de travail de l’équipe.</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241637913760"/><text:change-start text:change-id="ct94241633391808"/></text:p>
-   <text:h text:style-name="P29" text:outline-level="2"><text:span text:style-name="T24">S</text:span><text:span text:style-name="T23">tockage</text:span></text:h>
-   <text:p text:style-name="P43"><text:change-end text:change-id="ct94241633391808"/><text:change-start text:change-id="ct94241687589888"/>Les besoins en <text:change-end text:change-id="ct94241687589888"/><text:change-start text:change-id="ct94241657532816"/>stockage de la plateforme évoluent constamment en fonction des progrès techniques. <text:s/>La fréquence d<text:change-end text:change-id="ct94241657532816"/><text:change-start text:change-id="ct94241696971088"/>’acquisition et la résolution des spectromètres de masse permettent à chaque génération de grandes avancées<text:change-end text:change-id="ct94241696971088"/><text:change-start text:change-id="ct94241697137712"/> pour augmenter le nombre de protéines identifiées et quantifiées dans des échantillons de plus en plus complexes.<text:change-end text:change-id="ct94241697137712"/><text:change-start text:change-id="ct94241697172128"/></text:p>
-   <text:p text:style-name="P43">Le système de stockage doit permettre <text:change-end text:change-id="ct94241697172128"/><text:change-start text:change-id="ct94241696653552"/>une adaptation en continue de la volumétrie disponible ainsi que des performances en lecture/écriture. Les solutions <text:change-end text:change-id="ct94241696653552"/><text:change-start text:change-id="ct94241696984352"/>classiques de type NAS ont été écartées pour éviter la dépendance<text:change-end text:change-id="ct94241696984352"/><text:change-start text:change-id="ct94241688322624"/> matérielle et les problèmes liés aux renouvellement des équipements.</text:p>
-   <text:p text:style-name="P43">Depuis 2011, nous utilisons le stockage distri<text:change-end text:change-id="ct94241688322624"/><text:change-start text:change-id="ct94241687488944"/>bué basé sur ceph. <text:span text:style-name="T65">Il apporte une grande</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241687488944"/><text:change-start text:change-id="ct94241695938416"/><text:span text:style-name="T65"> flexibilité et une adaptation rapide aux besoins en utilisant des serveurs standards.</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241695938416"/><text:change-start text:change-id="ct94241657776960"/></text:p>
-   <text:h text:style-name="P30" text:outline-level="2">Calcul</text:h>
-   <text:p text:style-name="P44"><text:change-end text:change-id="ct94241657776960"/><text:change-start text:change-id="ct94241657854288"/>La plateforme PAPPSO est spécialisée dans les traitements en protéomique haut débit (nomb<text:change-end text:change-id="ct94241657854288"/><text:change-start text:change-id="ct94241697764928"/>reux échantillons). Pour assurer la disponibilité de nos moyens de calculs à l’ensemble des utilisateurs<text:change-end text:change-id="ct94241697764928"/><text:change-start text:change-id="ct94241633410160"/>, <text:change-end text:change-id="ct94241633410160"/><text:change-start text:change-id="ct94241665822944"/>nous utilisons le gestionnaire <text:change-end text:change-id="ct94241665822944"/><text:change-start text:change-id="ct94241685092640"/>de processus HTCondor.</text:p>
-   <text:p text:style-name="P44"><text:soft-page-break/>Les besoins en calcul évoluent eux aussi en fonction <text:change-end text:change-id="ct94241685092640"/><text:change-start text:change-id="ct94241696811152"/>des instruments utilisés. Avec l’évolution des techniques, de nouvelles possibilités sont apparues dans le traitement <text:change-end text:change-id="ct94241696811152"/><text:change-start text:change-id="ct94241633056032"/>de données en protéomique exigeant elles aussi des capacités de calculs supplémentaires. Les machines dédiées au calcul doivent être ainsi renouvelées régu<text:change-end text:change-id="ct94241633056032"/><text:change-start text:change-id="ct94241688322352"/>lièrement et intégrées au fur et à mesure (comme pour le stockage).<text:change-end text:change-id="ct94241688322352"/></text:p>
-   <text:h text:style-name="P23" text:outline-level="1">Cycle de vie de l’article<text:change-start text:change-id="ct94241633137488"/><text:span text:style-name="T64">ne</text:span><text:change-end text:change-id="ct94241633137488"/></text:h>
-   <text:h text:style-name="P26" text:outline-level="2">Interaction avec les relecteurs</text:h>
-   <text:p text:style-name="P7"><text:span text:style-name="T29">Avant d’aboutir à l’article final </text:span><text:span text:style-name="T38">qui sera bon à publier</text:span><text:span text:style-name="T29">, un cycle de relectures puis corrections va se dérouler. </text:span>Le <text:span text:style-name="T29">mode </text:span><text:span text:style-name="T32">de </text:span>suivi des modifications, <text:span text:style-name="T32">(non activé par défaut dans LibreOffice)</text:span> est indispensable pour effectuer un suivi et des échanges de qualité <text:span text:style-name="T8">avec les relecteurs.</text:span></text:p>
-   <text:h text:style-name="P26" text:outline-level="2">Données d’identité du document</text:h>
-   <text:p text:style-name="P7"><text:span text:style-name="T47">Pour assurer </text:span><text:span text:style-name="T44">la qualité du suivi de l’article, </text:span><text:span text:style-name="T5">il est </text:span><text:span text:style-name="T44">obligatoire</text:span><text:span text:style-name="T5"> </text:span><text:span text:style-name="T47">de renseigner</text:span><text:span text:style-name="T5"> le champ « auteur » du document </text:span><text:span text:style-name="T6">(</text:span><text:span text:style-name="T47">a</text:span><text:span text:style-name="T6">ccessible via Outils → Options→ Données d’identité).</text:span><text:span text:style-name="T5"> </text:span><text:span text:style-name="T47">Toute modification ou commentaire portera alors </text:span><text:span text:style-name="T42">le </text:span><text:span text:style-name="T47">véritable </text:span><text:span text:style-name="T42">nom de l’</text:span><text:span text:style-name="T47">auteur au lieu d’</text:span><text:span text:style-name="T42">« auteur inconnu ».</text:span></text:p>
-   <text:h text:style-name="P26" text:outline-level="2"><office:annotation office:name="__Annotation__2357_3016128363" loext:resolved="false">
+   <text:p text:style-name="Mots-clefs"><text:change-start text:change-id="ct94691391368416"/><text:span text:style-name="T56">logiciel libre, </text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391368416"/><text:change-start text:change-id="ct94691391368656"/><text:span text:style-name="T56">IPV6, PKI, CMS, </text:span><text:span text:style-name="T51">Calmar</text:span><text:span text:style-name="T56">…</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391368656"/><text:change-start text:change-id="ct94691391368896"/><text:span text:style-name="T56">licences</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391368896"/><text:change-start text:change-id="ct94691391369136"/><text:span text:style-name="T56">, </text:span><text:span text:style-name="T57">protéomique</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391369136"/></text:p>
