%\documentclass[12pt,handout]{beamer}
\documentclass{beamer}
%\documentclass[handout]{beamer}

\mode<presentation>
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{hyperref}
\usepackage{listings}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{textcomp}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{slashbox}
\usepackage{colortbl}
\usepackage{caption}
\usepackage[rightcaption]{sidecap} %right caption

\definecolor{light-gray}{gray}{0.8}

\usepackage{booktabs}% http://ctan.org/pkg/booktabs
\usepackage{array}% http://ctan.org/pkg/array
\newsavebox{\mybox}% Store some content in a box
\newcolumntype{G}{@{}>{\begin{lrbox}{\mybox}}l<{\end{lrbox}}@{}}% a column that Gobbles it's entries

\usepackage{color}
\definecolor{gray}{rgb}{0.4,0.4,0.4}
\definecolor{darkblue}{rgb}{0.0,0.0,0.6}
\definecolor{cyan}{rgb}{0.0,0.6,0.6}

\lstset{
basicstyle=\ttfamily,
columns=fullflexible,
showstringspaces=false,
framesep=5pt,
commentstyle=\color{gray}\upshape,
numbers=left, 
showtabs=true,
  tabsize=5,
  tab=\smash{\rule[-.2\baselineskip]{.4pt}{\baselineskip}\kern.5em}
}

\lstdefinelanguage{XML}
{
  morestring=[b]",
  morestring=[s]{>}{<},
  morecomment=[s]{<?}{?>},
  stringstyle=\color{black},
 identifierstyle=\color{darkblue},
 keywordstyle=\color{cyan},
 morekeywords={xmlns,version,type}% list your attributes here
 }

%-----------------
%Define the colors you want to use

\definecolor{keywordcolor}{rgb}{0,0.6,0.6}
\definecolor{delimcolor}{rgb}{0.461,0.039,0.102}
\definecolor{Rcommentcolor}{rgb}{0.101,0.043,0.432}
%-----------------
%Set up your listings. You can type `texdoc listings` in your terminal

\lstdefinestyle{customR}{
  language=R,
  basicstyle=\ttfamily,
  breaklines=true,
  showstringspaces=false,
  keywords={if, else, function, theFunction, tmp},
  otherkeywords={},
  commentstyle=\itshape\color{Rcommentcolor},
  keywordstyle=\color{keywordcolor},
  moredelim=[s][\color{delimcolor}]{"}{"},
}

\lstdefinelanguage{customRtwo}{
  otherkeywords={<-,<<-,\%*\%},  %% cannot add <-
  keywordstyle=\bfseries
}




\definecolor{chocolate}{RGB}{0,0,150}

\usetheme{CambridgeUS}
%\useoutertheme{shadow}
\usecolortheme{dolphin}
\setbeamercolor{title}{bg=blue!5!white, fg=chocolate}
\setbeamercolor{frametitle}{bg=blue!5!white, fg=chocolate}
\setbeamercolor{structure}{bg=white, fg=chocolate}
\setbeamercolor{block title alerted}{bg=chocolate, fg=white}
\setbeamertemplate{itemize item} [ball] %default, triangle, circle, square et ball.
\setbeamertemplate{itemize subitem} [circle]
\setbeamertemplate{footline}{ %pour ajouter les numÃ©ros de diapo dans le pied de page
  \color{black}
  \hfill \insertframenumber/\inserttotalframenumber \hspace{0.05cm} \vspace{0.1cm}
}
%\setbeamertemplate{headline}{ %pour mettre les titre dans le haut de page. DÃ©finit la position des titres
%  \color{black}
 % \vspace{0.1cm}
%  \hspace{0.2cm} \insertsection
 % \hfill \insertsubsection \hspace{0.2cm}
%}
\setbeamertemplate{navigation symbols}{} % pour supprimer les symbols
%\beamertemplatetransparentcovered % fait afficher l'ensemble du frame en peu lisible (gris clair) dÃ¨s l'ouverture
\setbeamercovered{transparent}


