%\documentclass[12pt,handout]{beamer}
\documentclass{beamer}
%\documentclass[handout]{beamer}

\usetheme{Singapore}

\mode<presentation>
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{listings}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{textcomp}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{slashbox}
\usepackage{colortbl}
\usepackage{caption}
\usepackage[rightcaption]{sidecap} %right caption

\definecolor{light-gray}{gray}{0.8}

\usepackage{booktabs}% http://ctan.org/pkg/booktabs
\usepackage{array}% http://ctan.org/pkg/array
\newsavebox{\mybox}% Store some content in a box
\newcolumntype{G}{@{}>{\begin{lrbox}{\mybox}}l<{\end{lrbox}}@{}}% a column that Gobbles it's entries

\usepackage{color}
\definecolor{gray}{rgb}{0.4,0.4,0.4}
\definecolor{darkblue}{rgb}{0.0,0.0,0.6}
\definecolor{cyan}{rgb}{0.0,0.6,0.6}

\lstset{
basicstyle=\ttfamily,
columns=fullflexible,
showstringspaces=false,
framesep=5pt,
commentstyle=\color{gray}\upshape,
numbers=left, 
showtabs=true,
  tabsize=5,
  tab=\smash{\rule[-.2\baselineskip]{.4pt}{\baselineskip}\kern.5em}
}

\lstdefinelanguage{XML}
{
  morestring=[b]",
  morestring=[s]{>}{<},
  morecomment=[s]{<?}{?>},
  stringstyle=\color{black},
 identifierstyle=\color{darkblue},
 keywordstyle=\color{cyan},
 morekeywords={xmlns,version,type}% list your attributes here
 }

%-----------------
%Define the colors you want to use

\definecolor{keywordcolor}{rgb}{0,0.6,0.6}
\definecolor{delimcolor}{rgb}{0.461,0.039,0.102}
\definecolor{Rcommentcolor}{rgb}{0.101,0.043,0.432}
%-----------------
%Set up your listings. You can type `texdoc listings` in your terminal

\lstdefinestyle{customR}{
  language=R,
  basicstyle=\ttfamily,
  breaklines=true,
  showstringspaces=false,
  keywords={if, else, function, theFunction, tmp},
  otherkeywords={},
  commentstyle=\itshape\color{Rcommentcolor},
  keywordstyle=\color{keywordcolor},
  moredelim=[s][\color{delimcolor}]{"}{"},
}

\lstdefinelanguage{customRtwo}{
  otherkeywords={<-,<<-,\%*\%},  %% cannot add <-
  keywordstyle=\bfseries
}


%\usecolortheme{wolverine}

\definecolor{chocolate}{RGB}{0,0,150}

%\usetheme{CambridgeUS}
%\useoutertheme{shadow}
%\usecolortheme{dolphin}
\setbeamercolor{title}{bg=yellow, fg=black}
\setbeamercolor{frametitle}{bg=yellow, fg=black}
\setbeamercolor{structure}{bg=cyan, fg=cyan}
\setbeamercolor{block title}{bg=white, fg=blue}
%\setbeamertemplate{itemize item} [ball] %default, triangle, circle, square et ball.
%\setbeamertemplate{itemize subitem} [circle]
%\setbeamertemplate{footline}{ %pour ajouter les numÃ©ros de diapo dans le pied de page
%  \color{black}
%  \hfill \insertframenumber/\inserttotalframenumber \hspace{0.05cm} \vspace{0.1cm}
%}
%\setbeamertemplate{headline}{ %pour mettre les titre dans le haut de page. DÃ©finit la position des titres
%\color{black}
%  \vspace{0.1cm}
%  \hspace{0.2cm} \insertsection
%  \hfill \insertsubsection \hspace{0.2cm}
%}
\setbeamertemplate{navigation symbols}{} % pour supprimer les symbols
%\beamertemplatetransparentcovered % fait afficher l'ensemble du frame en peu lisible (gris clair) dÃ¨s l'ouverture
\setbeamercovered{transparent}


%\textblockorigin{0mm}{0mm} % origine des positions


%\hypersetup{pdfpagemode=FullScreen}
\title{Logiciels libres : à la recherche du bien commun}
\author{Edlira Nano, Olivier Langella, Filippo Rusconi}
\institute{
\includegraphics[width=0.3\textwidth]{images/EESR14_R_46_FR_02}}
%\logo{\includegraphics[width=0.3\textwidth]{images/PAPPSO}}
\date[]{Journées réseaux
de l'enseignement et
de la recherche, mai 2022, Marseille}


\begin{document}

% Diapo titre

\begin{frame}
\titlepage
\end{frame}

% Diapo présentation des orateurs et du contexte

\begin{frame}
  \begin{columns}
    \column{0.5\textwidth}
    Olivier Langella, Filipo Rusconi
    \column{0.5\textwidth}
      Edlira Nano
  \end{columns}
\end{frame}



% Diapo Pappso 1

\begin{frame}{La plateforme de protéomique PAPPSO}
    \begin{block}{}
        \begin{itemize}
            \item 11 personnes (4 chercheurs, 7 ITAs)
            \item 3 spectromètres de masse
            \item 4000 échantillons par an
            \item 20 projets en cours
            \item 30 To$/$an
            \item 1 cluster de calcul
        \end{itemize}
    \end{block}
\end{frame}