+   <text:h text:style-name="Heading_20_1" text:outline-level="1"><text:change-start text:change-id="ct94691391277728"/>Introduction<text:change-end text:change-id="ct94691391277728"/><text:change-start text:change-id="ct94691391197920"/><text:span text:style-name="T23">Plateforme d’analyses protéomique</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391197920"/><text:change-start text:change-id="ct94691391357456"/><text:span text:style-name="T23">s</text:span></text:h>
+   <text:p text:style-name="P12"><text:span text:style-name="T56">La protéomique </text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391357456"/><text:change-start text:change-id="ct94691391358528"/><text:span text:style-name="T56">est l’étude de l’ensemble des protéines produites par une cellule, un organe ou un organisme dans des conditions particulières ou en réponse à un traitement. Elle permet de </text:span><text:span text:style-name="T57">répondre à de nombreuses questions biologiques</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391358528"/><text:change-start text:change-id="ct94691391354496"/><text:span text:style-name="T57">, </text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391354496"/><text:change-start text:change-id="ct94691391402848"/><text:span text:style-name="T11">Conformément au </text:span>document « Instructions aux auteurs », <text:span text:style-name="T11">l</text:span>e format <text:span text:style-name="T11">natif de </text:span>LibreOffice <text:span text:style-name="T11">(.odt)</text:span> sera utilisé durant <text:span text:style-name="T12">toute </text:span>la phase de relecture avec le comité de programme.</text:p>
+   <text:p text:style-name="P12"><text:span text:style-name="T11">L</text:span>e <text:span text:style-name="T11">présent fichier tient lieu de </text:span>modèle <text:span text:style-name="T12">pour les </text:span><text:span text:style-name="T11">article</text:span><text:span text:style-name="T37">s</text:span><text:span text:style-name="T11"> destiné</text:span><text:span text:style-name="T12">s</text:span><text:span text:style-name="T11"> aux </text:span><text:span text:style-name="T12">JRES, </text:span><text:span text:style-name="T11">rédigé</text:span><text:span text:style-name="T12">s</text:span><text:span text:style-name="T11"> avec </text:span><text:span text:style-name="T12">LibreOffice</text:span>. <text:span text:style-name="T11">Il contient également </text:span><text:span text:style-name="T51">quelques</text:span><text:span text:style-name="T11"> </text:span>instructions <text:span text:style-name="T12">sur le cycle de vie de ce document et </text:span><text:span text:style-name="T51">d</text:span><text:span text:style-name="T12">es conseils</text:span> de <text:span text:style-name="T11">mise en page.</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391402848"/><text:change-start text:change-id="ct94691391416144"/><text:span text:style-name="T57">de comprendre la physiologie ou différentes pathologie dans de nombreuses espèces ou groupes d’</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391416144"/><text:change-start text:change-id="ct94691391420272"/><text:span text:style-name="T57">espèces (métaprotéomique). On peut connaître les protéines impliquées dans un processus biologique, ainsi que leur quantité et en déduire les caractéristiques de certains génomes ou lignées, comprendre la réponse physiologique liée à un stress par exemple.</text:span></text:p>
+   <text:p text:style-name="P11"><text:change-end text:change-id="ct94691391420272"/><text:change-start text:change-id="ct94691391421232"/><text:soft-page-break/>Depuis 1997, date d’apparition du terme « protéomique », les techniques utilisées n’ont cessée<text:change-end text:change-id="ct94691391421232"/><text:change-start text:change-id="ct94691391421856"/> d’évoluer.<text:change-end text:change-id="ct94691391421856"/><text:change-start text:change-id="ct94691391422096"/> <text:span text:style-name="T58">Dans une expérience de protéomique, les échantillons biolo</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391422096"/><text:change-start text:change-id="ct94691391421568"/><text:span text:style-name="T58">giques sont préparés, les protéines extraites, séparées par chromatographie, et analysées par spectrométrie de </text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391421568"/><text:change-start text:change-id="ct94691391423520"/><text:span text:style-name="T58">masse.</text:span></text:p>
+   <text:p text:style-name="P13"><text:change-end text:change-id="ct94691391423520"/><text:change-start text:change-id="ct94691391423760"/>Les analyses en spectrométrie de masse produisent de grande quantité des données<text:change-end text:change-id="ct94691391423760"/><text:change-start text:change-id="ct94691391424000"/>, dans des formats propriétaires. <text:change-end text:change-id="ct94691391424000"/><text:change-start text:change-id="ct94691391424240"/>Ces données sont elles mêmes traitées le plus souvent par d’autres logiciels propriétaires. <text:change-end text:change-id="ct94691391424240"/><text:change-start text:change-id="ct94691391424480"/>Ces formats ne sont pas pérennes dans le temps<text:change-end text:change-id="ct94691391424480"/><text:change-start text:change-id="ct94691391424720"/>. Les licences sont <text:change-end text:change-id="ct94691391424720"/><text:change-start text:change-id="ct94691391426464"/>coûteuses, <text:span text:style-name="T59">l’interopérabilité entre logiciels est très limitée.</text:span></text:p>
+   <text:p text:style-name="P15"><text:change-end text:change-id="ct94691391426464"/><text:change-start text:change-id="ct94691391426704"/><text:span text:style-name="T59">Depuis 2005, La </text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391426704"/><text:change-start text:change-id="ct94691391427232"/><text:span text:style-name="T59">plateforme scientifique Analyses protéomiques de Paris Sud-Ouest (PAPPSO) a fait le choix du logiciel libre pour</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391427232"/><text:change-start text:change-id="ct94691391427520"/><text:span text:style-name="T59"> garantir la pérennité de ses chaînes de traitement, la reproductibilité des expérience</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391427520"/><text:change-start text:change-id="ct94691391428320"/><text:span text:style-name="T59">s et </text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391428320"/><text:change-start text:change-id="ct94691391428560"/><text:span text:style-name="T59">capitalisation de son savoir faire.</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391428560"/><text:change-start text:change-id="ct94691391429792"/></text:p>
+   <text:p text:style-name="P14">Il est recommandé d’utiliser <text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">la dernière version stable de Libre Office (au moment de la rédaction, v</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T55">7</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">.</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T55">0</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">.</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T55">4</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">)</text:a>.</text:p>
