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Olivier Langella 1 year ago
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<text:p text:style-name="P51">Logiciels libres : à la recherche du bien commun</text:p>
<text:p text:style-name="P43">Edlira Nano</text:p>
<text:p text:style-name="P48">Associations April, </text:p>
<text:p text:style-name="P48">La Quadrature Du Net, </text:p>
<text:p text:style-name="P48">informaticienne indépendante</text:p>
<text:p text:style-name="P48"><text:a xlink:type="simple" xlink:href="mailto:eda@mutu.net" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">eda@mutu.net</text:a> / eda@laquadrature.net</text:p>
<text:p text:style-name="P44">Olivier Langella</text:p>
<text:p text:style-name="P46">Ingénieur au CNRS</text:p>
<text:p text:style-name="P46">Plateforme PAPPSO</text:p>
<text:p text:style-name="P46">Laboratoire GQE-Le Moulon</text:p>
<text:p text:style-name="P46">Ferme du Moulon</text:p>
<text:p text:style-name="P46">91190 Gif-sur-Yvette</text:p>
<text:p text:style-name="P46">France</text:p>
<text:p text:style-name="P46">olivier.langella@universite-paris-saclay.fr</text:p>
<text:p text:style-name="P42"/>
<text:p text:style-name="P45"><text:span text:style-name="T6">Filippo</text:span><text:span text:style-name="T35"> </text:span><text:span text:style-name="T6">Rusconi</text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P49">Chercheur au CNRS</text:p>
<text:p text:style-name="P47">Plateforme <text:span text:style-name="T46">PAPPSO</text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P46">Laboratoire GQE-Le Moulon</text:p>
<text:p text:style-name="P46">Ferme du Moulon</text:p>
<text:p text:style-name="P46">91190 Gif-sur-Yvette</text:p>
<text:p text:style-name="P46">France</text:p>
<text:p text:style-name="P46">filippo.rusconi@universite-paris-saclay.fr</text:p>
<text:p text:style-name="P50">Logiciels libres : à la recherche du bien commun</text:p>
<text:p text:style-name="P42">Edlira Nano</text:p>
<text:p text:style-name="P47">Associations April, </text:p>
<text:p text:style-name="P47">La Quadrature Du Net, </text:p>
<text:p text:style-name="P47">informaticienne indépendante</text:p>
<text:p text:style-name="P47"><text:a xlink:type="simple" xlink:href="mailto:eda@mutu.net" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">eda@mutu.net</text:a> / eda@laquadrature.net</text:p>
<text:p text:style-name="P43">Olivier Langella</text:p>
<text:p text:style-name="P45">Ingénieur au CNRS</text:p>
<text:p text:style-name="P45">Plateforme PAPPSO</text:p>
<text:p text:style-name="P45">Laboratoire GQE-Le Moulon</text:p>
<text:p text:style-name="P45">Ferme du Moulon</text:p>
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<text:p text:style-name="P45">France</text:p>
<text:p text:style-name="P45">olivier.langella@universite-paris-saclay.fr</text:p>
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<text:p text:style-name="P44"><text:span text:style-name="T6">Filippo</text:span><text:span text:style-name="T35"> </text:span><text:span text:style-name="T6">Rusconi</text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P48">Chercheur au CNRS</text:p>
<text:p text:style-name="P46">Plateforme <text:span text:style-name="T46">PAPPSO</text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P45">Laboratoire GQE-Le Moulon</text:p>
<text:p text:style-name="P45">Ferme du Moulon</text:p>
<text:p text:style-name="P45">91190 Gif-sur-Yvette</text:p>
<text:p text:style-name="P45">France</text:p>
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<text:p text:style-name="Titre_20_résumé">Résumé</text:p>
<text:p text:style-name="P50"><text:change-start text:change-id="ct94448727455536"/>Ce document résume les instructions aux auteurs de la conférence JRES.</text:p>
<text:p text:style-name="P50"><text:change-end text:change-id="ct94448727455536"/>Le logiciel libre et la recherche publique partagent un objectif : le bien commun, au service de tous. Cette présentation revient sur ce que sont le bien commun et la science ouverte pour essayer de les analyser à l&apos;aide de l&apos;exemple de la plateforme scientifique Analyses protéomiques de Paris Sud-Ouest (PAPPSO).</text:p>
<text:p text:style-name="P50"><text:line-break/>PAPPSO s&apos;est dotée d&apos;une infrastructure informatique complète basée exclusivement sur du Logiciel libre : réseau, serveurs, stockage, calcul et postes personnels. Elle développe plusieurs logiciels sous licence libre, dont ceux qui forment la chaîne de traitement des données de spectrométrie de masse. Ce choix naturel facilite la reproductibilité des traitements, apporte la maîtrise des logiciels et permet l&apos;intégration de code source tiers.</text:p>
<text:p text:style-name="P50"><text:line-break/>L&apos;apport majeur du Logiciel libre à la recherche publique permet l&apos;utilisation des réseaux et systèmes informatiques. Scientifiquement, l&apos;ouverture du code source et la liberté d&apos;utilisation des logiciels garantissent l&apos;échange des données, leur réutilisation et leur vérification par les pairs. Cet ensemble forme un bien commun protégé par des licences. De nombreux laboratoires y contribuent en utilisant ou en produisant des logiciels libres, comme en témoigne en partie la forge du code source du secteur public (<text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://code.etalab.gouv.fr/" office:target-frame-name="_blank" xlink:show="new" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">https://code.gouv.fr</text:a>).</text:p>
<text:p text:style-name="P50"><text:soft-page-break/><text:line-break/>Comment contribuer efficacement ? Quelles sont les recommandations et obligations pour les établissements publics ? Quelle licence choisir ? Comment une licence copyleft peut-elle aussi séduire les partenaires privés ? Nous apporterons des réponses et des éléments de réflexion pour corriger quelques fausses croyances et promouvoir la construction collective d&apos;une culture libre, au service du bien commun.<text:change-start text:change-id="ct94448728650000"/>Le résumé doit faire de quinze à vingt lignes. <text:span text:style-name="T19">Comme le reste du document, i</text:span><text:span text:style-name="T16">l utilise la </text:span><text:span text:style-name="T17">feuille de style Jres ; ici, </text:span><text:span text:style-name="T16">définition de</text:span><text:span text:style-name="T1"> style « </text:span><text:span text:style-name="T15">Résumé » : </text:span>écrit<text:span text:style-name="T15">ure</text:span> en italique, police avec empattement en taille 12 points. Le titre <text:span text:style-name="T15">utilisant le style </text:span>« <text:span text:style-name="T15">Titre r</text:span>ésumé » (ainsi que le titre « Mots-clefs » ci-dessous) sont en 14 points, gras, sans empattement.<text:change-end text:change-id="ct94448728650000"/></text:p>
<text:p text:style-name="P49"><text:change-start text:change-id="ct94332030162464"/>Ce document résume les instructions aux auteurs de la conférence JRES.</text:p>
<text:p text:style-name="P49"><text:change-end text:change-id="ct94332030162464"/>Le logiciel libre et la recherche publique partagent un objectif : le bien commun, au service de tous. Cette présentation revient sur ce que sont le bien commun et la science ouverte pour essayer de les analyser à l&apos;aide de l&apos;exemple de la plateforme scientifique Analyses protéomiques de Paris Sud-Ouest (PAPPSO).</text:p>
<text:p text:style-name="P49"><text:line-break/>PAPPSO s&apos;est dotée d&apos;une infrastructure informatique complète basée exclusivement sur du Logiciel libre : réseau, serveurs, stockage, calcul et postes personnels. Elle développe plusieurs logiciels sous licence libre, dont ceux qui forment la chaîne de traitement des données de spectrométrie de masse. Ce choix naturel facilite la reproductibilité des traitements, apporte la maîtrise des logiciels et permet l&apos;intégration de code source tiers.</text:p>
