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Olivier Langella
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6b44f39503
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<text:p text:style-name="P1">JRES 2021 – Marseille<text:tab/><text:tab/><text:page-number text:select-page="current">8</text:page-number>/<text:page-count>8</text:page-count></text:p>
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<text:p text:style-name="P1">JRES 2021 – Marseille<text:tab/><text:tab/><text:page-number text:select-page="current">5</text:page-number>/<text:page-count>5</text:page-count></text:p>
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<text:p text:style-name="P15"><text:span text:style-name="T13">L</text:span>e document sera <text:span text:style-name="T13">finalement </text:span>transformé en format « Portable Document Format » (.pdf) pour la phase finale de publication.<text:change-end text:change-id="ct94386707814560"/></text:p>
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<text:h text:style-name="P69" text:outline-level="2"><text:change-start text:change-id="ct94386707816320"/>Taille des articles<text:change-end text:change-id="ct94386707816320"/><text:span text:style-name="T21">Transition d</text:span><text:span text:style-name="T22">es</text:span><text:span text:style-name="T21"> logiciel</text:span><text:span text:style-name="T22">s</text:span><text:span text:style-name="T21"> propriétaire</text:span><text:span text:style-name="T22">s</text:span><text:span text:style-name="T21"> au </text:span><text:span text:style-name="T22">L</text:span><text:span text:style-name="T21">ogiciel libre</text:span></text:h>
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<text:p text:style-name="P79"><text:change-start text:change-id="ct94386707791040"/>L’article doit faire entre 5 et 10 pages.<text:change-end text:change-id="ct94386707791040"/><text:span text:style-name="T66">Le passage progressif au </text:span><text:span text:style-name="T79">L</text:span><text:span text:style-name="T66">ogiciel libre a permis une rationalisation de l’utilisation des ressources informatiques. Nous sommes passés de postes dédiés à licence unique</text:span><text:span text:style-name="T79"> pour usage</text:span><text:span text:style-name="T66"> unique </text:span><text:span text:style-name="T67">à une infrastructure collective combinant stockage, calcul et enchaînement des traitements depuis n’importe quel poste de travail.</text:span></text:p>
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<text:p text:style-name="P79"><text:span text:style-name="T68">Durant la période 2005–2015, notre travail a été facilité par la définition de formats standards en protéomique, l’émergence de nombreux logiciels libres dans le domaine </text:span><text:span text:style-name="T69">(cf http://dx.doi.org/10.2174/1389203722666210118160946)</text:span><text:span text:style-name="T68"> et le développement en interne de nouvelles solutions </text:span><text:span text:style-name="T79">logicielles </text:span><text:span text:style-name="T69">(PROTICdb, mineXpert2, X!TandemPipeline, MassChroQ)</text:span><text:span text:style-name="T68">.</text:span><text:change-start text:change-id="ct94386707792480"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P79"><text:span text:style-name="T68">Durant la période 2005–2015, notre travail a été facilité par la définition de formats standards en protéomique, l’émergence de nombreux logiciels libres dans le domaine </text:span><text:span text:style-name="T68"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4219_4199412181">[1]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T68"><text:s/>et le développement en interne de nouvelles solutions </text:span><text:span text:style-name="T79">logicielles </text:span><text:span text:style-name="T69">(PROTICdb </text:span><text:span text:style-name="T69"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4321_4199412181">[2]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T69">, mineXpert2 </text:span><text:span text:style-name="T69"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4323_4199412181">[3]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T69">, X!TandemPipeline </text:span><text:span text:style-name="T69"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4176_4199412181">[4]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T69">, MassChroQ </text:span><text:span text:style-name="T69"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4381_4199412181">[5]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T69">)</text:span><text:span text:style-name="T68">.</text:span><text:change-start text:change-id="ct94386707792480"/></text:p>
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<text:h text:style-name="P61" text:outline-level="2"><text:change-end text:change-id="ct94386707792480"/><text:span text:style-name="T79">Choix du s</text:span>ystème<text:span text:style-name="T79"> d'exploitation</text:span><text:change-start text:change-id="ct94386707781600"/></text:h>
