Eda/Conf-JRES-April-Pappso
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</text:sequence-decls>
<text:p text:style-name="Standard">version soumise :</text:p>
<text:p text:style-name="Standard">Logiciels libres <text:span text:style-name="T5">et recherche scientifique</text:span> : à la recherche du bien commun</text:p>
<text:p text:style-name="Standard"/>
<text:p text:style-name="Standard"># Logiciels libres : à la recherche du bien commun</text:p>
<text:p text:style-name="Standard">Le logiciel libre et la recherche publique partagent un <text:span text:style-name="T5">même </text:span>objectif : le bien commun, au service de tous. Les deux semblent faits l&apos;un pour l&apos;autre. Mais qu&apos;en est-il en réalité?</text:p>
<text:p text:style-name="Standard"/>
<text:p text:style-name="Standard">Résumé</text:p>
<text:p text:style-name="Standard"/>
<text:p text:style-name="Standard">Le logiciel libre et la recherche publique partagent un objectif : le bien commun, au service de tous.</text:p>
<text:p text:style-name="Standard">Les deux semblent faits l&apos;un pour l&apos;autre. Mais qu&apos;en est-il en réalité?</text:p>
<text:p text:style-name="Standard"/>
<text:p text:style-name="P2">Dans les laboratoires, sur le terrain, l’outil informatique est souvent basé sur des logiciels propriétaires, situation favorisée par les habitudes et les constructeurs de matériel scientifique qui ne fournissent les logiciels et le support que pour ces plateformes.</text:p>
<text:p text:style-name="P2">Dans les laboratoires, <text:span text:style-name="T5">par exemple</text:span>, l’outil informatique est souvent basé sur des logiciels propriétaires, <text:span text:style-name="T5">à cause de l’inertie</text:span> et <text:span text:style-name="T5">d</text:span>es <text:span text:style-name="T5">fabricants</text:span> de matériel scientifique qui ne fournissent les logiciels et le support que pour <text:span text:style-name="T5">la</text:span> plateforme <text:span text:style-name="T5">de bureautique dominante</text:span>.</text:p>
<text:p text:style-name="P2"/>
<text:p text:style-name="P1"><text:span text:style-name="T1">Au travers de l’</text:span>exemple de la plateforme de protéomique PAPPSO (Plateforme d&apos;Analyses Protéomique de Paris Sud-Ouest http://pappso.inra.fr/), <text:span text:style-name="T2">nous avons démontré qu’une transition vers le logiciel libre était possible et que cela apporte de réels bénéfices à la « science ouverte »</text:span>.</text:p>
<text:p text:style-name="P1"><text:span text:style-name="T1">Au travers de l’</text:span>exemple de la plateforme de protéomique PAPPSO (Plateforme d&apos;Analyses Protéomique de Paris Sud-Ouest http://pappso.inra.fr/), <text:span text:style-name="T2">nous avons démontré qu’une transition vers le logiciel libre était possible </text:span><text:span text:style-name="T5">tout au</text:span><text:span text:style-name="T2"> bénéfice </text:span><text:span text:style-name="T5">de </text:span><text:span text:style-name="T2">la « </text:span><text:span text:style-name="T5">S</text:span><text:span text:style-name="T2">cience ouverte »</text:span>.</text:p>
<text:p text:style-name="Standard"/>
<text:p text:style-name="Standard">PAPPSO s&apos;est dotée petit à petit, au fil des années et des besoins, d&apos;une infrastructure informatique complète : réseau, serveurs, stockage, calcul et postes personnels, basée en totalité sur des systèmes et logiciels libres. De plus, la plateforme développe aujourd&apos;hui elle même plusieurs logiciels sous licence libre et en particulier toute la chaîne de traitement informatique des données protéomiques, depuis leur sortie des instruments de mesure, jusqu&apos;à leur analyse statistique finale : mineXpert2, X!TandemPipeline, MassChroQ, PROTICdb (liste complète des logiciels ici http://pappso.inra.fr/bioinfo/).</text:p>