<text:p text:style-name="P49"><text:line-break/>L&apos;apport majeur du Logiciel libre à la recherche publique permet l&apos;utilisation des réseaux et systèmes informatiques. Scientifiquement, l&apos;ouverture du code source et la liberté d&apos;utilisation des logiciels garantissent l&apos;échange des données, leur réutilisation et leur vérification par les pairs. Cet ensemble forme un bien commun protégé par des licences. De nombreux laboratoires y contribuent en utilisant ou en produisant des logiciels libres, comme en témoigne en partie la forge du code source du secteur public (<text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://code.etalab.gouv.fr/" office:target-frame-name="_blank" xlink:show="new" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">https://code.gouv.fr</text:a>).</text:p>
<text:p text:style-name="P49"><text:soft-page-break/><text:line-break/>Comment contribuer efficacement ? Quelles sont les recommandations et obligations pour les établissements publics ? Quelle licence choisir ? Comment une licence copyleft peut-elle aussi séduire les partenaires privés ? Nous apporterons des réponses et des éléments de réflexion pour corriger quelques fausses croyances et promouvoir la construction collective d&apos;une culture libre, au service du bien commun.<text:change-start text:change-id="ct94332029551728"/>Le résumé doit faire de quinze à vingt lignes. <text:span text:style-name="T19">Comme le reste du document, i</text:span><text:span text:style-name="T16">l utilise la </text:span><text:span text:style-name="T17">feuille de style Jres ; ici, </text:span><text:span text:style-name="T16">définition de</text:span><text:span text:style-name="T1"> style « </text:span><text:span text:style-name="T15">Résumé » : </text:span>écrit<text:span text:style-name="T15">ure</text:span> en italique, police avec empattement en taille 12 points. Le titre <text:span text:style-name="T15">utilisant le style </text:span>« <text:span text:style-name="T15">Titre r</text:span>ésumé » (ainsi que le titre « Mots-clefs » ci-dessous) sont en 14 points, gras, sans empattement.<text:change-end text:change-id="ct94332029551728"/></text:p>
<text:p text:style-name="Titre_20_Mots-clés">Mots-clefs</text:p>
<text:p text:style-name="Mots-clefs"><text:change-start text:change-id="ct94448728652512"/><text:span text:style-name="T22">logiciel libre, </text:span><text:change-end text:change-id="ct94448728652512"/><text:change-start text:change-id="ct94448728652928"/><text:span text:style-name="T22">IPV6, PKI, CMS, </text:span><text:span text:style-name="T20">Calmar</text:span><text:span text:style-name="T22">…</text:span><text:change-end text:change-id="ct94448728652928"/><text:span text:style-name="T47">logiciel scientifique, biens communs, recherche scientifique, science ouverte, </text:span><text:change-start text:change-id="ct94448728655312"/><text:span text:style-name="T22">licen</text:span><text:change-end text:change-id="ct94448728655312"/><text:span text:style-name="T22">ces, open source, copyleft,</text:span><text:change-start text:change-id="ct94448728660256"/><text:span text:style-name="T22"> </text:span><text:span text:style-name="T23">protéomique</text:span><text:change-end text:change-id="ct94448728660256"/></text:p>
<text:p text:style-name="P52"/>
<text:h text:style-name="Heading_20_1" text:outline-level="1"><text:change-start text:change-id="ct94448728661792"/>Introduction<text:change-end text:change-id="ct94448728661792"/>Une p<text:change-start text:change-id="ct94448728662032"/><text:span text:style-name="T12">lateforme </text:span><text:change-end text:change-id="ct94448728662032"/><text:span text:style-name="T12">pour la recherche sous Logiciel libre</text:span></text:h>
<text:p text:style-name="Mots-clefs"><text:change-start text:change-id="ct94332029554240"/><text:span text:style-name="T22">logiciel libre, </text:span><text:change-end text:change-id="ct94332029554240"/><text:change-start text:change-id="ct94332029554656"/><text:span text:style-name="T22">IPV6, PKI, CMS, </text:span><text:span text:style-name="T20">Calmar</text:span><text:span text:style-name="T22">…</text:span><text:change-end text:change-id="ct94332029554656"/><text:span text:style-name="T47">logiciel scientifique, biens communs, recherche scientifique, science ouverte, </text:span><text:change-start text:change-id="ct94332029557040"/><text:span text:style-name="T22">licen</text:span><text:change-end text:change-id="ct94332029557040"/><text:span text:style-name="T22">ces, open source, copyleft,</text:span><text:change-start text:change-id="ct94332029561984"/><text:span text:style-name="T22"> </text:span><text:span text:style-name="T23">protéomique</text:span><text:change-end text:change-id="ct94332029561984"/></text:p>
<text:p text:style-name="P51"/>
<text:h text:style-name="Heading_20_1" text:outline-level="1"><text:change-start text:change-id="ct94332029563520"/>Introduction<text:change-end text:change-id="ct94332029563520"/>Une p<text:change-start text:change-id="ct94332029563760"/><text:span text:style-name="T12">lateforme </text:span><text:change-end text:change-id="ct94332029563760"/><text:span text:style-name="T12">pour la recherche sous Logiciel libre</text:span></text:h>
<text:h text:style-name="Heading_20_2" text:outline-level="2">Contexte scientifique</text:h>
<text:p text:style-name="P9"><text:span text:style-name="T55">La </text:span><text:span text:style-name="T50">protéomique</text:span><text:span text:style-name="T55"> est létude de lensemble des protéines produites par une cellule, un organe ou un organisme . Elle permet danalyser sans a priori les changements qualitatifs ou quantitatifs dans la composition en protéines en fonction de traitements, du développement ou de variations génétiques, et de comprendre par exemple comment un organisme répond à un stress ou à une maladie.</text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P31">Lapparition du terme « protéomique » en 1995 coïncide avec le début de lutilisation de la spectrométrie de masse pour lidentification des protéines puis pour leur quantification. Aujourdhui la méthode utilisée quasi-exclusivement est lanalyse de peptides issus de la digestion tryptique des protéines, par un spectromètre de masse couplé à une chaîne de chromatographie liquide. Les appareils nont pas cessé dévoluer mais au final il sagit toujours de mesurer la masse moléculaire des peptides ayant pénétré dans le spectromètre et/ou de leurs fragments et de quantifier leur intensité.</text:p>
<text:p text:style-name="P3"><text:span text:style-name="T46">Les analyses </text:span><text:span text:style-name="T48">par</text:span><text:span text:style-name="T46"> spectrométrie de masse produisent de grande</text:span><text:span text:style-name="T48">s</text:span><text:span text:style-name="T46"> quan</text:span>tité<text:span text:style-name="T35">s</text:span> de données, <text:span text:style-name="T35">directement en sortie de l&apos;instrument. Chaque fabricant a son propre format de données, qui est le plus souvent propriétaire.</text:span> <text:span text:style-name="T35">Ordinairement, les données aux formats propriétaires sont traitées par les logiciels fournis avec l&apos;instrument, eux aussi propriétaires. Comme souvent dans le domaine des formats de fichiers, c</text:span>es formats ne sont pas pérennes<text:span text:style-name="T35"> et les licences d&apos;utilisation des logiciels propriétaires sont très coûteuses</text:span>. <text:span text:style-name="T35">Il y a donc ici un problème majeur d&apos;interopérabilité.</text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P9"><text:span text:style-name="T24">Depuis 2005, </text:span><text:span text:style-name="T35">l</text:span><text:span text:style-name="T24">a plateforme scientifique </text:span><text:span text:style-name="T35">&quot;</text:span><text:span text:style-name="T24">Analyses protéomiques de Paris Sud-Ouest</text:span><text:span text:style-name="T35">&quot;</text:span><text:span text:style-name="T24"> (PAPPSO) a fait le choix du </text:span><text:span text:style-name="T40">L</text:span><text:span text:style-name="T24">ogiciel libre pour garantir la pérennité de ses chaînes de traitement, la reproductibilité des expériences et </text:span><text:span text:style-name="T35">la </text:span><text:span text:style-name="T24">capitalisation de son savoir faire.</text:span><text:change-start text:change-id="ct94448728924464"/></text:p>