+   <text:p text:style-name="P15"><text:span text:style-name="T13">L</text:span>e document sera <text:span text:style-name="T13">finalement </text:span>transformé en format « Portable Document Format » (.pdf) pour la phase finale de publication.<text:change-end text:change-id="ct94691391429792"/></text:p>
+   <text:h text:style-name="P34" text:outline-level="2"><text:change-start text:change-id="ct94691391433664"/>Taille des articles<text:change-end text:change-id="ct94691391433664"/><text:change-start text:change-id="ct94691391433904"/><text:span text:style-name="T21">Transition du logiciel propriétaire au logiciel libre</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391433904"/></text:h>
+   <text:p text:style-name="P16"><text:change-start text:change-id="ct94691391396112"/>L’article doit faire entre 5 et 10 pages.<text:change-end text:change-id="ct94691391396112"/><text:change-start text:change-id="ct94691391362832"/><text:span text:style-name="T60">Le passage progressif aux logiciels libres a permis une rationalisation de l’utilisation des ressources in</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391362832"/><text:change-start text:change-id="ct94691391355584"/><text:span text:style-name="T60">formatiques. Nous sommes passés de postes dédiés, à licences uniques, usage unique </text:span><text:span text:style-name="T61">pour un traitement particulier</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391355584"/><text:change-start text:change-id="ct94691391413536"/><text:span text:style-name="T61"> à une infrastructure collective combinant stockage, calcul et enchaînement </text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391413536"/><text:change-start text:change-id="ct94691391309504"/><text:span text:style-name="T61">des traitements depuis n’importe quel poste de travail.</text:span></text:p>
+   <text:p text:style-name="P17"><text:change-end text:change-id="ct94691391309504"/><text:change-start text:change-id="ct94691391309136"/><text:span text:style-name="T62">Durant la période 2005 – 2015, notre travail a été facilité par la définition de formats </text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391309136"/><text:change-start text:change-id="ct94691391306928"/><text:span text:style-name="T62">standards en protéomique, l’</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391306928"/><text:change-start text:change-id="ct94691391403952"/><text:span text:style-name="T62">émergence de nombreux logiciels libres dans le domaine </text:span><text:span text:style-name="T63">(cf http://dx.doi.org/10.2174/1389203722666210118160946)</text:span><text:span text:style-name="T62"> et le développement en interne de nouvelles solutions </text:span><text:span text:style-name="T63">(PROTICdb, MassChroQ, X!TandemPipeline, </text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391403952"/><text:change-start text:change-id="ct94691391399456"/>mineXpert2<text:span text:style-name="T63">)</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391399456"/><text:change-start text:change-id="ct94691391415008"/><text:span text:style-name="T62">.</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391415008"/><text:change-start text:change-id="ct94691391343008"/></text:p>
+   <text:h text:style-name="P47" text:outline-level="2"><text:change-end text:change-id="ct94691391343008"/><text:change-start text:change-id="ct94691391410704"/>Système<text:change-end text:change-id="ct94691391410704"/><text:change-start text:change-id="ct94691391316128"/></text:h>
+   <text:p text:style-name="P17"><text:span text:style-name="T63">Le choix de PAPPSO</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391316128"/><text:change-start text:change-id="ct94691391357200"/><text:span text:style-name="T63"> s’est porté d’abord sur Ubuntu puis sur Debian. Grâce au travail du groupe « Debichem » de nombreux logiciel</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391357200"/><text:change-start text:change-id="ct94691391356096"/><text:span text:style-name="T63">s nécessaires aux analyses de protéomique sont déjà disponibles. La distribution Debian offre un socle commun côté serveur et bureautique côté client.</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391356096"/><text:change-start text:change-id="ct94691391315392"/><text:span text:style-name="T63"> </text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391315392"/><text:change-start text:change-id="ct94691391315024"/><text:span text:style-name="T64">La plateforme diffuse ses propres logiciels sous forme de paque</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391315024"/><text:change-start text:change-id="ct94691391412064"/><text:span text:style-name="T64">ts Debian dans un dépôt accessible publiquement. Cela permet le déploiement complet sur les serveurs et les pos</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391412064"/><text:change-start text:change-id="ct94691391400720"/><text:span text:style-name="T64">tes de travail de l’équipe.</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391400720"/><text:change-start text:change-id="ct94691391319440"/></text:p>
+   <text:h text:style-name="P38" text:outline-level="2"><text:span text:style-name="T21">S</text:span><text:span text:style-name="T18">tockage</text:span></text:h>
+   <text:p text:style-name="P18"><text:change-end text:change-id="ct94691391319440"/><text:change-start text:change-id="ct94691391408000"/>Les besoins en <text:change-end text:change-id="ct94691391408000"/><text:change-start text:change-id="ct94691391319072"/>stockage de la plateforme évoluent constamment en fonction des progrès techniques. <text:s/>La fréquence d<text:change-end text:change-id="ct94691391319072"/><text:change-start text:change-id="ct94691391319808"/>’acquisition et la résolution des spectromètres de masse permettent à chaque génération de grandes avancées<text:change-end text:change-id="ct94691391319808"/><text:change-start text:change-id="ct94691391403248"/> pour augmenter le nombre de protéines identifiées et quantifiées dans des échantillons de plus en plus complexes.<text:change-end text:change-id="ct94691391403248"/><text:change-start text:change-id="ct94691391394848"/></text:p>
+   <text:p text:style-name="P18">Le système de stockage doit permettre <text:change-end text:change-id="ct94691391394848"/><text:change-start text:change-id="ct94691391409312"/>une adaptation en continue de la volumétrie disponible ainsi que des performances en lecture/écriture. Les solutions <text:change-end text:change-id="ct94691391409312"/><text:change-start text:change-id="ct94691391356800"/>classiques de type NAS ont été écartées pour éviter la dépendance<text:change-end text:change-id="ct94691391356800"/><text:change-start text:change-id="ct94691391401184"/> matérielle et les problèmes liés aux renouvellement des équipements.</text:p>