% Diapo Pappso 2

\begin{frame}{Informatique en protéomique}
    \begin{block}{Logiciels propriétaires}
        \begin{itemize}
            \item 30k€ de licences par an
            \item fractionnement des formats
            \item cycle de vie de 2 ou 3 ans
            \item innovation bloquée (code source fermé)
        \end{itemize}
    \end{block}
    \begin{alertblock}{perte de temps}%frise échantillon - acquisition - bioinformatique - stats%
        \begin{itemize}
            \item gestions des licences (négociations, achats, dongle, expiration...)
            \item conversions de formats pour enchainer les traitements
            \item conversions de formats anciens pour récupérer des projets
            \item transferts de données d'un pc à un autre
            \item limites arbitraires (nombres de postes, CPUs, mémoire...)
        \end{itemize}
    \end{alertblock}
\end{frame}

% Diapo Pappso 3

\begin{frame}{Informatique en protéomique}
    \begin{block}{Logiciels libres}
        \begin{itemize}
            \item utilisation de formats standards (une conversion)
            \item gestion simplifiée des ressources (système, stockage unique)
            \item évolution en continu
            \item réutilisation des données
            \item limites physiques des serveurs
        \end{itemize}
    \end{block}
    \begin{alertblock}{aspect scientifique}%frise échantillon - acquisition - bioinformatique - stats%
        \begin{itemize}
            \item améliorations et adaptations possibles
            \item remplacement de briques, tests de nouveaux traitements
            \item développement de nouveaux algorithmes
        \end{itemize}
    \end{alertblock}
\end{frame}

% Diapo Pappso 4

\begin{frame}
\only<1> {
    \begin{block}{Avancées scientifiques}
        \begin{itemize}
            \item Améliorations en quantité et qualité des résultats (comparatif)
            \item ANR Amaizing 2017 : 1100 échantillons comparés, détection de 3700 PQL de résistance à la sécheresse
            \item ANR Protéocardis 2021 : métaprotéomique, algorithme de grouping\footnote{Nature communication, Van Den Bossche et al. 2021} et quantification sur 500 échantillons très complexes 
        \end{itemize}
    \end{block}
}
    
\only<2> {
    iPRG 2015 results \footnote{Demix-Q, Zhang et al. 2016}, number of quantified peptides
    \centering
    \tiny
    %OMSSA + MSGF+ + CometMS + X!Tandem
    \includegraphics[width=0.9\textwidth]{images/peptide_count_pepxml_tandem}
}
\only<3> {
    iPRG 2015 results, CV (coefficient of variation) comparisons
    \centering
    \tiny
   % OMSSA + MSGF+ + CometMS (ABRF pepxml files)
    \includegraphics[width=0.9\textwidth]{images/compar_cv}
}
\only<4> {
    \begin{block}{Avancées scientifiques}
        \begin{itemize}
            \item Améliorations en quantité et qualité des résultats (comparatif)
            \item ANR Amaizing 2017 : 1100 échantillons comparés, détection de 3700 PQL de résistance à la sécheresse
            \item ANR Protéocardis 2021 : métaprotéomique, algorithme de grouping et quantification sur 500 échantillons très complexes
        \end{itemize}
    \end{block}
}
\end{frame}


% Diapo April 1
% Apports pratiques du libre

\begin{frame}{Avantages pratiques des licences libres dans la recherche}
  \begin{block}{Gain en efficacité et en temps}
    \begin{itemize}
    \item Autonomie : paramétrage avancé, adaptabilité à la recherche
    \item Agilité : cycle conception, développement, test et amélioration courts
    \item Collaboration : réutilisation, intégration et modification de codes
    \end{itemize}
  \end{block}
  \begin{block}{Des résultats durables}
    \begin{itemize}
    \item Transparence et sécurité : on n'a pas à croire sur parole le fabricant, on peut vérifier
    \item Reproductibilité : nul besoin de devoir acquérir des droits pour vérifier les résultats scientifiques 
    \item Interopérabilité : formats ouverts standards, fini les logiciels incapables de communiquer entre eux
    \end{itemize}
  \end{block}
\end{frame}


% Diapo April 2
% Aller plus loin  

\begin{frame}{Obligations légales de logiciels libres}
  \begin{block}{}
  \begin{itemize}
  \item
  \item    
  \end{itemize}
 \end{block}
\end{frame}


% Diapo April 3
% Comment faire du libre en pratique 

\begin{frame}
  \begin{block}{Etalab}
  \begin{itemize}
  \item la plateforme https://code.gouv.fr
  \item la plateforme https://data.gouv.fr
  \item le SILL, Socle Interministériel de Logiciels Libres https://sill.etalab.gouv.fr
  \item gazette et liste de discussion BlueHats 
  \end{itemize}
  \end{block}
  \begin{block}{Guides}
    \begin{itemize}
    \item un guide légal des obligations https://guides.etalab.gouv.fr/algorithmes/guide/
    \item https://www.ouvrirlascience.fr/
    \item https://www.science-ouverte.cnrs.fr/
    \item Software Heritage ?
    \end{itemize}
  \end{block}
\end{frame}

% Diapo April 4
% Aller plus loin  

\begin{frame}{Importance du libre pour la recherche publique}
  \begin{block}{}
  \begin{itemize}
  \item
  \item    
  \end{itemize}
 \end{block}
\end{frame}


% Conclusion commune

\begin{frame}

\end{frame}

\end{document}