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<text:p text:style-name="P79"><text:change-end text:change-id="ct94386707781600"/><text:span text:style-name="T69">Le choix de PAPPSO s’est porté d’abord sur </text:span><text:span text:style-name="T79">la distribution GNU/Linux </text:span><text:span text:style-name="T69">Ubuntu</text:span><text:span text:style-name="T79">,</text:span><text:span text:style-name="T69"> puis sur Debian. </text:span><text:span text:style-name="T79">Un groupe de développeurs officiels Debian, dont un auteur de ce rapport, s'attache à fournir </text:span><text:span text:style-name="T80">dans la distribution </text:span><text:span text:style-name="T79">de </text:span><text:span text:style-name="T69">nombreux logiciels </text:span><text:span text:style-name="T79">pour la chimie, et en particulier pour la spectrométrie de masse ("team debichem")</text:span><text:span text:style-name="T69">. L</text:span><text:span text:style-name="T79">'intérêt principal de la </text:span><text:span text:style-name="T69">distribution Debian </text:span><text:span text:style-name="T79">est la richesse de son </text:span><text:span text:style-name="T69">offre </text:span><text:span text:style-name="T79">logicielle qui permet de disposer d'</text:span><text:span text:style-name="T69">un socle </text:span><text:span text:style-name="T79">de fonctionnalités robuste</text:span><text:span text:style-name="T69"> </text:span><text:span text:style-name="T79">couvrant les exigences "serveur" et les </text:span><text:soft-page-break/><text:span text:style-name="T79">impératifs "</text:span><text:span text:style-name="T69">bureautique</text:span><text:span text:style-name="T79">"</text:span><text:span text:style-name="T69">. </text:span><text:span text:style-name="T79">Tous les logiciels développés par PAPPSO sont disponibles</text:span><text:span text:style-name="T70"> sous forme de paquets Debian dans </text:span><text:span text:style-name="T79">des</text:span><text:span text:style-name="T70"> dépôt</text:span><text:span text:style-name="T79">s</text:span><text:span text:style-name="T70"> publi</text:span><text:span text:style-name="T79">cs</text:span><text:span text:style-name="T70">. </text:span><text:span text:style-name="T79">Le déploiement des </text:span><text:span text:style-name="T80">logiciels </text:span><text:span text:style-name="T70">sur les serveurs et les postes de travail de l’équipe</text:span><text:span text:style-name="T80"> </text:span><text:span text:style-name="T79">est ainsi </text:span><text:span text:style-name="T80">totalement automatisé.</text:span><text:change-start text:change-id="ct94386707728144"/></text:p>
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<text:h text:style-name="P44" text:outline-level="2"><text:span text:style-name="T21">S</text:span><text:span text:style-name="T18">tockage</text:span></text:h>
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@ -1939,7 +1939,7 @@
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<text:p text:style-name="P80">Le système de stockage <text:span text:style-name="T80">des données de spectrométrie de masse </text:span>doit permettre une adaptation en continu de l<text:span text:style-name="T80">a</text:span> volumétrie <text:span text:style-name="T80">d'espace disque </text:span>disponible ainsi que <text:span text:style-name="T80">l</text:span>es <text:span text:style-name="T80">meilleures </text:span>performances en lecture<text:span text:style-name="T80"> et </text:span>écriture. Les solutions classiques de type NAS ont été écartées pour éviter la dépendance matérielle et les problèmes liés au renouvellement des équipements.</text:p>
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<text:p text:style-name="P81">Dès 2011, nous avons été parmi les premiers à faire confiance à une solution nouvelle de stockage distribué: Ceph. La principale caractéristique de ce système de stockage est de ne requérir que des serveurs standard. La flexibilité et l'adaptabilité de ce système à des besoins perpétuellement en évolution en ont fait la solution la plus robuste que nous connaissions.</text:p>
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<text:p text:style-name="P79"/>
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<text:p text:style-name="P52"><draw:frame draw:style-name="fr1" draw:name="Image1" text:anchor-type="char" svg:width="10.788cm" svg:height="5.258cm" draw:z-index="1"><draw:image xlink:href="deluge/deluge.png" xlink:type="simple" xlink:show="embed" xlink:actuate="onLoad" draw:filter-name="<Toutes les images>" draw:mime-type="image/png"/>
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<text:p text:style-name="P52"><draw:frame draw:style-name="fr1" draw:name="Image1" text:anchor-type="char" svg:width="10.788cm" svg:height="5.258cm" draw:z-index="0"><draw:image xlink:href="deluge/deluge.png" xlink:type="simple" xlink:show="embed" xlink:actuate="onLoad" draw:filter-name="<Toutes les images>" draw:mime-type="image/png"/>
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</draw:frame><text:span text:style-name="T43">Figure </text:span><text:span text:style-name="T43"><text:sequence text:ref-name="refFigure1" text:name="Figure" text:formula="ooow:Figure+1" style:num-format="1">1</text:sequence></text:span><text:span text:style-name="T43"><text:s/>– </text:span><text:span text:style-name="T82">Evolution des besoins de stockage de la plateforme en To/an, comparée à l’évolution des disques durs</text:span><text:change-start text:change-id="ct94386707766880"/></text:p>