+   <text:p text:style-name="P18">Depuis 2011, nous utilisons le stockage distri<text:change-end text:change-id="ct94691391401184"/><text:change-start text:change-id="ct94691391405520"/>bué basé sur ceph. <text:span text:style-name="T65">Il apporte une grande</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391405520"/><text:change-start text:change-id="ct94691391440224"/><text:span text:style-name="T65"> flexibilité et une adaptation rapide aux besoins en utilisant des serveurs standards.</text:span><text:change-end text:change-id="ct94691391440224"/><text:change-start text:change-id="ct94691391397408"/></text:p>
+   <text:h text:style-name="P39" text:outline-level="2">Calcul</text:h>
+   <text:p text:style-name="P19"><text:change-end text:change-id="ct94691391397408"/><text:change-start text:change-id="ct94691391320912"/>La plateforme PAPPSO est spécialisée dans les traitements en protéomique haut débit (nomb<text:change-end text:change-id="ct94691391320912"/><text:change-start text:change-id="ct94691391320544"/>reux échantillons). Pour assurer la disponibilité de nos moyens de calculs à l’ensemble des utilisateurs<text:change-end text:change-id="ct94691391320544"/><text:change-start text:change-id="ct94691391321648"/>, <text:change-end text:change-id="ct94691391321648"/><text:change-start text:change-id="ct94691391323856"/>nous utilisons le gestionnaire <text:change-end text:change-id="ct94691391323856"/><text:change-start text:change-id="ct94691391323120"/>de processus HTCondor.</text:p>
+   <text:p text:style-name="P19"><text:soft-page-break/>Les besoins en calcul évoluent eux aussi en fonction <text:change-end text:change-id="ct94691391323120"/><text:change-start text:change-id="ct94691391322384"/>des instruments utilisés. Avec l’évolution des techniques, de nouvelles possibilités sont apparues dans le traitement <text:change-end text:change-id="ct94691391322384"/><text:change-start text:change-id="ct94691391443552"/>de données en protéomique exigeant elles aussi des capacités de calculs supplémentaires. Les machines dédiées au calcul doivent être ainsi renouvelées régu<text:change-end text:change-id="ct94691391443552"/><text:change-start text:change-id="ct94691391443872"/>lièrement et intégrées au fur et à mesure (comme pour le stockage).<text:change-end text:change-id="ct94691391443872"/></text:p>
+   <text:h text:style-name="P44" text:outline-level="1">Evolution sur 10 ans</text:h>
+   <text:h text:style-name="P49" text:outline-level="2">Matériel</text:h>
+   <text:p text:style-name="P59">L’<text:span text:style-name="T67">intégration de nouvelles machines de calcul ou de stockage s’est faite de manière transparente. Nous sommes passés d’une capacité de stockage initiale de 18To (3 serveurs R515, disques de 3To) en 2011 à une capacité de 917To (8 serveurs hétérogènes). Le réseau est passé du 1Gb cuivre au 10Gb SFP+. Il n’y a pas eu de transfert de données/migration, pas de modification de l’architecture logique pour les utilisateurs. Le système de fichier cephfs permet un accès direct aux données depuis chaque nœud de calcul, les performances ont suivies les évolutions matérielles (augmentation du débit, augmentation des capacités de calcul). La résistance aux pannes a été mise à rude épreuve (panne électrique, disques ou erreurs humaines) et nous n’avons pas eu de perte de données.</text:span></text:p>
+   <text:h text:style-name="P50" text:outline-level="2">Logiciel</text:h>
+   <text:p text:style-name="P7"><text:span text:style-name="T68">Le choix initial </text:span><text:span text:style-name="T47">Pour assurer </text:span><text:span text:style-name="T44">la qualité du suivi de l’article, </text:span><text:span text:style-name="T5">il est </text:span><text:span text:style-name="T44">obligatoire</text:span><text:span text:style-name="T5"> </text:span><text:span text:style-name="T47">de renseigner</text:span><text:span text:style-name="T5"> le champ « auteur » du document </text:span><text:span text:style-name="T6">(</text:span><text:span text:style-name="T47">a</text:span><text:span text:style-name="T6">ccessible via Outils → Options→ Données d’identité).</text:span><text:span text:style-name="T5"> </text:span><text:span text:style-name="T47">Toute modification ou commentaire portera alors </text:span><text:span text:style-name="T42">le </text:span><text:span text:style-name="T47">véritable </text:span><text:span text:style-name="T42">nom de l’</text:span><text:span text:style-name="T47">auteur au lieu d’</text:span><text:span text:style-name="T42">« auteur inconnu ».</text:span></text:p>
+   <text:h text:style-name="P35" text:outline-level="2"><office:annotation office:name="__Annotation__2357_3016128363" loext:resolved="false">
      <dc:creator>R. electeur.</dc:creator>
      <dc:date>2021-02-15T09:21:22.019120447</dc:date>
      <meta:creator-initials>Re</meta:creator-initials>
-     <text:p text:style-name="P45"><text:span text:style-name="T66">Ceci est un commentaire</text:span></text:p>
+     <text:p text:style-name="P63"><text:span text:style-name="T69">Ceci est un commentaire</text:span></text:p>
     </office:annotation>Les co<text:span text:style-name="T30">m</text:span><text:span text:style-name="T50">m</text:span>entaires<office:annotation-end office:name="__Annotation__2357_3016128363"/></text:h>
    <text:p text:style-name="P7">Ils permettent d’ajouter une vignette visible sur tout ou partie du texte. <text:span text:style-name="T10">E</text:span><text:span text:style-name="T9">n tant qu’auteur, </text:span><text:span text:style-name="T30">i</text:span><text:span text:style-name="T9">ls </text:span><text:span text:style-name="T10">vous seront utiles</text:span><text:span text:style-name="T9">, mais c’est également un moyen pratique </text:span><text:span text:style-name="T30">de dialogue entre auteurs et </text:span><text:span text:style-name="T9">relecteurs pour discuter de morceaux précis du texte.</text:span></text:p>
    <text:p text:style-name="P7">Il suffit de positionner son curseur ou de sélectionner une chaîne de caractères et d’ouvrir le menu contextuel avec un clic-droit.</text:p>
@@ -2513,20 +2571,20 @@
        </draw:frame>Figure <text:sequence text:ref-name="refFigure0" text:name="Figure" text:formula="ooow:Figure+1" style:num-format="1">1</text:sequence><text:s/>– Ajouter un commentaire</text:p>
      </draw:text-box>
     </draw:frame></text:p>
-   <text:h text:style-name="P26" text:outline-level="2">Utilisation du mode suivi des modifications</text:h>
+   <text:h text:style-name="P35" text:outline-level="2"><text:soft-page-break/>Utilisation du mode suivi des modifications</text:h>
    <text:p text:style-name="P7"><text:span text:style-name="T29">Il est nécessaire de procéder</text:span> en deux étapes :</text:p>
-   <text:list xml:id="list706942798" text:style-name="L1">
+   <text:list xml:id="list2744780725" text:style-name="L1">
     <text:list-item>
-     <text:p text:style-name="P32"><text:span text:style-name="T4">Pour </text:span>activer le suivi des modifications, clique<text:span text:style-name="T29">r</text:span> sur Édition &gt; Suivi des modifications &gt;Enregistrer.</text:p>
+     <text:p text:style-name="P55"><text:span text:style-name="T4">Pour </text:span>activer le suivi des modifications, clique<text:span text:style-name="T29">r</text:span> sur Édition &gt; Suivi des modifications &gt;Enregistrer.</text:p>
     </text:list-item>
     <text:list-item>