<text:p text:style-name="Standard">PAPPSO s&apos;est dotée au fil des années et des besoins, d&apos;une infrastructure informatique complète : réseau, serveurs, stockage, calcul et postes personnels, basée en totalité sur des systèmes <text:span text:style-name="T5">d’exploitation </text:span>et <text:span text:style-name="T5">des </text:span>logiciels libres. <text:span text:style-name="T5">L</text:span>a plateforme développe elle-même plusieurs logiciels sous licence libre et en particulier toute la chaîne de traitement<text:span text:style-name="T5"> </text:span>des données <text:span text:style-name="T5">de </text:span>protéomique,<text:span text:style-name="T5"> </text:span>depuis leur <text:span text:style-name="T5">production par</text:span> <text:span text:style-name="T5">le</text:span>s instruments jusqu&apos;à leur analyse statistique finale : <text:span text:style-name="T6">mineXpert2</text:span>, <text:span text:style-name="T6">X!</text:span><text:span text:style-name="T7">T</text:span><text:span text:style-name="T6">andemPipeline</text:span>, <text:span text:style-name="T6">MassChroQ</text:span>, <text:span text:style-name="T6">PROTICdb</text:span> (liste complète des logiciels <text:span text:style-name="T5">à</text:span> http://pappso.inra.fr/bioinfo/).</text:p>
<text:p text:style-name="Standard"/>
<text:p text:style-name="P3"><text:span text:style-name="T2">C</text:span>e choix s&apos;est opéré naturellement, et même inévitablement, dans un environnement scientifique où la maîtrise fine des logiciels est fondamentale, où il est indispensable d&apos;assurer une haute reproductibilité des traitements, où l&apos;objectif est d&apos;optimiser pour améliorer le fonctionnement des logiciels, afin de faire avancer la recherche et la technique dans le domaine concerné. <text:span text:style-name="T2">La maîtrise complète des outils apporte à PAPPSO une agilité extrême qui lui permet de développer ses propres idées et de s’adapter aux nouvelles techniques très rapidement sans remettre en cause toute son organisation. </text:span><text:span text:style-name="T3">Le passage d’un fabricant de machine à un autre impliquait auparavant le remplacement de toute la chaîne de traitement des données et la formation aux nouveaux outils. Cela rendait le suivi des projets et la reproductibilité des résultats scientifique difficiles. Depuis 10 ans, le logiciel libre et l’utilisation des formats standards nous a permis d’assurer la continuité des projets. </text:span><text:span text:style-name="T4">D’autre part, nous avons contribué à l’écosystème du logiciel libre en protéomique en proposant nos propres algorithmes et en utilisant les fonctionnalités développées par d’autres équipes en intégrant du code libre dans nos productions.</text:span></text:p>
<text:p text:style-name="P4"><text:span text:style-name="T2">C</text:span>e choix s&apos;est opéré <text:span text:style-name="T8">inéluctablement</text:span>, dans un environnement scientifique où la maîtrise fine des logiciels est <text:span text:style-name="T8">consubstantielle à</text:span> <text:span text:style-name="T5">la</text:span> reproductibilité des traitements, <text:span text:style-name="T8">où leur </text:span>optimis<text:span text:style-name="T8">ation</text:span> <text:span text:style-name="T5">en </text:span>améliore le fonctionnement<text:span text:style-name="T5">, </text:span><text:span text:style-name="T8">pour, </text:span><text:span text:style-name="T7">in fine</text:span><text:span text:style-name="T5">, </text:span>faire avancer l<text:span text:style-name="T5">es</text:span> technique<text:span text:style-name="T5">s </text:span><text:span text:style-name="T8">et </text:span><text:span text:style-name="T5">la recherche</text:span>. <text:span text:style-name="T5">Cette</text:span><text:span text:style-name="T2"> maîtrise apporte à PAPPSO une agilité extrême, </text:span><text:span text:style-name="T8">lui </text:span><text:span text:style-name="T2">permet</text:span><text:span text:style-name="T5">t</text:span><text:span text:style-name="T8">ant</text:span><text:span text:style-name="T2"> </text:span><text:span text:style-name="T8">d</text:span><text:span text:style-name="T2">e développe</text:span><text:span text:style-name="T8">r</text:span><text:span text:style-name="T5"> </text:span><text:span text:style-name="T2">ses propres idées, </text:span><text:span text:style-name="T8">de s’</text:span><text:span