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<text:h text:style-name="P45" text:outline-level="2">Calcul</text:h>
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<text:p text:style-name="P82"><text:change-end text:change-id="ct94386707766880"/>La plateforme PAPPSO est spécialisée dans les traitements en protéomique haut débit (nombreux échantillons<text:span text:style-name="T80"> à traiter dans les plus brefs délais</text:span>). Pour assurer la disponibilité de nos moyens de calcul à l’ensemble des utilisateurs, nous utilisons le gestionnaire de processus HTCondor.</text:p>
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@ -1954,114 +1954,28 @@
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<text:p text:style-name="P79"><text:span text:style-name="T75">La dernière « rupture technologique » </text:span><text:span text:style-name="T83">a été</text:span><text:span text:style-name="T75"> l’apparition du tim</text:span><text:span text:style-name="T80">s</text:span><text:span text:style-name="T75">TOF </text:span><text:span text:style-name="T83">P</text:span><text:span text:style-name="T75">ro du fabricant Bruker. Cet appareil dispose d’une fréquence d’acquisition 10 fois </text:span><text:span text:style-name="T83">supérieure à celle de</text:span><text:span text:style-name="T75"> la génération précédente ainsi que d’une nouvelle dimension de séparation des peptides (mobilité ionique). Fait unique depuis les débuts de la protéomique, Bruker </text:span><text:span text:style-name="T83">nous </text:span><text:span text:style-name="T75">a </text:span><text:span text:style-name="T83">confié </text:span><text:span text:style-name="T75">les spécifications techniques de son </text:span><text:span text:style-name="T83">format de fichier de données</text:span><text:span text:style-name="T75">. Cela nous a permis d’adapter MassChroQ pour pouvoir utiliser </text:span><text:span text:style-name="T83">de manière native</text:span><text:span text:style-name="T75"> les données </text:span><text:span text:style-name="T83">obtenues sur cet instrument</text:span><text:span text:style-name="T75">. No</text:span><text:span text:style-name="T83">tre savoir faire en développment C++ nous a ainsi permis d'obtenir</text:span><text:span text:style-name="T75"> des gains de performances remarquables par rapport aux logiciels commerciaux, ainsi que de meilleurs </text:span><text:span text:style-name="T83">résultats scientifiques</text:span><text:span text:style-name="T75">.</text:span></text:p>
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<text:p text:style-name="P22"/>
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<text:h text:style-name="P59" text:outline-level="1"><text:soft-page-break/>Bilan</text:h>
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<text:p text:style-name="P79"><text:span text:style-name="T76">Le passage au </text:span><text:span text:style-name="T83">L</text:span><text:span text:style-name="T76">ogiciel libre pour </text:span><text:span text:style-name="T83">tous les besoins informatiques de </text:span><text:span text:style-name="T76">la plateforme PAPPSO a permis une maîtrise totale de ses outils, de</text:span><text:span text:style-name="T83">pui</text:span><text:span text:style-name="T81">s</text:span><text:span text:style-name="T76"> la production des données brutes </text:span><text:span text:style-name="T83">ju</text:span><text:span text:style-name="T81">s</text:span><text:span text:style-name="T83">qu’</text:span><text:span text:style-name="T76">à l’interprétation biologique. Les sommes importantes économisées en licences de logiciels propriétaires (20k€ par an) ont été transférées dans la maintenance des ressources de calcul et de stockage. Le savoir faire développé par PAPPSO dans l’analyse protéomique haut débit est reconnu au niveau international (129 articles citant MassChroQ depuis 2011, </text:span><text:span text:style-name="T77">publication d’un article de référence en métaprotéomique </text:span><text:span text:style-name="T32">N</text:span><text:span text:style-name="T33">ature communication</text:span><text:span text:style-name="T32">s</text:span><text:span text:style-name="T77"> </text:span><text:span text:style-name="T83">, </text:span><text:span text:style-name="T77">2021). Toutes les analyses sont complètement vérifiables et reproductibles, les logiciels étant tous librement </text:span><text:span text:style-name="T83">téléchargeables, </text:span><text:span text:style-name="T77">sous licence GPLv3</text:span><text:span text:style-name="T83">, sans demande préalable</text:span><text:span text:style-name="T77">.</text:span></text:p>