-     <text:p text:style-name="P32"><text:soft-page-break/><text:span text:style-name="T29">Afin de </text:span>visualiser les différentes modifications, clique<text:span text:style-name="T29">r</text:span> aussi sur « Afficher »<text:note text:id="ftn1" text:note-class="footnote"><text:note-citation>1</text:note-citation><text:note-body>
-        <text:p text:style-name="P16">Les <text:span text:style-name="T40">illustrations </text:span><text:span text:style-name="T41">ci-dessous</text:span> ne sont qu’indicatives ; selon la version de LibreOffice utilisée, les icônes peuvent différer, ainsi que l’organisation des menus. Ceux-ci ont été capturés sur l’interface réglée en mode « Barre d’outils standard »</text:p></text:note-body></text:note>.</text:p>
+     <text:p text:style-name="P55"><text:span text:style-name="T29">Afin de </text:span>visualiser les différentes modifications, clique<text:span text:style-name="T29">r</text:span> aussi sur « Afficher »<text:note text:id="ftn1" text:note-class="footnote"><text:note-citation>1</text:note-citation><text:note-body>
+        <text:p text:style-name="P25">Les <text:span text:style-name="T40">illustrations </text:span><text:span text:style-name="T41">ci-dessous</text:span> ne sont qu’indicatives ; selon la version de LibreOffice utilisée, les icônes peuvent différer, ainsi que l’organisation des menus. Ceux-ci ont été capturés sur l’interface réglée en mode « Barre d’outils standard »</text:p></text:note-body></text:note>.</text:p>
     </text:list-item>
    </text:list>
    <text:p text:style-name="P7">Cela permet ainsi de visualiser les insertions ou bien les suppressions.</text:p>
-   <text:p text:style-name="P10"><text:change-start text:change-id="ct94241630409008"/>Si vous lisez ceci, c’est que le mode affichage des modifications est activé. Vous êtes prêt à vous lancer !<text:change-end text:change-id="ct94241630409008"/></text:p>
-   <text:p text:style-name="P12"><draw:frame draw:style-name="fr5" draw:name="Image10" text:anchor-type="paragraph" svg:width="8.435cm" style:rel-width="50%" svg:height="12.402cm" style:rel-height="scale" draw:z-index="7"><draw:image draw:mime-type="image/png">
+   <text:p text:style-name="P10"><text:change-start text:change-id="ct94691391765440"/>Si vous lisez ceci, c’est que le mode affichage des modifications est activé. Vous êtes prêt à vous lancer !<text:change-end text:change-id="ct94691391765440"/></text:p>
+   <text:p text:style-name="P21"><draw:frame draw:style-name="fr5" draw:name="Image10" text:anchor-type="paragraph" svg:width="8.435cm" style:rel-width="50%" svg:height="12.402cm" style:rel-height="scale" draw:z-index="7"><draw:image draw:mime-type="image/png">
       <office:binary-data>iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAAjUAAALyCAYAAAAi+CWUAAAACXBIWXMAAA7DAAAOwwHHb6hk
        AADUfElEQVR4nOy9CXxc5Xnv//NuFgFaWLywaCQ0BoGyyYlFVDCRLZg4IYoDCVGc2yapqiBZ
        KeiqaUNvb9P2hrS5qkiR7cRVyG3+dd0kJI5DogzYFhiiRAarpBE4IFuaYV8tCRhWr//3eWfO
@@ -3542,7 +3600,7 @@
    <text:p text:style-name="P7">Une fois <text:span text:style-name="T29">les </text:span>deux options activ<text:span text:style-name="T29">é</text:span>es, voici ce qu<text:span text:style-name="T29">i est </text:span>obten<text:span text:style-name="T29">u</text:span> :</text:p>
    <text:p text:style-name="P7"><draw:frame draw:style-name="fr1" draw:name="Cadre2" text:anchor-type="char" svg:y="0.118cm" svg:width="16.088cm" draw:z-index="1">
      <draw:text-box fo:min-height="1.455cm">
-      <text:p text:style-name="P11"><draw:frame draw:style-name="fr5" draw:name="Image6" text:anchor-type="paragraph" svg:width="16.088cm" style:rel-width="100%" svg:height="1.455cm" style:rel-height="scale" draw:z-index="2"><draw:image draw:mime-type="image/png">
+      <text:p text:style-name="P20"><draw:frame draw:style-name="fr5" draw:name="Image6" text:anchor-type="paragraph" svg:width="16.088cm" style:rel-width="100%" svg:height="1.455cm" style:rel-height="scale" draw:z-index="2"><draw:image draw:mime-type="image/png">
          <office:binary-data>iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAAmAAAAA3CAYAAACrf/a2AAAACXBIWXMAAA7DAAAOxAGILj6j
           AAAUgElEQVR4nO2de3BUVZ7Hv0mAhEcDGRAQ8NEMSwcjARFBpSfD2hHpkYFUlMc6w/zj9jQk
           VVa2N2gxu9bUlH9YOl2R0kokZNytXbZqeTiZ6KqtLK0QoxaCIMEo8ZEWRxl0RWRahkBCsuec
@@ -3980,7 +4038,7 @@
      </draw:text-box>
     </draw:frame></text:p>
    <text:p text:style-name="P7"><text:span text:style-name="T30">Pour </text:span>accepter ou refuser la modification quel<text:span text:style-name="T30">le </text:span>que soit sa nature, il suffit d’ouvrir le menu contextuel (clic droit) et de sélectionner <text:span text:style-name="T30">le</text:span> choix.</text:p>
-   <text:p text:style-name="P14"><draw:frame draw:style-name="fr4" draw:name="Image11" text:anchor-type="paragraph" svg:y="0.199cm" svg:width="6.168cm" style:rel-width="36%" svg:height="6.682cm" style:rel-height="scale" draw:z-index="8"><draw:image draw:mime-type="image/png">
+   <text:p text:style-name="P23"><draw:frame draw:style-name="fr4" draw:name="Image11" text:anchor-type="paragraph" svg:y="0.199cm" svg:width="6.168cm" style:rel-width="36%" svg:height="6.682cm" style:rel-height="scale" draw:z-index="8"><draw:image draw:mime-type="image/png">
       <office:binary-data>iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAASgAAAFACAYAAAAPoOEuAAAACXBIWXMAAA7DAAAOwwHHb6hk
        AACajElEQVR4nOydB2AcxdmGn+u9SHfqvXdZsuXeuw0YbAOmdwiQBEghpJCEhJ+QToAkJCGh
        hhJMMb26995ly3JR772f7nR3/+zZBtnYuIMM+ySLdbuzs7Ozu+9+38zsfOr5axf7V27bxGPf
@@ -4719,24 +4777,24 @@
       </office:binary-data>
      </draw:image>
     </draw:frame>Figure <text:sequence text:ref-name="refFigure5" text:name="Figure" text:formula="ooow:Figure+1" style:num-format="1">6</text:sequence><text:s/>– Valider les modifications</text:p>
-   <text:p text:style-name="P20"><text:span text:style-name="T30">T</text:span><text:span text:style-name="T32">out ou partie du texte </text:span><text:span text:style-name="T30">peut être sélectionnée </text:span><text:span text:style-name="T32">avant d’ouvrir ce menu. </text:span></text:p>
+   <text:p text:style-name="P29"><text:span text:style-name="T30">T</text:span><text:span text:style-name="T32">out ou partie du texte </text:span><text:span text:style-name="T30">peut être sélectionnée </text:span><text:span text:style-name="T32">avant d’ouvrir ce menu. </text:span></text:p>
    <text:p text:style-name="P7"><text:span text:style-name="T32">Lors de la rédaction courante du document, il n’est pas </text:span><text:span text:style-name="T33">commode</text:span><text:span text:style-name="T32"> de garder ce mode </text:span><text:span text:style-name="T34">de visualisation qui</text:span><text:span text:style-name="T32"> peu</text:span><text:span text:style-name="T33">t</text:span><text:span text:style-name="T32"> nuire à la lisibilité de l’ensemble. L’important </text:span><text:span text:style-name="T34">est de s’assurer que le mode suivi des </text:span><text:span text:style-name="T32">modifications soit </text:span><text:span text:style-name="T34">activé en permanence </text:span><text:span text:style-name="T33">et d’</text:span><text:span text:style-name="T43">activer son</text:span><text:span text:style-name="T33"> affichage </text:span><text:span text:style-name="T43">uniquement </text:span><text:span text:style-name="T33">lorsque c’est nécessaire.</text:span></text:p>