<text:p text:style-name="P41">Il est recommandé dutiliser <text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">la dernière version stable de Libre Office (au moment de la rédaction, v</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T21">7</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">.</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T21">0</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">.</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T21">4</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">)</text:a>.</text:p>
<text:p text:style-name="P9"><text:span text:style-name="T2">L</text:span>e document sera <text:span text:style-name="T2">finalement </text:span>transformé en format « Portable Document Format » (.pdf) pour la phase finale de publication.<text:change-end text:change-id="ct94448728924464"/></text:p>
<text:h text:style-name="P61" text:outline-level="2"><text:change-start text:change-id="ct94448728929552"/>Taille des articles<text:change-end text:change-id="ct94448728929552"/><text:span text:style-name="T4">Transition d</text:span><text:span text:style-name="T5">es</text:span><text:span text:style-name="T4"> logiciel</text:span><text:span text:style-name="T5">s</text:span><text:span text:style-name="T4"> propriétaire</text:span><text:span text:style-name="T5">s</text:span><text:span text:style-name="T4"> au </text:span><text:span text:style-name="T5">L</text:span><text:span text:style-name="T4">ogiciel libre</text:span></text:h>
<text:p text:style-name="P9"><text:change-start text:change-id="ct94448728919216"/>Larticle doit faire entre 5 et 10 pages.<text:change-end text:change-id="ct94448728919216"/><text:span text:style-name="T25">Le passage progressif au </text:span><text:span text:style-name="T48">L</text:span><text:span text:style-name="T49">ogiciel</text:span><text:span text:style-name="T25"> libre a permis une rationalisation de lutilisation des ressources informatiques. Nous sommes passés de postes dédiés à licence unique</text:span><text:span text:style-name="T35"> pour usage</text:span><text:span text:style-name="T25"> unique </text:span><text:span text:style-name="T26">à une infrastructure collective combinant stockage, calcul et enchaînement des traitements depuis nimporte quel poste de travail.</text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P9"><text:span text:style-name="T24">Depuis 2005, </text:span><text:span text:style-name="T35">l</text:span><text:span text:style-name="T24">a plateforme scientifique </text:span><text:span text:style-name="T35">&quot;</text:span><text:span text:style-name="T24">Analyses protéomiques de Paris Sud-Ouest</text:span><text:span text:style-name="T35">&quot;</text:span><text:span text:style-name="T24"> (PAPPSO) a fait le choix du </text:span><text:span text:style-name="T40">L</text:span><text:span text:style-name="T24">ogiciel libre pour garantir la pérennité de ses chaînes de traitement, la reproductibilité des expériences et </text:span><text:span text:style-name="T35">la </text:span><text:span text:style-name="T24">capitalisation de son savoir faire.</text:span><text:change-start text:change-id="ct94332030498784"/></text:p>
<text:p text:style-name="P80">Il est recommandé dutiliser <text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">la dernière version stable de Libre Office (au moment de la rédaction, v</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T21">7</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">.</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T21">0</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">.</text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T21">4</text:span></text:a><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://fr.libreoffice.org/download/telecharger-libreoffice/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">)</text:a>.</text:p>
<text:p text:style-name="P9"><text:span text:style-name="T2">L</text:span>e document sera <text:span text:style-name="T2">finalement </text:span>transformé en format « Portable Document Format » (.pdf) pour la phase finale de publication.<text:change-end text:change-id="ct94332030498784"/></text:p>
<text:h text:style-name="P60" text:outline-level="2"><text:change-start text:change-id="ct94332030504112"/>Taille des articles<text:change-end text:change-id="ct94332030504112"/><text:span text:style-name="T4">Transition d</text:span><text:span text:style-name="T5">es</text:span><text:span text:style-name="T4"> logiciel</text:span><text:span text:style-name="T5">s</text:span><text:span text:style-name="T4"> propriétaire</text:span><text:span text:style-name="T5">s</text:span><text:span text:style-name="T4"> au </text:span><text:span text:style-name="T5">L</text:span><text:span text:style-name="T4">ogiciel libre</text:span></text:h>
<text:p text:style-name="P9"><text:change-start text:change-id="ct94332030500448"/>Larticle doit faire entre 5 et 10 pages.<text:change-end text:change-id="ct94332030500448"/><text:span text:style-name="T25">Le passage progressif au </text:span><text:span text:style-name="T48">L</text:span><text:span text:style-name="T49">ogiciel</text:span><text:span text:style-name="T25"> libre a permis une rationalisation de lutilisation des ressources informatiques. Nous sommes passés de postes dédiés à licence unique</text:span><text:span text:style-name="T35"> pour usage</text:span><text:span text:style-name="T25"> unique </text:span><text:span text:style-name="T26">à une infrastructure collective combinant stockage, calcul et enchaînement des traitements depuis nimporte quel poste de travail.</text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P9"><text:span text:style-name="T27">Durant la période 20052015, notre travail a été facilité par la définition de formats standards en protéomique, lémergence de nombreux logiciels libres dans le domaine </text:span><text:span text:style-name="T27"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4219_4199412181">[1]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T27"><text:s/>et le développement de </text:span><text:soft-page-break/><text:span text:style-name="T27">nouvelles solutions </text:span><text:span text:style-name="T35">logicielles sous licence libre </text:span><text:span text:style-name="T28">(PROTICdb </text:span><text:span text:style-name="T28"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4321_4199412181">[2]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T28">, mineXpert2 </text:span><text:span text:style-name="T28"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4323_4199412181">[3]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T28">, X!TandemPipeline </text:span><text:span text:style-name="T28"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4176_4199412181">[4]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T28">, MassChroQ </text:span><text:span text:style-name="T28"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4381_4199412181">[5]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T28">)</text:span><text:span text:style-name="T28"><text:note text:id="ftn1" text:note-class="footnote"><text:note-citation>1</text:note-citation><text:note-body>