text:style-name="T2">adapt</text:span><text:span text:style-name="T8">er</text:span><text:span text:style-name="T2"> </text:span><text:span text:style-name="T5">rapide</text:span><text:span text:style-name="T8">ment</text:span><text:span text:style-name="T5"> </text:span><text:span text:style-name="T2">aux nouvelles techniques </text:span><text:span text:style-name="T8">et aux nouveaux instruments</text:span><text:span text:style-name="T2"> sans </text:span><text:span text:style-name="T8">fragilisation</text:span><text:span text:style-name="T5"> de</text:span><text:span text:style-name="T2"> son organisation. </text:span><text:span text:style-name="T3">Depuis </text:span><text:span text:style-name="T5">dix</text:span><text:span text:style-name="T3"> ans, le logiciel libre et l’utilisation des formats </text:span><text:span text:style-name="T5">de données </text:span><text:span text:style-name="T3">standard nous a </text:span><text:span text:style-name="T8">ainsi</text:span><text:span text:style-name="T3"> permis d’assurer la continuité des projets, </text:span><text:span text:style-name="T8">avec à la clef d’importantes </text:span><text:span text:style-name="T5">contributions</text:span><text:span text:style-name="T4"> à l’écosystème du logiciel libre en protéomique </text:span><text:span text:style-name="T5">(a</text:span><text:span text:style-name="T4">lgorithmes </text:span><text:span text:style-name="T5">novateurs), </text:span><text:span text:style-name="T8">en partie grâce à la réutilisation </text:span><text:span text:style-name="T5">de</text:span><text:span text:style-name="T4"> fonctionnalités </text:span><text:span text:style-name="T8">libres </text:span><text:span text:style-name="T4">développées par d’autres équipes.</text:span></text:p>
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<text:p text:style-name="Standard">De nombreux logiciels libres de pointe sont issus du monde de la recherche publique comme en témoigne en partie la forge du code source du secteur public. De nombreux logiciels connus et utilisés largement en sont issus : la distribution Debian GNU/Linux, le logiciel Inkscape, le langage OCAml, Scilab, Scenari, Sympa, Lodel, VLC qui est née d&apos;un projet d&apos;étudiants de Centrale Paris.</text:p>
<text:p text:style-name="Standard">L&apos;environnement de la recherche publique, éloigné d&apos;impératifs économiques immédiats, en contact direct avec un milieu hautement qualifié, riche de par la diversité des savoirs et la qualité des échanges, constitue un atout pour le développement efficace de logiciels libres. C&apos;est d&apos;ailleurs cet environnement, ce savoir faire, que les entreprises privées apprécient et recherchent chez nous: nos capacités et notre force de développement sont uniques. Ne nous sous-estimons pas, et préservons nos spécificités.</text:p>
<text:p text:style-name="Standard">De nombreux logiciels libres de pointe sont issus du monde de la recherche publique, comme en témoigne en partie la forge du code source du secteur public. De nombreux logiciels connus et utilisés largement en sont issus : la distribution Debian GNU/Linux, le langage OC<text:span text:style-name="T5">a</text:span>ml, Scilab, Sympa, Lodel <text:span text:style-name="T5">et</text:span> VLC, <text:span text:style-name="T8">ce dernier</text:span> né d&apos;un projet d&apos;étudiants de <text:span text:style-name="T5">l’Ecole c</text:span>entrale Paris.</text:p>
<text:p text:style-name="Standard"/>
<text:p text:style-name="Standard">L&apos;environnement de la recherche publique, éloigné d&apos;impératifs économiques immédiats, en contact direct avec un milieu hautement qualifié, riche de par la diversité des savoirs et la qualité des échanges, constitue un atout pour le développement efficace de<text:span text:style-name="T8">s</text:span> logiciels libres. C&apos;est d&apos;ailleurs cet environnement <text:span text:style-name="T8">et</text:span> ce savoir faire que les entreprises privées apprécient et recherchent <text:span text:style-name="T5">dans le secteur public de la recherche</text:span>.</text:p>
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