Logiciels libres et recherche scientifique : à la recherche du bien commun
Le logiciel libre et la recherche publique partagent un même objectif : le bien commun, au service de tous. Les deux semblent faits l'un pour l'autre. Mais qu'en est-il en réalité?
Dans les laboratoires, par exemple, l’outil informatique est souvent basé sur des logiciels propriétaires, à cause de l’inertie et des fabricants de matériel scientifique qui ne fournissent les logiciels et le support que pour la plateforme de bureautique dominante.
Au travers de l’exemple de la plateforme de protéomique PAPPSO (Plateforme d'Analyses Protéomique de Paris Sud-Ouest http://pappso.inra.fr/), nous avons démontré qu’une transition vers le logiciel libre était possible tout au bénéfice de la « Science ouverte ».
PAPPSO s'est dotée au fil des années et des besoins, d'une infrastructure informatique complète : réseau, serveurs, stockage, calcul et postes personnels, basée en totalité sur des systèmes d’exploitation et des logiciels libres. La plateforme développe elle-même plusieurs logiciels sous licence libre et en particulier toute la chaîne de traitement des données de protéomique, depuis leur production par les instruments jusqu'à leur analyse statistique finale : mineXpert2, X!TandemPipeline, MassChroQ, PROTICdb (liste complète des logiciels à http://pappso.inra.fr/bioinfo/).
Ce choix s'est opéré inéluctablement, dans un environnement scientifique où la maîtrise fine des logiciels est consubstantielle à la reproductibilité des traitements, où leur optimisation en améliore le fonctionnement, pour, in fine, faire avancer les techniques et la recherche. Cette maîtrise apporte à PAPPSO une agilité extrême, lui permettant de développer ses propres idées, de s’adapter rapidement aux nouvelles techniques et aux nouveaux instruments sans fragilisation de son organisation. Depuis dix ans, le logiciel libre et l’utilisation des formats de données standard nous a ainsi permis d’assurer la continuité des projets, avec à la clef d’importantes contributions à l’écosystème du logiciel libre en protéomique (algorithmes novateurs), en partie grâce à la réutilisation de fonctionnalités libres développées par d’autres équipes.
De nombreux logiciels libres de pointe sont issus du monde de la recherche publique, comme en témoigne en partie la forge du code source du secteur public. De nombreux logiciels connus et utilisés largement en sont issus : la distribution Debian GNU/Linux, le langage OCaml, Scilab, Sympa, Lodel et VLC, ce dernier né d'un projet d'étudiants de l’Ecole centrale Paris.
L'environnement de la recherche publique, éloigné d'impératifs économiques immédiats, en contact direct avec un milieu hautement qualifié, riche de par la diversité des savoirs et la qualité des échanges, constitue un atout pour le développement efficace des logiciels libres. C'est d'ailleurs cet environnement et ce savoir faire que les entreprises privées apprécient et recherchent dans le secteur public de la recherche.