-   <text:p text:style-name="P21"><text:span text:style-name="T30">Pour </text:span><text:span text:style-name="T44">éviter de trop nombreuses itérations</text:span><text:span text:style-name="T45"> </text:span><text:span text:style-name="T52">entre auteurs et relecteurs </text:span><text:span text:style-name="T53">à </text:span><text:span text:style-name="T45">u</text:span><text:span text:style-name="T53">n</text:span><text:span text:style-name="T45"> même endroit de l’article, </text:span><text:span text:style-name="T52">un dialogue au moyen des </text:span><text:span text:style-name="T30">commentaire</text:span><text:span text:style-name="T52">s</text:span><text:span text:style-name="T30"> peut être </text:span><text:span text:style-name="T52">le </text:span><text:span text:style-name="T30">bienvenu, </text:span><text:span text:style-name="T52">en particulier lorsque</text:span><text:span text:style-name="T30"> </text:span><text:span text:style-name="T52">des propositions ou modifications n’ont pas été acceptées.</text:span></text:p>
-   <text:h text:style-name="P24" text:outline-level="1"><text:span text:style-name="T20">P</text:span><text:span text:style-name="T54">résentation générale</text:span></text:h>
+   <text:p text:style-name="P30"><text:span text:style-name="T30">Pour </text:span><text:span text:style-name="T44">éviter de trop nombreuses itérations</text:span><text:span text:style-name="T45"> </text:span><text:span text:style-name="T52">entre auteurs et relecteurs </text:span><text:span text:style-name="T53">à </text:span><text:span text:style-name="T45">u</text:span><text:span text:style-name="T53">n</text:span><text:span text:style-name="T45"> même endroit de l’article, </text:span><text:span text:style-name="T52">un dialogue au moyen des </text:span><text:span text:style-name="T30">commentaire</text:span><text:span text:style-name="T52">s</text:span><text:span text:style-name="T30"> peut être </text:span><text:span text:style-name="T52">le </text:span><text:span text:style-name="T30">bienvenu, </text:span><text:span text:style-name="T52">en particulier lorsque</text:span><text:span text:style-name="T30"> </text:span><text:span text:style-name="T52">des propositions ou modifications n’ont pas été acceptées.</text:span></text:p>
+   <text:h text:style-name="P33" text:outline-level="1"><text:span text:style-name="T22">P</text:span><text:span text:style-name="T54">résentation générale</text:span></text:h>
    <text:p text:style-name="P8">Le style <text:span text:style-name="T14">fourni </text:span><text:span text:style-name="T35">et utilisé dans ce </text:span><text:span text:style-name="T52">document</text:span><text:span text:style-name="T35"> </text:span>est dérivé <text:span text:style-name="T35">de celui de base</text:span> <text:span text:style-name="T35">de</text:span> LibreOffice. </text:p>
    <text:p text:style-name="P8"><text:span text:style-name="T35">Les quelques </text:span><text:span text:style-name="T36">modifica</text:span>tions <text:span text:style-name="T35">sont </text:span>regroupées dans l<text:span text:style-name="T14">a hiérarchie de</text:span> styles « → Jres », <text:span text:style-name="T14">sous le </text:span>style de paragraphe par défaut. Autant que possible, l’auteur doit s’<text:span text:style-name="T14">y</text:span> conformer. <text:span text:style-name="T14">Les fontes utilisées sont </text:span><text:span text:style-name="T35">celles </text:span><text:span text:style-name="T30">fournies </text:span><text:span text:style-name="T35">par</text:span><text:span text:style-name="T30"> LibreOffice et ainsi </text:span><text:span text:style-name="T14">disponibles </text:span><text:span text:style-name="T35">en standard </text:span><text:span text:style-name="T14">sur chaque plate-forme (Windows, Mac, Linux &amp; BSD).</text:span></text:p>
-   <text:h text:style-name="P27" text:outline-level="2"><text:soft-page-break/><text:span text:style-name="T18">Utiliser</text:span> les styles <text:span text:style-name="T37">définis</text:span></text:h>
+   <text:h text:style-name="P36" text:outline-level="2"><text:soft-page-break/><text:span text:style-name="T19">Utiliser</text:span> les styles <text:span text:style-name="T37">définis</text:span></text:h>
    <text:p text:style-name="P9"><text:span text:style-name="T7">C</text:span>haque <text:span text:style-name="T46">élément</text:span> qui compose le document doit être lié à un style bien précis : les titres, les figures, les bibliographies…</text:p>
    <text:p text:style-name="P9">Pour appliquer le style (taille et police) qui correspond, il suffit de se positionner sur la ligne ou bien de sélectionner la chaîne de caractères et dans le bandeau en haut en gauche du menu de sélectionner le style correspondant. Ainsi, le style lui sera automatiquement appliqué. <text:span text:style-name="T7">Il est important de respecter le style fourni ; non seulement </text:span><text:span text:style-name="T34">l’homogénéité des</text:span> numérotation<text:span text:style-name="T37">s</text:span> de<text:span text:style-name="T34">s</text:span> titres, sous-titres, figures est respectée, <text:span text:style-name="T7">mais </text:span><text:span text:style-name="T48">cela</text:span><text:span text:style-name="T7"> garanti</text:span><text:span text:style-name="T48">t</text:span> <text:span text:style-name="T48">aussi </text:span>que <text:span text:style-name="T7">votre article soit homogène avec le reste de la conférence</text:span>.</text:p>
    <text:p text:style-name="P9"><text:span text:style-name="T46">Le document</text:span><text:span text:style-name="T35"> ne devrait quasiment pas </text:span><text:span text:style-name="T46">faire usage </text:span><text:span text:style-name="T35">de formatage direct. </text:span><text:span text:style-name="T46">L’option</text:span><text:span text:style-name="T39"> « </text:span><text:span text:style-name="T35">Effacer le formatage direct » </text:span><text:span text:style-name="T39">permet de </text:span><text:span text:style-name="T46">s’assurer que </text:span><text:span text:style-name="T39">les styles</text:span> <text:span text:style-name="T46">définis sont bien </text:span><text:span text:style-name="T48">appliqués sans modifications</text:span><text:span text:style-name="T39">.</text:span></text:p>
-   <text:h text:style-name="Heading_20_2" text:outline-level="2"><text:span text:style-name="T19">P</text:span>olices</text:h>
+   <text:h text:style-name="Heading_20_2" text:outline-level="2"><text:span text:style-name="T20">P</text:span>olices</text:h>
    <text:p text:style-name="_2d__3e__20_JRES">La police de base est de type Liberation Serif en 1<text:span text:style-name="T1">2</text:span> points.</text:p>
    <text:p text:style-name="P6"><text:span text:style-name="T12">Les titres </text:span><text:span text:style-name="T14">utilisent, selon la section, des déclinaisons de </text:span><text:span text:style-name="T16">Liberation Sans </text:span><text:span text:style-name="T17">de 20, 14 et 12 points </text:span>avec numérotation arabe, rappel du numéro de section et séparation par un point. L<text:span text:style-name="T14">a </text:span>couleur <text:span text:style-name="T15">bleu sombre RGB (0,51,95), #00335F</text:span> <text:span text:style-name="T14">est utilisée</text:span>.</text:p>