<text:p text:style-name="Footnote">http://pappso.inrae.fr/</text:p></text:note-body></text:note></text:span><text:span text:style-name="T27">. </text:span><text:change-start text:change-id="ct94448728590624"/></text:p>
<text:h text:style-name="P62" text:outline-level="2"><text:change-end text:change-id="ct94448728590624"/><text:span text:style-name="T35">Choix du s</text:span>ystème<text:span text:style-name="T35"> d&apos;exploitation</text:span><text:change-start text:change-id="ct94448728926720"/></text:h>
<text:p text:style-name="P9"><text:change-end text:change-id="ct94448728926720"/><text:span text:style-name="T28">Le choix de PAPPSO sest porté dabord sur </text:span><text:span text:style-name="T35">la distribution GNU/Linux </text:span><text:span text:style-name="T28">Ubuntu</text:span><text:span text:style-name="T35">,</text:span><text:span text:style-name="T28"> puis sur Debian. </text:span><text:span text:style-name="T35">Un groupe de développeurs officiels Debian, dont un auteur de ce rapport, s&apos;attache à fournir </text:span><text:span text:style-name="T36">dans la distribution </text:span><text:span text:style-name="T35">de </text:span><text:span text:style-name="T28">nombreux logiciels </text:span><text:span text:style-name="T35">pour la chimie, et en particulier pour la spectrométrie de masse (&quot;team debichem&quot;)</text:span><text:span text:style-name="T28">. L</text:span><text:span text:style-name="T35">&apos;intérêt principal de la </text:span><text:span text:style-name="T28">distribution Debian </text:span><text:span text:style-name="T35">est la richesse de son </text:span><text:span text:style-name="T28">offre </text:span><text:span text:style-name="T35">logicielle qui permet de disposer d&apos;</text:span><text:span text:style-name="T28">un socle </text:span><text:span text:style-name="T35">de fonctionnalités robuste</text:span><text:span text:style-name="T28"> </text:span><text:span text:style-name="T35">couvrant les exigences &quot;serveur&quot; et les impératifs &quot;</text:span><text:span text:style-name="T28">bureautique</text:span><text:span text:style-name="T35">&quot;</text:span><text:span text:style-name="T28">. </text:span><text:span text:style-name="T35">Tous les logiciels développés par PAPPSO sont disponibles</text:span><text:span text:style-name="T29"> sous forme de paquets Debian dans </text:span><text:span text:style-name="T35">des</text:span><text:span text:style-name="T29"> dépôt</text:span><text:span text:style-name="T35">s</text:span><text:span text:style-name="T29"> publi</text:span><text:span text:style-name="T35">cs</text:span><text:span text:style-name="T29">. </text:span><text:span text:style-name="T35">Le déploiement des </text:span><text:span text:style-name="T36">logiciels, dépendances comprises, </text:span><text:span text:style-name="T29">sur les serveurs et les postes de travail de léquipe</text:span><text:span text:style-name="T36"> </text:span><text:span text:style-name="T35">est ainsi simplifié et </text:span><text:span text:style-name="T36">totalement automatisé.</text:span><text:change-start text:change-id="ct94448729156032"/></text:p>
<text:h text:style-name="P71" text:outline-level="2"><text:span text:style-name="T4">S</text:span><text:span text:style-name="T3">tockage</text:span><text:change-end text:change-id="ct94448729156032"/><text:span text:style-name="T3"> des données</text:span><text:change-start text:change-id="ct94448729126544"/></text:h>
<text:p text:style-name="P4"><text:change-end text:change-id="ct94448729126544"/>Les besoins en stockage de la plateforme évoluent constamment en fonction des progrès techniques des spectromètres de masse. <text:s/><text:span text:style-name="T36"><text:s/>Chaque nouvelle génération d&apos;instruments apporte des améliorations, en particulier sur la précision de mesure de masse, qui provoquent une augmentation significative du volume des données générées.</text:span> Cette progression des besoins en volume de stockage sur les quinze dernières années est illustrée dans la figure ci-dessous.</text:p>
<text:p text:style-name="Footnote">http://pappso.inrae.fr/</text:p></text:note-body></text:note></text:span><text:span text:style-name="T27">. </text:span><text:change-start text:change-id="ct94332030101472"/></text:p>
<text:h text:style-name="P61" text:outline-level="2"><text:change-end text:change-id="ct94332030101472"/><text:span text:style-name="T35">Choix du s</text:span>ystème<text:span text:style-name="T35"> d&apos;exploitation</text:span><text:change-start text:change-id="ct94332030490576"/></text:h>
<text:p text:style-name="P9"><text:change-end text:change-id="ct94332030490576"/><text:span text:style-name="T28">Le choix de PAPPSO sest porté dabord sur </text:span><text:span text:style-name="T35">la distribution GNU/Linux </text:span><text:span text:style-name="T28">Ubuntu</text:span><text:span text:style-name="T35">,</text:span><text:span text:style-name="T28"> puis sur Debian. </text:span><text:span text:style-name="T35">Un groupe de développeurs officiels Debian, dont un auteur de ce rapport, s&apos;attache à fournir </text:span><text:span text:style-name="T36">dans la distribution </text:span><text:span text:style-name="T35">de </text:span><text:span text:style-name="T28">nombreux logiciels </text:span><text:span text:style-name="T35">pour la chimie, et en particulier pour la spectrométrie de masse (&quot;team debichem&quot;)</text:span><text:span text:style-name="T28">. L</text:span><text:span text:style-name="T35">&apos;intérêt principal de la </text:span><text:span text:style-name="T28">distribution Debian </text:span><text:span text:style-name="T35">est la richesse de son </text:span><text:span text:style-name="T28">offre </text:span><text:span text:style-name="T35">logicielle qui permet de disposer d&apos;</text:span><text:span text:style-name="T28">un socle </text:span><text:span text:style-name="T35">de fonctionnalités robuste</text:span><text:span text:style-name="T28"> </text:span><text:span text:style-name="T35">couvrant les exigences &quot;serveur&quot; et les impératifs &quot;</text:span><text:span text:style-name="T28">bureautique</text:span><text:span text:style-name="T35">&quot;</text:span><text:span text:style-name="T28">. </text:span><text:span text:style-name="T35">Tous les logiciels développés par PAPPSO sont disponibles</text:span><text:span text:style-name="T29"> sous forme de paquets Debian dans </text:span><text:span text:style-name="T35">des</text:span><text:span text:style-name="T29"> dépôt</text:span><text:span text:style-name="T35">s</text:span><text:span text:style-name="T29"> publi</text:span><text:span text:style-name="T35">cs</text:span><text:span text:style-name="T29">. </text:span><text:span text:style-name="T35">Le déploiement des </text:span><text:span text:style-name="T36">logiciels, dépendances comprises, </text:span><text:span text:style-name="T29">sur les serveurs et les postes de travail de léquipe</text:span><text:span text:style-name="T36"> </text:span><text:span text:style-name="T35">est ainsi simplifié et </text:span><text:span text:style-name="T36">totalement automatisé.</text:span><text:change-start text:change-id="ct94332030730816"/></text:p>
<text:h text:style-name="P71" text:outline-level="2"><text:span text:style-name="T4">S</text:span><text:span text:style-name="T3">tockage</text:span><text:change-end text:change-id="ct94332030730816"/><text:span text:style-name="T3"> des données</text:span><text:change-start text:change-id="ct94332030719936"/></text:h>
