%\documentclass[12pt,handout]{beamer}
\documentclass[aspectratio=169]{beamer}
%\documentclass[handout]{beamer}

\usetheme{Singapore}

\mode<presentation>
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{listings}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{textcomp}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{slashbox}
\usepackage{colortbl}
\usepackage{caption}
\usepackage[rightcaption]{sidecap} %right caption

\definecolor{light-gray}{gray}{0.8}

\usepackage{booktabs}% http://ctan.org/pkg/booktabs
\usepackage{array}% http://ctan.org/pkg/array
\newsavebox{\mybox}% Store some content in a box
\newcolumntype{G}{@{}>{\begin{lrbox}{\mybox}}l<{\end{lrbox}}@{}}% a column that Gobbles it's entries

\usepackage{color}
\definecolor{gray}{rgb}{0.4,0.4,0.4}
\definecolor{darkblue}{rgb}{0.0,0.0,0.6}
\definecolor{cyan}{rgb}{0.0,0.6,0.6}

\lstset{
basicstyle=\ttfamily,
columns=fullflexible,
showstringspaces=false,
framesep=5pt,
commentstyle=\color{gray}\upshape,
numbers=left, 
showtabs=true,
  tabsize=5,
  tab=\smash{\rule[-.2\baselineskip]{.4pt}{\baselineskip}\kern.5em}
}

\lstdefinelanguage{XML}
{
  morestring=[b]",
  morestring=[s]{>}{<},
  morecomment=[s]{<?}{?>},
  stringstyle=\color{black},
 identifierstyle=\color{darkblue},
 keywordstyle=\color{cyan},
 morekeywords={xmlns,version,type}% list your attributes here
 }

%-----------------
%Define the colors you want to use

\definecolor{keywordcolor}{rgb}{0,0.6,0.6}
\definecolor{delimcolor}{rgb}{0.461,0.039,0.102}
\definecolor{Rcommentcolor}{rgb}{0.101,0.043,0.432}
%-----------------
%Set up your listings. You can type `texdoc listings` in your terminal

\lstdefinestyle{customR}{
  language=R,
  basicstyle=\ttfamily,
  breaklines=true,
  showstringspaces=false,
  keywords={if, else, function, theFunction, tmp},
  otherkeywords={},
  commentstyle=\itshape\color{Rcommentcolor},
  keywordstyle=\color{keywordcolor},
  moredelim=[s][\color{delimcolor}]{"}{"},
}

\lstdefinelanguage{customRtwo}{
  otherkeywords={<-,<<-,\%*\%},  %% cannot add <-
  keywordstyle=\bfseries
}

\definecolor{chocolate}{RGB}{0,0,150}

%\usecolortheme{wolverine}
%\usetheme{CambridgeUS}
%\useoutertheme{shadow}
%\usecolortheme{dolphin}

\setbeamercolor{title}{bg=yellow, fg=black}
\setbeamercolor{frametitle}{bg=yellow, fg=black}
\setbeamercolor{structure}{bg=cyan, fg=cyan}
\setbeamercolor{block title}{bg=white, fg=blue}
\setbeamercolor{alerted text}{fg=red}

%\setbeamertemplate{itemize item} [ball] %default, triangle, circle, square et ball.
%\setbeamertemplate{itemize subitem} [circle]
%\setbeamertemplate{footline}{ %pour ajouter les numÃ©ros de diapo dans le pied de page
%  \color{black}
%  \hfill \insertframenumber/\inserttotalframenumber \hspace{0.05cm} \vspace{0.1cm}
%}
%\setbeamertemplate{headline}{ %pour mettre les titre dans le haut de page. DÃ©finit la position des titres
%\color{black}
%  \vspace{0.1cm}
%  \hspace{0.2cm} \insertsection
%  \hfill \insertsubsection \hspace{0.2cm}
%}
\setbeamertemplate{navigation symbols}{} % pour supprimer les symbols
%\beamertemplatetransparentcovered % fait afficher l'ensemble du frame en peu lisible (gris clair) dÃ¨s l'ouverture
\setbeamercovered{transparent}


%\textblockorigin{0mm}{0mm} % origine des positions


%\hypersetup{pdfpagemode=FullScreen}
\title{Logiciels libres : à la recherche du bien commun}
\author{Edlira Nano, Olivier Langella, Filippo Rusconi}
\institute{
  \includegraphics[width=0.3\textwidth]{images/EESR14_R_46_FR_02}}
%\logo{\includegraphics[width=0.3\textwidth]{images/PAPPSO}}
\date[]{Journées réseaux de l'enseignement et
  de la recherche, mai 2022, Marseille}


\begin{document}

% Diapo titre

\begin{frame}
  \titlepage
\end{frame}

% Diapo présentation des orateurs et du contexte

\begin{frame}{Hello}
  \begin{columns}

    \column{0.5\textwidth}
    \centering \alert{Olivier Langella / Filippo Rusconi}
    \begin{figure}
    \centering
    \includegraphics[width=0.5\textwidth]{images/pappso.png}
    %\caption{Plateforme d'analyses protéomiques Paris Sud-Ouest}
    \end{figure}
    