    <text:p text:style-name="Standard">Les titres de niveaux inférieurs <text:span text:style-name="T14">à 3 </text:span>sont à éviter, pour des raisons de lisibilité.</text:p>
-   <text:p text:style-name="P19">Le code source est Liberation Mono 8 points.</text:p>
-   <text:p text:style-name="P19">L’utilisation du style approprié ajoute le cadre et grise le fond.</text:p>
+   <text:p text:style-name="P28">Le code source est Liberation Mono 8 points.</text:p>
+   <text:p text:style-name="P28">L’utilisation du style approprié ajoute le cadre et grise le fond.</text:p>
    <text:p text:style-name="Standard">Les notes de bas de page sont en 8 points<text:note text:id="ftn2" text:note-class="footnote"><text:note-citation>2</text:note-citation><text:note-body>
-      <text:p text:style-name="P15">Comme ceci</text:p></text:note-body></text:note>.</text:p>
+      <text:p text:style-name="P24">Comme ceci</text:p></text:note-body></text:note>.</text:p>
    <text:h text:style-name="Heading_20_2" text:outline-level="2">Typographie</text:h>
    <text:p text:style-name="Standard">Les auteurs s’attacheront, dans la mesure du possible, à respecter les règles typographiques françaises.</text:p>
    <text:p text:style-name="P3">En particulier, ils veilleront à utiliser des espaces insécables avant les ponctuations hautes (; : ! ?) et des guillemets français (<text:span text:style-name="T3">«»</text:span>).</text:p>
@@ -4744,25 +4802,25 @@
    <text:h text:style-name="Heading_20_2" text:outline-level="2">Bibliographie</text:h>
    <text:p text:style-name="Standard">La bibliographie sera réalisée avec le style « Bibliographie – Liste de références » avec des numéros et dans l’ordre d’apparition dans le texte.</text:p>
    <text:p text:style-name="Standard">Pour faire référence à un élément de cette liste, il faut insérer un « Renvoi » en sélectionnant dans la partie « Paragraphes numérotés » le numéro de la référence de cet élément, par exemple <text:bookmark-ref text:reference-format="number-all-superior" text:ref-name="__RefNumPara__1569_302321950">[2]</text:bookmark-ref>.</text:p>
-   <text:list xml:id="list2456501356" text:style-name="L2">
+   <text:list xml:id="list3049355316" text:style-name="L2">
     <text:list-item>
-     <text:p text:style-name="P33">Pour les articles d’une revue, on indiquera obligatoirement les auteurs, le titre de l’article, la revue, le numéro, le volume, l’année et le mois. Voir <text:bookmark-ref text:reference-format="number-all-superior" text:ref-name="__RefNumPara__1569_302321950">[2]</text:bookmark-ref>.</text:p>
+     <text:p text:style-name="P56">Pour les articles d’une revue, on indiquera obligatoirement les auteurs, le titre de l’article, la revue, le numéro, le volume, l’année et le mois. Voir <text:bookmark-ref text:reference-format="number-all-superior" text:ref-name="__RefNumPara__1569_302321950">[2]</text:bookmark-ref>.</text:p>
     </text:list-item>
     <text:list-item>
-     <text:p text:style-name="P33">Pour les articles dans les actes d’un congrès, on mentionnera obligatoirement les auteurs, le titre de l’article, le titre des actes, l’année. Voir <text:bookmark-ref text:reference-format="number-all-superior" text:ref-name="__RefNumPara__2647_302321950">[3]</text:bookmark-ref> : (le mois et le lieu sont facultatifs mais conseillés).</text:p>
+     <text:p text:style-name="P56">Pour les articles dans les actes d’un congrès, on mentionnera obligatoirement les auteurs, le titre de l’article, le titre des actes, l’année. Voir <text:bookmark-ref text:reference-format="number-all-superior" text:ref-name="__RefNumPara__2647_302321950">[3]</text:bookmark-ref> : (le mois et le lieu sont facultatifs mais conseillés).</text:p>
     </text:list-item>
     <text:list-item>
-     <text:p text:style-name="P33">Pour les livres, on citera obligatoirement le ou les auteurs, le titre, l’éditeur et l’année (il est conseillé de rajouter le lieu d’édition) <text:bookmark-ref text:reference-format="number-all-superior" text:ref-name="__RefNumPara__2649_302321950">[4]</text:bookmark-ref>.</text:p>
+     <text:p text:style-name="P56">Pour les livres, on citera obligatoirement le ou les auteurs, le titre, l’éditeur et l’année (il est conseillé de rajouter le lieu d’édition) <text:bookmark-ref text:reference-format="number-all-superior" text:ref-name="__RefNumPara__2649_302321950">[4]</text:bookmark-ref>.</text:p>
     </text:list-item>
    </text:list>
    <text:h text:style-name="Heading_20_2" text:outline-level="2"><text:soft-page-break/>Adresses électroniques</text:h>
    <text:p text:style-name="Standard">Pour diminuer les risques de moissonnage, aucune adresse mail ne figurera dans l’article.</text:p>
    <text:p text:style-name="Standard">Pour les références à des pages web, il conviendra d’utiliser le menu « Insertion/Hyperlien » disponible dans le menu de LibreOffice, par exemple comme ceci : <text:a xlink:type="simple" xlink:href="http://www.jres.org/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">http://www.jres.org</text:a>.</text:p>
    <text:h text:style-name="Heading_20_1" text:outline-level="1">Mise en page</text:h>
-   <text:p text:style-name="P18">Tout comme le respect des règles de typographie, la mise en page du document est parfois négligée. Un document soigné augmente le confort de lecture et permet de se concentrer sur le fond plutôt que la forme : <text:span text:style-name="T53">l’</text:span>article n’en sera que plus apprécié.</text:p>
-   <text:h text:style-name="P28" text:outline-level="2">Marques de formatage</text:h>
+   <text:p text:style-name="P27">Tout comme le respect des règles de typographie, la mise en page du document est parfois négligée. Un document soigné augmente le confort de lecture et permet de se concentrer sur le fond plutôt que la forme : <text:span text:style-name="T53">l’</text:span>article n’en sera que plus apprécié.</text:p>
+   <text:h text:style-name="P37" text:outline-level="2">Marques de formatage</text:h>
    <text:p text:style-name="P5"><text:span text:style-name="T9">Pour s’assurer d’une bonne qualité de </text:span><text:span text:style-name="T30">composition</text:span><text:span text:style-name="T9"> </text:span><text:span text:style-name="T30">du document</text:span><text:span text:style-name="T9">, </text:span><text:span text:style-name="T31">il est conseillé d’</text:span><text:span text:style-name="T36">utiliser</text:span><text:span text:style-name="T31"> </text:span>l’a<text:span text:style-name="T30">ffichage des marques de formatage</text:span><text:span text:style-name="T9">. </text:span><text:span text:style-name="T36">Son activation</text:span><text:span text:style-name="T9"> </text:span>permet de <text:span text:style-name="T36">mieux </text:span>détecter quelques erreurs <text:span text:style-name="T36">souvent </text:span><text:span text:style-name="T9">peu visibles (doubles espaces, </text:span><text:span text:style-name="T5">retours de lignes ou </text:span><text:span text:style-name="T9">caractères parasites).</text:span></text:p>