<text:p text:style-name="P4"><text:change-end text:change-id="ct94332030719936"/>Les besoins en stockage de la plateforme évoluent constamment en fonction des progrès techniques des spectromètres de masse. <text:s/><text:span text:style-name="T36"><text:s/>Chaque nouvelle génération d&apos;instruments apporte des améliorations, en particulier sur la précision de mesure de masse, qui provoquent une augmentation significative du volume des données générées.</text:span> Cette progression des besoins en volume de stockage sur les quinze dernières années est illustrée dans la figure ci-dessous.</text:p>
<text:p text:style-name="P27"/>
<text:p text:style-name="P27"/>
<text:p text:style-name="P36"><draw:frame draw:style-name="fr2" draw:name="Image1" text:anchor-type="char" svg:x="1.969cm" svg:y="0.007cm" svg:width="10.788cm" svg:height="6.396cm" draw:z-index="0"><draw:image draw:mime-type="image/png">
@ -4116,38 +4118,38 @@
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</draw:frame></text:p>
<text:p text:style-name="P4"><text:span text:style-name="T8">Figure </text:span><text:sequence text:ref-name="refFigure0" text:name="Figure" text:formula="ooow:Figure+1" style:num-format="1">1</text:sequence><text:s/> <text:span text:style-name="T56">Evolution</text:span><text:span text:style-name="T18"> des besoins de stockage de la plateforme en To/an, comparée à lévolution des disques durs</text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P4"><text:span text:style-name="T8">Figure </text:span><text:sequence text:ref-name="refFigure0" text:name="Figure" text:formula="ooow:Figure+1" style:num-format="1">1</text:sequence><text:s/> <text:span text:style-name="T56">Evolution</text:span><text:span text:style-name="T18"> des besoins de stockage de la plateforme en To/an et historique de lacquisition de nouveaux instruments</text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P4"/>
<text:p text:style-name="P4">Le système de stockage <text:span text:style-name="T36">des données de spectrométrie de masse </text:span>doit permettre une adaptation en continu de l<text:span text:style-name="T36">a</text:span> volumétrie <text:span text:style-name="T36">d&apos;espace disque </text:span>disponible ainsi que <text:span text:style-name="T36">l</text:span>es <text:span text:style-name="T36">meilleures </text:span>performances en lecture<text:span text:style-name="T36"> et </text:span>écriture. Les solutions classiques de type NAS ont été écartées pour éviter la dépendance matérielle et les problèmes liés au renouvellement des équipements.</text:p>
<text:p text:style-name="P10">Dès 2011, nous avons été parmi les premiers à faire confiance à une solution nouvelle de stockage distribué: Ceph<text:note text:id="ftn2" text:note-class="footnote"><text:note-citation>2</text:note-citation><text:note-body>
<text:p text:style-name="P58">https://ceph.io/</text:p></text:note-body></text:note>. La principale caractéristique de ce système de stockage est de ne requérir que des <text:soft-page-break/>serveurs standard. La flexibilité et l&apos;adaptabilité de ce système à des besoins perpétuellement en évolution en ont fait<text:span text:style-name="T35"> </text:span>la solution la plus robuste que nous connaissions.</text:p>
<text:p text:style-name="P57">https://ceph.io/</text:p></text:note-body></text:note>. La principale caractéristique de ce système de stockage est de ne requérir que des <text:soft-page-break/>serveurs standard. La flexibilité et l&apos;adaptabilité de ce système à des besoins perpétuellement en évolution en ont fait<text:span text:style-name="T35"> </text:span>la solution la plus robuste que nous connaissions.</text:p>
<text:p text:style-name="P9"/>
<text:p text:style-name="P40"><text:change-start text:change-id="ct94448729317296"/></text:p>
<text:h text:style-name="P63" text:outline-level="2">Calcul<text:change-end text:change-id="ct94448729317296"/> scientifique<text:change-start text:change-id="ct94448729314960"/></text:h>
<text:p text:style-name="P5"><text:change-end text:change-id="ct94448729314960"/>La plateforme PAPPSO est <text:span text:style-name="T46">spécialisée</text:span> dans les traitements en protéomique haut débit (nombreux échantillons<text:span text:style-name="T36"> à traiter dans les plus brefs délais</text:span>). Pour assurer la disponibilité de nos moyens de calcul à lensemble des utilisateurs, nous utilisons le gestionnaire de processus HTCondor<text:note text:id="ftn3" text:note-class="footnote"><text:note-citation>3</text:note-citation><text:note-body>
<text:p text:style-name="P40"><text:change-start text:change-id="ct94332030892544"/></text:p>
<text:h text:style-name="P62" text:outline-level="2">Calcul<text:change-end text:change-id="ct94332030892544"/> scientifique<text:change-start text:change-id="ct94332030890208"/></text:h>
<text:p text:style-name="P5"><text:change-end text:change-id="ct94332030890208"/>La plateforme PAPPSO est <text:span text:style-name="T46">spécialisée</text:span> dans les traitements en protéomique haut débit (nombreux échantillons<text:span text:style-name="T36"> à traiter dans les plus brefs délais</text:span>). Pour assurer la disponibilité de nos moyens de calcul à lensemble des utilisateurs, nous utilisons le gestionnaire de processus HTCondor<text:note text:id="ftn3" text:note-class="footnote"><text:note-citation>3</text:note-citation><text:note-body>
<text:p text:style-name="Footnote">https://htcondor.org/</text:p></text:note-body></text:note>.</text:p>
<text:p text:style-name="P5">Les besoins en calcul évoluent eux aussi en fonction des instruments utilisés. Avec l<text:span text:style-name="T46">évolution des techniques, de nouvelles possibilités sont apparues dans le traitement de données en</text:span> protéomique, exigeant elles aussi des capacités de calcul supplémentaires. De la même manière que pour les capacités de stockage, les machines dédiées au calcul doivent être ainsi renouvelées régulièrement et intégrées au fur et à mesure.<text:span text:style-name="T46"> </text:span></text:p>
<text:h text:style-name="P59" text:outline-level="1">Retour dexpérience sur 10 <text:span text:style-name="T54">ans</text:span></text:h>
<text:h text:style-name="P64" text:outline-level="2">Matériel</text:h>
<text:h text:style-name="P58" text:outline-level="1">Retour dexpérience sur 10 <text:span text:style-name="T54">ans</text:span></text:h>
<text:h text:style-name="P63" text:outline-level="2">Matériel</text:h>
<text:p text:style-name="P6">L<text:span text:style-name="T30">intégration de nouvelles machines de calcul ou de stockage sest faite de manière transparente. Nous sommes passés dune capacité de stockage initiale de 18To (3 serveurs R515, disques de 3To) en 2011 à une capacité de 917To (8 serveurs hétérogènes). Le réseau est passé du 1Gb cuivre au 10Gb SFP+. Il ny a pas eu de transfert de données/migration, pas de modification de larchitecture logique pour les utilisateurs. Le système de fichier</text:span><text:span text:style-name="T36">s</text:span><text:span text:style-name="T30"> cephfs permet un accès direct aux données depuis chaque nœud de calcul</text:span><text:span text:style-name="T36">. Globalement</text:span><text:span text:style-name="T30">, les performances ont suivi les évolutions matérielles (augmentation du débit, augmentation des capacités de calcul). La résistance aux pannes a été mise à rude épreuve (panne électrique, disques ou erreurs humaines) et nous navons </text:span><text:span text:style-name="T36">jamais</text:span><text:span text:style-name="T30"> eu de perte de données.</text:span></text:p>
<text:h text:style-name="P66" text:outline-level="2">Logiciel</text:h>
<text:h text:style-name="P65" text:outline-level="2">Logiciel</text:h>