    \column{0.5\textwidth}
    \centering \alert{Edlira Nano}
    \begin{figure}
      \centering
      \includegraphics[width=0.5\textwidth]{images/logo-april-fond-transparent.png}
      \includegraphics[width=0.7\textwidth]{images/logo-lqdn.pdf}
      %\caption{April}
    \end{figure}
  \end{columns}
\end{frame}



% Diapo Pappso 1

\begin{frame}{La plateforme de protéomique PAPPSO}
    \begin{block}{}
        \begin{itemize}
            \item 11 personnes (4 chercheurs, 7 ITAs)
            \item 3 spectromètres de masse
            \item 4000 échantillons par an
            \item 20 projets en cours
            \item 30 To$/$an
            \item 1 cluster de calcul
        \end{itemize}
    \end{block}
\end{frame}

% Diapo Pappso 2

\begin{frame}{Informatique en protéomique}
    \begin{block}{Logiciels propriétaires}
        \begin{itemize}
            \item 30k€ de licences par an
            \item fractionnement des formats
            \item cycle de vie de 2 ou 3 ans
            \item innovation bloquée (code source fermé)
        \end{itemize}
    \end{block}
    \begin{alertblock}{Perte de temps}%frise échantillon - acquisition - bioinformatique - stats%
        \begin{itemize}
            \item gestions des licences (négociations, achats, dongle, expiration...)
            \item conversions de formats pour enchainer les traitements
            \item conversions de formats anciens pour récupérer des projets
            \item transferts de données d'un PC à un autre
            \item limites arbitraires (nombres de postes, CPUs, mémoire...)
        \end{itemize}
    \end{alertblock}
\end{frame}

% Diapo Pappso 3

\begin{frame}{Informatique en protéomique}
    \begin{block}{Logiciels libres}
        \begin{itemize}
            \item utilisation de formats standards (une conversion)
            \item gestion simplifiée des ressources (système, stockage unique)
            \item évolution en continu
            \item réutilisation des données
            \item limites physiques des serveurs
        \end{itemize}
    \end{block}
    \begin{alertblock}{Aspect scientifique}%frise échantillon - acquisition - bioinformatique - stats%
        \begin{itemize}
            \item améliorations et adaptations possibles
            \item remplacement de briques, tests de nouveaux traitements
            \item développement de nouveaux algorithmes
        \end{itemize}
    \end{alertblock}
\end{frame}

% Diapo Pappso 4

\begin{frame}
\only<1> {
    \begin{block}{Avancées scientifiques}
        \begin{itemize}
            \item Améliorations en quantité et qualité des résultats (comparatif)
            \item ANR Amaizing 2017 : 1100 échantillons comparés, détection de 3700 PQL de résistance à la sécheresse
            \item ANR Protéocardis 2021 : métaprotéomique, algorithme de grouping\footnote{Nature communication, Van Den Bossche et al. 2021} et quantification sur 500 échantillons très complexes 
        \end{itemize}
    \end{block}
}
    
\only<2> {
    iPRG 2015 results\footnote{Demix-Q, Zhang et al. 2016}, number of quantified peptides
    \centering
    \tiny
    %OMSSA + MSGF+ + CometMS + X!Tandem
    \includegraphics[height=0.9\textheight]{images/peptide_count_pepxml_tandem}
}
\only<3> {
    iPRG 2015 results, CV (coefficient of variation) comparisons
    \centering
    \tiny
   % OMSSA + MSGF+ + CometMS (ABRF pepxml files)
    \includegraphics[height=0.9\textheight]{images/compar_cv}
}
\only<4> {
    \begin{block}{Avancées scientifiques}
        \begin{itemize}
            \item Améliorations en quantité et qualité des résultats (comparatif)
            \item ANR Amaizing 2017 : 1100 échantillons comparés, détection de 3700 PQL de résistance à la sécheresse
            \item ANR Protéocardis 2021 : métaprotéomique, algorithme de grouping et quantification sur 500 échantillons très complexes
        \end{itemize}
    \end{block}
}
\end{frame}