-   <text:p text:style-name="P13"><draw:frame draw:style-name="fr3" draw:name="Image8" text:anchor-type="char" svg:width="0.847cm" svg:height="1.323cm" draw:z-index="0"><draw:image draw:mime-type="image/png">
+   <text:p text:style-name="P22"><draw:frame draw:style-name="fr3" draw:name="Image8" text:anchor-type="char" svg:width="0.847cm" svg:height="1.323cm" draw:z-index="0"><draw:image draw:mime-type="image/png">
       <office:binary-data>iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAACAAAAAyCAYAAAA9ZNlkAAAACXBIWXMAAA7HAAAOwwFc/upy
        AAABUUlEQVR4nGP5+/fvf4YBBCwDafmoA0YdMOqAUQeMOgDsgAuvB9gB4pwDVxe9/M44CKJg
        1AGjDiBG0Z+//xiOX3vGcOb2S4bnb78x/PzzlyjDJ2TYMzAyMlLmgI/ffjLM2nKJ4cnbrwQt
@@ -4777,44 +4835,44 @@
    <text:h text:style-name="Heading_20_2" text:outline-level="2">Figures</text:h>
    <text:p text:style-name="P4">Les figures sont de préférence insérées à proximité du texte qui y fait référence. Elles sont numérotées et suivies d’une légende explicite, en italique, non gras, à l’aide du style « Légende – <text:span text:style-name="T33">Figure</text:span> ». Le texte <text:span text:style-name="T53">peut alors y </text:span>fai<text:span text:style-name="T53">re</text:span> référence <text:span text:style-name="T53">ainsi</text:span> : <text:sequence-ref text:reference-format="category-and-value" text:ref-name="refFigure1">Figure 2</text:sequence-ref>. Il est déconseillé de créer des liens d’objets dynamiques. Il conviendra plutôt d’utiliser le menu « Insertion/Image » disponible dans le menu de LibreOffice.</text:p>
    <text:p text:style-name="P4">En cas d’insertion de figure contenant des couleurs, il est souhaitable d’en assurer la lisibilité sur une imprimante noir et blanc.</text:p>
-   <text:h text:style-name="P27" text:outline-level="2">Puces et listes numérotées</text:h>
+   <text:h text:style-name="P36" text:outline-level="2">Puces et listes numérotées</text:h>
    <text:p text:style-name="P9">Si les styles « Puce 1 » et « Liste » <text:span text:style-name="T53">sont utilisés</text:span>, voici quelques exemples qu’il est utile de rappeler et de respecter.</text:p>
    <text:p text:style-name="P9">Que ce soit pour les puces ou les listes numérotées, il est conseillé de n’utiliser que deux niveaux.</text:p>
-   <text:list xml:id="list2007491090" text:style-name="List_20_2">
+   <text:list xml:id="list2995809683" text:style-name="List_20_2">
     <text:list-item>
-     <text:p text:style-name="P31">exemple de niveau 1 pour les puces (style « Liste à puces ») ;</text:p>
+     <text:p text:style-name="P40">exemple de niveau 1 pour les puces (style « Liste à puces ») ;</text:p>
      <text:list>
       <text:list-item>
-       <text:p text:style-name="P31"><text:span text:style-name="T3">e</text:span>xemple de niveau 2 pour les puces (style « Liste à puces – Niveau 2 ») ;</text:p>
+       <text:p text:style-name="P40"><text:span text:style-name="T3">e</text:span>xemple de niveau 2 pour les puces (style « Liste à puces – Niveau 2 ») ;</text:p>
       </text:list-item>
      </text:list>
     </text:list-item>
     <text:list-item>
-     <text:p text:style-name="P31">deuxième exemple de niveau 1 pour les puces.</text:p>
+     <text:p text:style-name="P40">deuxième exemple de niveau 1 pour les puces.</text:p>
     </text:list-item>
    </text:list>
-   <text:list xml:id="list1753205233" text:style-name="L3">
+   <text:list xml:id="list2576247155" text:style-name="L3">
     <text:list-item>
-     <text:p text:style-name="P34">exemple de niveau 1 pour les listes numérotées (style « Liste numérotée ») ;</text:p>
+     <text:p text:style-name="P57">exemple de niveau 1 pour les listes numérotées (style « Liste numérotée ») ;</text:p>
      <text:list>
       <text:list-item>
-       <text:p text:style-name="P34">exemple de niveau 2 pour les listes numérotées (style « Liste numérotée – Niveau 2 ») ;</text:p>
+       <text:p text:style-name="P57">exemple de niveau 2 pour les listes numérotées (style « Liste numérotée – Niveau 2 ») ;</text:p>
       </text:list-item>
       <text:list-item>
-       <text:p text:style-name="P34">deuxième exemple de niveau 2 pour les listes numérotées ;</text:p>
+       <text:p text:style-name="P57">deuxième exemple de niveau 2 pour les listes numérotées ;</text:p>
       </text:list-item>
      </text:list>
     </text:list-item>
     <text:list-item>
-     <text:p text:style-name="P35">deuxième exemple de niveau 1 pour les listes numérotées.</text:p>
+     <text:p text:style-name="P58">deuxième exemple de niveau 1 pour les listes numérotées.</text:p>
     </text:list-item>
    </text:list>
-   <text:p text:style-name="P17">Annexe</text:p>
+   <text:p text:style-name="P26">Annexe</text:p>
    <text:p text:style-name="Standard">Les auteurs ajoutent, si nécessaire, une annexe avec une section non numérotée.</text:p>
    <text:p text:style-name="Titre_20_Bibliographie">Bibliographie</text:p>
-   <text:list xml:id="list3846602432" text:style-name="Numbering_20_4">
+   <text:list xml:id="list1816704164" text:style-name="Numbering_20_4">
     <text:list-item>
-     <text:p text:style-name="P22"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__1586_302321950"/>André J.. Petites leçons de typographie, 1990 ; <text:a xlink:type="simple" xlink:href="http://2007.jres.org/articles/123.pdf" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">http//jacques-andr</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="http://2007.jres.org/articles/123.pdf" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T25">e</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="http://2007.jres.org/articles/123.pdf" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">.fr/faqtypo/lessons.pd</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="http://2007.jres.org/articles/123.pdf" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T2">f</text:span></text:a>.<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__1586_302321950"/></text:p>
+     <text:p text:style-name="P42"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__1586_302321950"/>André J.. Petites leçons de typographie, 1990 ; <text:a xlink:type="simple" xlink:href="http://2007.jres.org/articles/123.pdf" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">http//jacques-andr</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="http://2007.jres.org/articles/123.pdf" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T25">e</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="http://2007.jres.org/articles/123.pdf" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">.fr/faqtypo/lessons.pd</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="http://2007.jres.org/articles/123.pdf" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T2">f</text:span></text:a>.<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__1586_302321950"/></text:p>
     </text:list-item>
     <text:list-item>
      <text:p text:style-name="Bibliographie_20_-_20_Liste_20_de_20_références"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__1569_302321950"/>Auteur1 et Auteur2. Un article dans une revue. Nom de la revue, 3(10) :133–139, <text:span text:style-name="T37">j</text:span>anvier 2001.<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__1569_302321950"/></text:p>