<text:p text:style-name="P7">Les systèmes <text:span text:style-name="T36">pour les </text:span>serveurs et <text:span text:style-name="T36">pour les postes </text:span>utilisateur ont été migrés en 2013 de Ubuntu GNU/Linux vers Debian. Nous y avons gagné en stabilité et en simplicité lors des mises à jour de version. <text:span text:style-name="T36">La stratégie consiste à maintenir le parc informatique sous Debian &quot;stable&quot; et effectuer le passage à la version successive dans les mois qui suivent sa publication officielle. </text:span>Le stockage centralisé est disponible pour tous les postes dans une arborescence commune,<text:span text:style-name="T36"> via un</text:span> montage automatique sur les nœud de calculs (cephfs via systemd sur les serveurs, sshfs sur les postes clients). Les logiciels sont les mêmes sur les serveurs et les postes utilisateurs. Laccès distant au cluster de calcul se fait avec x2go, via <text:span text:style-name="T36">une </text:span>clé publique ssh.</text:p>
<text:h text:style-name="P67" text:outline-level="2">Scientifique</text:h>
<text:h text:style-name="P66" text:outline-level="2">Scientifique</text:h>
<text:p text:style-name="P9"><text:span text:style-name="T31">Les analyses de la plateforme ont évolué pour passer de la technique des gels délectrophorèse 2D vers des analyses uniquement basées sur la spectrométrie de masse. Le traitement des images des gels 2D était majoritairement effectué avec des logiciels propriétaires sous Windows</text:span><text:span text:style-name="T39">, sur des </text:span><text:span text:style-name="T31">postes dédiés, ce qui limitait les capacités de traitement. </text:span><text:span text:style-name="T39">Le passage progressif à des processus analytiques qui faisaient l&apos;économie de l&apos;étape d&apos;électrophorèse a coincidé avec les apports massif du Logiciel libre dans le domaine scientifique, au milieu des années 2000. Nous avons alors pu commencer la </text:span><text:soft-page-break/><text:span text:style-name="T39">transition vers certains </text:span><text:span text:style-name="T31">logiciels libres qui émergeaient à cette époque. </text:span><text:span text:style-name="T39">Cependant, ces logiciels étaient principalement des librairies encore imparfaitement dotées des fonctionnalités requises <text:s/>dans notre domaine. </text:span><text:span text:style-name="T31">Nous avons </text:span><text:span text:style-name="T39">alors entrepris le </text:span><text:span text:style-name="T31">développe</text:span><text:span text:style-name="T39">ment</text:span><text:span text:style-name="T31"> </text:span><text:span text:style-name="T39">de nos logiciels sur la base des besoins scientifiques particuliers à notre plateforme</text:span><text:span text:style-name="T32">. </text:span><text:span text:style-name="T38">Le logiciel </text:span><text:span text:style-name="T32"><text:s/>MassChroQ</text:span><text:span text:style-name="T38"> est né ainsi, de nos besoins en protéomique quantitative</text:span><text:span text:style-name="T32">. </text:span><text:span text:style-name="T38">Notre </text:span><text:span text:style-name="T32">indépendance vis</text:span><text:span text:style-name="T38">-</text:span><text:span text:style-name="T32">à</text:span><text:span text:style-name="T38">-</text:span><text:span text:style-name="T32">vis des formats</text:span><text:span text:style-name="T38"> de données propriétaires </text:span><text:span text:style-name="T32">des fabricants nous a permis de produire un logiciel évolutif et pérenne dès le départ, évitant leffet « boîte noire ». Ainsi, no</text:span><text:span text:style-name="T37">tre</text:span><text:span text:style-name="T32"> </text:span><text:span text:style-name="T38">offre logicielle a</text:span><text:span text:style-name="T32"> pu être adapté</text:span><text:span text:style-name="T38">e</text:span><text:span text:style-name="T32"> au fur et à mesure aux nouvelles techniques</text:span><text:span text:style-name="T38">, à des </text:span><text:span text:style-name="T32">instruments</text:span><text:span text:style-name="T38"> significativement différents de génération en génération</text:span><text:span text:style-name="T32">, absorbant </text:span><text:span text:style-name="T38">ainsi </text:span><text:span text:style-name="T32">les « chocs » technologiques : doublement des fréquences dacquisition à chaque génération (3 ans), doublement d</text:span><text:span text:style-name="T38">u pouvoir</text:span><text:span text:style-name="T32"> résoluti</text:span><text:span text:style-name="T38">f</text:span><text:span text:style-name="T32"> (précision de</text:span><text:span text:style-name="T38">s</text:span><text:span text:style-name="T32"> mesure</text:span><text:span text:style-name="T38">s</text:span><text:span text:style-name="T32"> des masse).</text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P9"><text:span text:style-name="T32">La dernière « rupture technologique » </text:span><text:span text:style-name="T38">a été</text:span><text:span text:style-name="T32"> lapparition du tim</text:span><text:span text:style-name="T36">s</text:span><text:span text:style-name="T32">TOF </text:span><text:span text:style-name="T38">P</text:span><text:span text:style-name="T32">ro du fabricant Bruker. Cet appareil dispose dune fréquence dacquisition 10 fois </text:span><text:span text:style-name="T38">supérieure à celle de</text:span><text:span text:style-name="T32"> la génération précédente ainsi que dune nouvelle dimension de séparation des peptides (mobilité ionique). Fait unique depuis les débuts de la protéomique, Bruker </text:span><text:span text:style-name="T38">nous </text:span><text:span text:style-name="T32">a </text:span><text:span text:style-name="T38">confié </text:span><text:span text:style-name="T32">les spécifications techniques de son </text:span><text:span text:style-name="T38">format de fichier de données</text:span><text:span text:style-name="T32">. Cela nous a permis dadapter MassChroQ pour pouvoir utiliser </text:span><text:span text:style-name="T38">de manière native</text:span><text:span text:style-name="T32"> les données </text:span><text:span text:style-name="T38">obtenues sur cet instrument</text:span><text:span text:style-name="T32">. No</text:span><text:span text:style-name="T38">tre savoir faire en développment C++ nous a ainsi permis d&apos;obtenir</text:span><text:span text:style-name="T32"> des gains de performances remarquables par rapport aux logiciels commerciaux, ainsi que de meilleurs </text:span><text:span text:style-name="T38">résultats scientifiques</text:span><text:span text:style-name="T32">.</text:span></text:p>
<text:h text:style-name="P65" text:outline-level="2"><text:span text:style-name="T53">Bilan</text:span><text:span text:style-name="T57"> </text:span></text:h>
<text:h text:style-name="P64" text:outline-level="2"><text:span text:style-name="T53">Bilan</text:span><text:span text:style-name="T57"> </text:span></text:h>
<text:p text:style-name="P24"><text:span text:style-name="T33">Le passage au </text:span><text:span text:style-name="T38">L</text:span><text:span text:style-name="T33">ogiciel libre pour </text:span><text:span text:style-name="T38">tous les besoins informatiques de </text:span><text:span text:style-name="T33">la plateforme PAPPSO a permis une maîtrise totale de ses outils, de</text:span><text:span text:style-name="T38">pui</text:span><text:span text:style-name="T37">s</text:span><text:span text:style-name="T33"> la production des données brutes </text:span><text:span text:style-name="T38">ju</text:span><text:span text:style-name="T37">s</text:span><text:span text:style-name="T38">qu</text:span><text:span text:style-name="T33">à linterprétation biologique. Les sommes importantes économisées en licences de logiciels propriétaires (20k€ par an) ont été investies dans la maintenance des ressources de calcul et de stockage. Le savoir faire développé par PAPPSO dans lanalyse protéomique à haut débit est reconnu au niveau international (129 articles citant MassChroQ depuis 2011, </text:span><text:span text:style-name="T34">publication dun article de référence en métaprotéomique </text:span><text:span text:style-name="T34"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4411_4199412181">[6]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T37">)</text:span><text:span text:style-name="T34">. Toutes les analyses sont complètement vérifiables et reproductibles, les logiciels étant tous librement </text:span><text:span text:style-name="T38">téléchargeables, </text:span><text:span text:style-name="T34">sous licence GPLv3+</text:span><text:span text:style-name="T38">, sans demande préalable</text:span><text:span text:style-name="T34">.</text:span></text:p>