%\textblockorigin{0mm}{0mm} % origine des positions


%\hypersetup{pdfpagemode=FullScreen}
\title{Logiciels libres : à la recherche du bien commun}
\author{Edlira Nano, Olivier Langella, Filippo Rusconi}
\institute{
\includegraphics[width=0.3\textwidth]{images/EESR14_R_46_FR_02}}
%\logo{\includegraphics[width=0.3\textwidth]{images/PAPPSO}}
\date[]{Journées réseaux
de l'enseignement et
de la recherche, mai 2022, Marseille}


\begin{document}

% Diapo titre

\begin{frame}
\titlepage
\end{frame}

% Diapo présentation des orateurs et du contexte

\begin{frame}  
    \begin{itemize}
    \item Olivier Langella, Filipo Rusconi
    \item Edlira Nano
    \end{itemize}
\end{frame}



% Diapo Pappso 1

\begin{frame}{La plateforme de protéomique PAPPSO}
    \begin{block}{}
        \begin{itemize}
            \item 11 personnes (4 chercheurs, 7 ITAs)
            \item 3 spectromètres de masse
            \item 4000 échantillons par an
            \item 20 projets en cours
            \item 30 To$/$an
            \item 1 cluster de calcul
        \end{itemize}
    \end{block}
\end{frame}

% Diapo Pappso 2

\begin{frame}{Informatique en protéomique}
    \begin{block}{Logiciels propriétaires}
        \begin{itemize}
            \item 30k€ de licences par an
            \item fractionnement des formats
            \item cycle de vie de 2 ou 3 ans
            \item innovation bloquée (code source fermé)
        \end{itemize}
    \end{block}
\end{frame}

% Diapo Pappso 3

\begin{frame}
\end{frame}

% Diapo Pappso 4

\begin{frame}
\end{frame}


% Diapo April 1
% Apports du libre

\begin{frame}{Avantages pratiques des licences libres dans la recherche}
  \begin{block}{Gain en efficacité}
    \begin{itemize}
    \item Autonomie : paramétrage avancé, adaptabilité à la recherche
    \item Agilité : cycle conception, développement, test et amélioration courts
    \item Collaboration : réutilisation, intégration et modification de codes
    \end{itemize}
  \end{block}
  \begin{block}{Des résultats durables}
    \begin{itemize}
    \item Transparence et sécurité : on n'a pas à croire sur parole le fabricant, on peut vérifier
    \item Reproductibilité : nul besoin de devoir acquérir des droits pour vérifier les résultats scientifiques 
    \item Interopérabilité : formats ouverts standards, fini les logiciels incapables de communiquer entre eux
    \end{itemize}
  \end{block}
\end{frame}

% Diapo April 2
% Apports fondamentaux

\begin{frame}{Importance du libre pour la recherche publique}
  \begin{block}{}
  \begin{itemize}
  \item
  \item    
  \end{itemize}
 \end{block}
\end{frame}


% Diapo April 3
% Comment faire du libre en pratique 

\begin{frame}
  \begin{block}{Etalab}
  \begin{itemize}
  \item la plateforme https://code.gouv.fr/
  \item la plateforme https://data.gouv.fr
  \item le SILL, Socle Interministériel de Logiciels Libres https://sill.etalab.gouv.fr
  \item gazette et liste de discussion BlueHats 
  \end{itemize}
  \end{block}
  \begin{block}{Guides}
    \begin{itemize}
    \item un guide légal des obligations https://guides.etalab.gouv.fr/algorithmes/guide/
    \item https://www.ouvrirlascience.fr/
    \item https://www.science-ouverte.cnrs.fr/
    \item Software Heritage ?
    \end{itemize}
  \end{block}
\end{frame}

% Diapo April 3
% Aller plus loin  

\begin{frame}

\end{frame}

% Conclusion commune

\begin{frame}

\end{frame}

\end{document}