% Diapo April 1
% Apports pratiques du libre

\begin{frame}{Avantages des logiciels libres pour la recherche}
  \only<1> {
    \begin{block}{Gain en efficacité et en temps}
      \begin{itemize} 
      \item Autonomie : paramétrage avancé, adaptabilité, fini les \beamerbutton{\alert{boutons obscurs}}
      \item Agilité : cycle {conception, développement, tests, modifications} courts
      \item Collaboration : réutilisation, intégration et modification de code source
      \end{itemize}
    \end{block}
  }
  \only<2> {
    \begin{block}{Des résultats durables}
      \begin{itemize}
      \item Transparence : on sait exactement qui fait quoi, fini les \beamerbutton{\alert{boutons magiques}}
      \item Sécurité : on peut vérifier, on peut tracer, on peut côntroler (pas besoin de croire les fabricants sur parole)   
      \item Reproductibilité : nul besoin d'acquérir des droits pour vérifier les résultats scientifiques
      \item Interopérabilité : formats ouverts standards, fini les logiciels incapables de communiquer entre eux, et le temps passé à transformer les données d'un format propriétaire à l'autre
      \end{itemize}
    \end{block}
  }
\end{frame}


% Diapo April 2
% Aller plus loin  

\begin{frame}{Obligations légales pour les autorités publiques}
  \only<1> {
  \begin{block}{Cadre juridique 1 : loi pour une République numérique depuis 2016 }
    \alert{\emph{Les données de la recherche, y compris le code source des logiciels produits, sont considérées comme des données administratives publiques et sont soumises à ce titre à la même obligation de publication que ces dernières, au titre du Code des Relations entre le Public et l’Administration (CRPA).}}
  \end{block}
  }
  \only<2> {
  \begin{block}{Cadre juridique 2 : CRPA}
    \alert{\emph{Toute entité chargée d'une mission de service public doit publier tout document produit ou reçu dans le cadre de cette mission, quelle qu'en soit la date, le lieu de conservation et le support. Les codes sources, en tant que documents administratifs, relèvent de cette obligation (voir l'avis CADA du 8 janvier 2015 n°20144578). Les codes sources concernés sont, au même titre que n'importe quelle autre donnée administrative publiable en open data, celles « dont la publication présente un intérêt économique, social, sanitaire ou environnemental ».}}

    Guide Etalab \emph{Ouvrir les codes sources} sur \beamerbutton{\url{https://guides.etalab.gouv.fr/logiciels}}
   \end{block}
  }
  
  \only<3> {
    \begin{block}{Circulaire Ayrault 2012}
     \emph{Une règle simple à appliquer serait de réinjecter systématiquement de $5$ à $10\%$ des coûts de licences évités.
      Cela permet de contribuer de manière utile dans tous les cas, de ne pas mettre en risque le gain économique d'usage du libre, sans pour autant faire systématiquement une étude poussée de gain complet.}
    \end{block}
  }
  
\end{frame}


% Diapo April 3
% Comment faire du libre en pratique 

\begin{frame}{Comment faire du libre en pratique}
  \only<1> {
    \begin{block}{Etalab vous guide et vous accompagne}
      \begin{itemize}
      \item la plateforme \url{https://code.gouv.fr}
      \item la plateforme  \url{https://data.gouv.fr}
      \item le SILL, Socle Interministériel de Logiciels Libres \url{https://sill.etalab.gouv.fr}
      \item gazette et liste de discussion BlueHats, aide et accompagnement personnalisé
      \end{itemize}
      Pour en savoir plus \beamerbutton{https://communs.numerique.gouv.fr}
    \end{block}
  }
  \only<2> {
    \begin{block}{Ressources}
      \begin{itemize}
      \item guide légal Etalab algorithmes \beamerbutton{\url{https://guides.etalab.gouv.fr/algorithmes/guide}}
      \item guide Etalab d'ouverture des codes sources \beamerbutton{\url{https://guides.etalab.gouv.fr/logiciels}}
      \item plan national pour une science ouverte \beamerbutton{\url{https://www.ouvrirlascience.fr}}
      \item ressources CNRS pour une science ouverte \beamerbutton{\url{https://www.science-ouverte.cnrs.fr}}
      \item l'April vous rassemble \beamerbutton{\alert{$\heartsuit$ \url{htpps://april.org} $\heartsuit$}}
      \end{itemize}
    \end{block}
  }
\end{frame}

% Diapo April 4
% Aller plus loin  

\begin{frame}{Culture libre et recherche publique, un même objectif : le bien commun}
    \begin{block}{Elinor Ostrom, Charlotte Hess dans \emph{Understanding Knowledge As a Commons}}
      \emph{[...]small, homogeneous groups are more likely to be able to sustain a commons. One of the surprising developments of global digital commons, such as the open-source movement, is the high degree of cooperation and coordination achieved by apparently disparate individuals, many of whom never have face-to-face contact.}
    \end{block}
\end{frame}

\begin{frame}{Merciiii :-) Soyons libres <3}
  \begin{tabular}{ c c c }
  \includegraphics[height=0.45\textheight]{images/pmpc.jpg} &
  \includegraphics[height=0.4\textheight]{images/framavillage.jpeg} &
  \includegraphics[height=0.4\textheight]{images/libreavous.png} \\
  \footnotesize Argent public, code public &
  \footnotesize Village libre JRES &
  \footnotesize Podcast \#130 : science ouverte
  \end{tabular}
  \end{frame}


\end{document}