<text:h text:style-name="P60" text:outline-level="1">Importance et apports du libre dans la recherche scientifique</text:h>
<text:h text:style-name="P68" text:outline-level="2">Affinités entre culture libre, communs et recherche publique</text:h>
<text:p text:style-name="P22">La recherche publique vise <text:s/>à produire et à développer des connaissances, les améliorer sans cesse, puis les faire connaître et les transmettre au public, à travers les générations, constituant ainsi un savoir et une connaissance qui caractèrisent notre civilisation. Dans ce travail incrémental, il est crucial de pouvoir partir de lexistant, de ne pas réinventer sans cesse. Pour ce faire, le partage de la connaissance, la possibilité de réutiliser le travail déjà effectué, de pouvoir modifier et adapter ceux-ci, les améliorer, àfin de les préciser ou de les rejetter. Et de pouvoir ensuite à son tour partager et diffuser ces nouveaux résultats, qui viendront sajouter à la connaissance existante et ainsi de suite.</text:p>
<text:h text:style-name="P59" text:outline-level="1">Importance et apports du libre dans la recherche scientifique</text:h>
<text:h text:style-name="P67" text:outline-level="2">Affinités entre culture libre, communs et recherche publique</text:h>
<text:p text:style-name="P22">La recherche publique vise <text:s/>à produire et à développer des connaissances, les améliorer sans cesse, puis les faire connaître et les transmettre au public, à travers les générations, constituant ainsi un savoir et une connaissance qui caractèrisent notre civilisation. Dans ce travail incrémental, il est crucial de pouvoir partir de lexistant, de ne pas réinventer sans cesse. Pour ce faire, le partage de la connaissance, la possibilité de réutiliser le travail déjà effectué, de pouvoir modifier et adapter ceux-ci, les améliorer, àfin de les préciser ou de les <text:span text:style-name="T46">rejeter</text:span>. Et de pouvoir ensuite à son tour partager et diffuser ces nouveaux résultats, qui viendront sajouter à la connaissance existante et ainsi de suite.</text:p>
<text:p text:style-name="P23"/>
<text:p text:style-name="P37">Vous avez là la définition dun logiciel libre ou plus largement dun bien libre. L<text:span text:style-name="T46">a</text:span> culture du libre nest pas unique aux logiciels. Elle peut concerner un logiciel, un service informatique en ligne, un document (article scientifique, livre, poème, rapport) un produit artistique (oeuvre numérique, production graphique, reproduction numérique dune œuvre physique, <text:s/>par exemple les tableaux dun musée, les photos de monuments etc), une semence agricole (les graines libres de droit), un médicament libre, etc. Une œuvre ou bien libre est quelque chose quon peut utiliser librement, <text:s/><text:soft-page-break/>partager librement, distribuer librement autour de nous, mais aussi en modifier le contenu, ladapter, laméliorer, pour pouvoir ensuite librement le repartager, et le redistribuer etc. </text:p>
<text:p text:style-name="P18">Cette culture du libre est inhérente à la recherche publique également, <text:s/>et plus largement à ce quon appelle parfois les communs. Les communs sont des ressources (naturelles ou culturelles) <text:s/>partagées et gérées collectivement, accéssibles et disponibles pour tous, et qui nappartiennent pas à qui que ce soit au sens de la propriété, quelle soit publique ou privée <text:span text:style-name="T46">(Elinor Ostrom, prix Nobel en économie pour ses travaux sur la théories communs, parle par exemple de « ressources de propriété commune » quelle définit et explique dans [7]).</text:span> <text:s/><text:line-break/></text:p>
<text:h text:style-name="P73" text:outline-level="2"><text:s/>Recommandations institutionnelles et obligations légales en terme de publications de code source</text:h>
<text:p text:style-name="P26">La recherche publique en France est financée (sources 2018) <text:s/>au moins à 75 % par des fonds publics français (MIRES, hors MIRES, Administrations), et parmi les 25 % restants on ne retrouve que 5 % de ressources contractuelles provenant dentreprises, les autres 20 % sont un mélange de fonds publics étrangers, notamments européens, ressources propres tels que les prestations de services des structures de recherche elle même, et enfin des ressources privées dentreprises étrangères) [8]. <text:s/></text:p>
<text:p text:style-name="P18">Cette culture du libre est inhérente à la recherche publique également, <text:s/>et plus largement à ce quon appelle parfois les communs. Les communs sont des ressources (naturelles ou culturelles) <text:s/>partagées et gérées collectivement, accessibles et disponibles pour tous, et qui nappartiennent pas à qui que ce soit au sens de la propriété, quelle soit publique ou privée <text:span text:style-name="T46">(Elinor Ostrom, prix Nobel en économie pour ses travaux sur la théories communs, parle par exemple de « ressources de propriété commune » quelle définit et explique dans [7]).</text:span> <text:s/><text:line-break/></text:p>
<text:h text:style-name="P68" text:outline-level="2"><text:s/>Recommandations institutionnelles et obligations légales en terme de publications de code source</text:h>
<text:p text:style-name="P26">La recherche publique en France est financée (sources 2018) <text:s/>au moins à 75 % par des fonds publics français (MIRES, hors MIRES, Administrations), et parmi les 25 % restants on ne retrouve que 5 % de ressources contractuelles provenant dentreprises, les autres 20 % sont un mélange de fonds publics étrangers, notamments européens, ressources propres telles que les prestations de services des structures de recherche elle même, et enfin des ressources privées dentreprises étrangères) [8]. <text:s/></text:p>
<text:p text:style-name="P38"/>
<text:p text:style-name="P26"/>
<text:p text:style-name="P53"><draw:frame draw:style-name="fr1" draw:name="Image2" text:anchor-type="char" svg:x="0cm" svg:y="0cm" svg:width="17cm" svg:height="8.227cm" draw:z-index="1"><draw:image draw:mime-type="image/png">
<text:p text:style-name="P52"><draw:frame draw:style-name="fr1" draw:name="Image2" text:anchor-type="char" svg:x="0cm" svg:y="0cm" svg:width="17cm" svg:height="8.227cm" draw:z-index="1"><draw:image draw:mime-type="image/png">
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@ -5079,13 +5081,13 @@
</draw:frame></text:p>
<text:p text:style-name="P39"><text:span text:style-name="T9">Figure </text:span><text:span text:style-name="T7"><text:sequence text:ref-name="refFigure1" text:name="Figure" text:formula="ooow:Figure+1" style:num-format="1">2</text:sequence></text:span><text:span text:style-name="T11"><text:s/>-</text:span><text:span text:style-name="T10"> </text:span><text:span text:style-name="Strong_20_Emphasis"><text:span text:style-name="T10">Nature des ressources de la recherche publique en 2018 (en %) </text:span></text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P35"/>
<text:h text:style-name="P76" text:outline-level="2"/>
<text:p text:style-name="P57"/>
<text:p text:style-name="P55"/>
<text:p text:style-name="P55"/>
<text:p text:style-name="P56"><text:soft-page-break/>Et pourtant, </text:p>
<text:p text:style-name="P25">à plus de <text:s/>Financement de la recherche publique Nous avons alors, par rapport au terme anglais open source souvent utilisé pour désigner unique, une notion de liberté qui </text:p>
<text:h text:style-name="P75" text:outline-level="2"/>
<text:p text:style-name="P56"/>
<text:p text:style-name="P54"/>
<text:p text:style-name="P54"/>
<text:p text:style-name="P55"><text:soft-page-break/>Et pourtant, </text:p>
<text:p text:style-name="P25">à plus de <text:s/>Financement de la recherche publique Nous avons alors, par rapport au terme anglais open source souvent utilisé pour désigner unique, une notion de liberté qui </text:p>
<text:p text:style-name="P55"/>
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<text:h text:style-name="P69" text:outline-level="2"><text:s/></text:h>
<text:p text:style-name="P34"/>
@ -5135,34 +5137,34 @@
<text:p text:style-name="P30">Parler de la SATT, <text:s/></text:p>
<text:p text:style-name="P21">(Idée % de conclusion : privacy by default, security by design → libre parce que public, ou alors public money, public interest &amp; public code)</text:p>
<text:p text:style-name="Standard"/>
<text:p text:style-name="P54"/>
<text:p text:style-name="P53"/>
<text:p text:style-name="P8"/>
<text:p text:style-name="P8"><text:soft-page-break/></text:p>
<text:p text:style-name="Titre_20_Bibliographie">Bibliographie</text:p>
<text:list xml:id="list3844299698" text:style-name="Numbering_20_4">
<text:list xml:id="list4150137082" text:style-name="Numbering_20_4">
<text:list-item>
<text:p text:style-name="P77"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4219_4199412181"/><text:span text:style-name="T46">Rusconi</text:span> F. Free Open Source Software for Protein and Peptide Mass Spectrometry- based Science. Curr Protein Pept Sci, 2 (22) 134-147, 2021 ; https://doi.org/10.2174/1389203722666210118160946<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4219_4199412181"/></text:p>
<text:p text:style-name="P73"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4219_4199412181"/><text:span text:style-name="T46">Rusconi</text:span> F. Free Open Source Software for Protein and Peptide Mass Spectrometry- based Science. Curr Protein Pept Sci, 2 (22) 134-147, 2021 ; https://doi.org/10.2174/1389203722666210118160946<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4219_4199412181"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P78"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4321_4199412181"/>Langella O. , Valot B., Jacob D., Balliau T., Flores R., Hoogland C., Joets J., Zivy M.. (2013) Management and dissemination of MS proteomic data with PROTICdb: Example of a quantitative comparison between methods of protein extraction. Proteomics, 9 (13) 1457-66<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4321_4199412181"/></text:p>
<text:p text:style-name="P74"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4321_4199412181"/>Langella O. , Valot B., Jacob D., Balliau T., Flores R., Hoogland C., Joets J., Zivy M.. (2013) Management and dissemination of MS proteomic data with PROTICdb: Example of a quantitative comparison between methods of protein extraction. Proteomics, 9 (13) 1457-66<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4321_4199412181"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P77"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4323_4199412181"/>Langella O, Rusconi F. mineXpert2: Full-Depth Visualization and Exploration of MSn Mass Spectrometry Data. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 4 (32) 1138-114, mars 2021 ; https://doi.org/10.1021/jasms.0c00402<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4323_4199412181"/></text:p>
<text:p text:style-name="P73"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4323_4199412181"/>Langella O, Rusconi F. mineXpert2: Full-Depth Visualization and Exploration of MSn Mass Spectrometry Data. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 4 (32) 1138-114, mars 2021 ; https://doi.org/10.1021/jasms.0c00402<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4323_4199412181"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P77"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4176_4199412181"/>Langella O, Valot B, Balliau T, Blein-Nicolas M, Bonhomme L, Zivy M. X!TandemPipeline: A Tool to Manage Sequence Redundancy for Protein Inference and Phosphosite Identification. J. Proteome Res., 2 (16) 494-503, décembre 2016 ; <text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.6b00632" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.6b00632</text:a><text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4176_4199412181"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P77"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4381_4199412181"/>Valot B, Langella O, Nano E, Zivy M. MassChroQ: a versatile tool for mass spectrometry quantification. Proteomics, 17 (11) 3572-3577, juin 2011 ; https://doi.org/10.1002/pmic.201100120<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4381_4199412181"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P77"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4411_4199412181"/>Van Den Bossche T, Kunath BJ, Schallert K, Schäpe SS, Abraham PE, Armengaud J, Arntzen M, Bassignani A, Benndorf D, Fuchs S, Giannone RJ, Griffin TJ, Hagen LH, Halder R, Henry C, Hettich RL, Heyer R, Jagtap P, Jehmlich N, Jensen M, Juste C, Kleiner M, Langella O, Lehmann T, Leith E, May P, Mesuere B, Miotello G, Peters SL, Pible O, Queiros PT, Reichl U, Renard BY, Schiebenhoefer H, Sczyrba A, Tanca A, Trappe K, Trezzi JP, Uzzau S, Verschaffelt P, von Bergen M, Wilmes P, Wolf M, Martens L, Muth T. Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows. Nature Communiations, 1 (12) 7305, décembre 2021 ; <text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://doi.org/10.1038/s41467-021-27542-8" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">https://doi.org/10.1038/s41467-021-27542-8</text:a><text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4411_4199412181"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P77"><text:s/>Elinor Ostrom, Governing the Commons : the evolution of institutions for collective actions, 1990, Cambridge University Press ; <text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://archive.org/details/ElinorOstromGoverningTheCommons" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">https://archive.org/details/ElinorOstromGoverningTheCommons</text:a></text:p>
<text:p text:style-name="P73"><text:s/>Elinor Ostrom, Governing the Commons : the evolution of institutions for collective actions, 1990, Cambridge University Press ; <text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://archive.org/details/ElinorOstromGoverningTheCommons" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">https://archive.org/details/ElinorOstromGoverningTheCommons</text:a></text:p>
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<text:p text:style-name="P77"><text:span text:style-name="Strong_20_Emphasis"><text:span text:style-name="T58">MESRI, Létat de l&apos;Enseignement supérieur, de la Recherche et de l&apos;Innovation en France n°14, 2021 ; </text:span></text:span>https://publication.enseignementsup-recherche.gouv.fr/eesr/FR/T622/le_financement_des_activites_de_recherche_et_developpement_de_la_recherche_publique/</text:p>
<text:p text:style-name="P73"><text:span text:style-name="Strong_20_Emphasis"><text:span text:style-name="T58">MESRI, Létat de l&apos;Enseignement supérieur, de la Recherche et de l&apos;Innovation en France n°14, 2021 ; </text:span></text:span>https://publication.enseignementsup-recherche.gouv.fr/eesr/FR/T622/le_financement_des_activites_de_recherche_et_developpement_de_la_recherche_publique/</text:p>
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