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<text:p text:style-name="P79"><text:span text:style-name="T76">Le passage au </text:span><text:span text:style-name="T83">L</text:span><text:span text:style-name="T76">ogiciel libre pour </text:span><text:span text:style-name="T83">tous les besoins informatiques de </text:span><text:span text:style-name="T76">la plateforme PAPPSO a permis une maîtrise totale de ses outils, de</text:span><text:span text:style-name="T83">pui</text:span><text:span text:style-name="T81">s</text:span><text:span text:style-name="T76"> la production des données brutes </text:span><text:span text:style-name="T83">ju</text:span><text:span text:style-name="T81">s</text:span><text:span text:style-name="T83">qu’</text:span><text:span text:style-name="T76">à l’interprétation biologique. Les sommes importantes économisées en licences de logiciels propriétaires (20k€ par an) ont été transférées dans la maintenance des ressources de calcul et de stockage. Le savoir faire développé par PAPPSO dans l’analyse protéomique haut débit est reconnu au niveau international (129 articles citant MassChroQ depuis 2011, </text:span><text:span text:style-name="T77">publication d’un article de référence en métaprotéomique </text:span><text:span text:style-name="T77"><text:bookmark-ref text:reference-format="number" text:ref-name="__RefNumPara__4411_4199412181">[6]</text:bookmark-ref></text:span><text:span text:style-name="T81">)</text:span><text:span text:style-name="T77">. Toutes les analyses sont complètement vérifiables et reproductibles, les logiciels étant tous librement </text:span><text:span text:style-name="T83">téléchargeables, </text:span><text:span text:style-name="T77">sous licence GPLv3</text:span><text:span text:style-name="T83">, sans demande préalable</text:span><text:span text:style-name="T77">.</text:span></text:p>
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<text:p text:style-name="P23"/>
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<text:p text:style-name="P23"/>
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<text:h text:style-name="P37" text:outline-level="1"><text:span text:style-name="T24">P</text:span><text:span text:style-name="T60">résentation générale</text:span></text:h>
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<text:p text:style-name="P8">Le style <text:span text:style-name="T14">fourni </text:span><text:span text:style-name="T41">et utilisé dans ce </text:span><text:span text:style-name="T58">document</text:span><text:span text:style-name="T41"> </text:span>est dérivé <text:span text:style-name="T41">de celui de base</text:span> <text:span text:style-name="T41">de</text:span> LibreOffice. </text:p>
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<text:p text:style-name="P8"><text:span text:style-name="T41">Les quelques </text:span><text:span text:style-name="T42">modifica</text:span>tions <text:span text:style-name="T41">sont </text:span>regroupées dans l<text:span text:style-name="T14">a hiérarchie de</text:span> styles « → Jres », <text:span text:style-name="T14">sous le </text:span>style de paragraphe par défaut. Autant que possible, l’auteur doit s’<text:span text:style-name="T14">y</text:span> conformer. <text:span text:style-name="T14">Les fontes utilisées sont </text:span><text:span text:style-name="T41">celles </text:span><text:span text:style-name="T36">fournies </text:span><text:span text:style-name="T41">par</text:span><text:span text:style-name="T36"> LibreOffice et ainsi </text:span><text:span text:style-name="T14">disponibles </text:span><text:span text:style-name="T41">en standard </text:span><text:span text:style-name="T14">sur chaque plate-forme (Windows, Mac, Linux & BSD).</text:span></text:p>
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<text:h text:style-name="P42" text:outline-level="2"><text:span text:style-name="T19">Utiliser</text:span> les styles <text:span text:style-name="T43">définis</text:span></text:h>
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<text:p text:style-name="P9"><text:span text:style-name="T7">C</text:span>haque <text:span text:style-name="T52">élément</text:span> qui compose le document doit être lié à un style bien précis : les titres, les figures, les bibliographies…</text:p>
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<text:p text:style-name="P9">Pour appliquer le style (taille et police) qui correspond, il suffit de se positionner sur la ligne ou bien de sélectionner la chaîne de caractères et dans le bandeau en haut en gauche du menu de sélectionner le style correspondant. Ainsi, le style lui sera automatiquement appliqué. <text:span text:style-name="T7">Il est important de respecter le style fourni ; non seulement </text:span><text:span text:style-name="T40">l’homogénéité des</text:span> numérotation<text:span text:style-name="T43">s</text:span> de<text:span text:style-name="T40">s</text:span> titres, sous-titres, figures est respectée, <text:span text:style-name="T7">mais </text:span><text:span text:style-name="T54">cela</text:span><text:span text:style-name="T7"> garanti</text:span><text:span text:style-name="T54">t</text:span> <text:span text:style-name="T54">aussi </text:span>que <text:span text:style-name="T7">votre article soit homogène avec le reste de la conférence</text:span>.</text:p>
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<text:p text:style-name="P9"><text:span text:style-name="T52">Le document</text:span><text:span text:style-name="T41"> ne devrait quasiment pas </text:span><text:span text:style-name="T52">faire usage </text:span><text:span text:style-name="T41">de formatage direct. </text:span><text:span text:style-name="T52">L’option</text:span><text:span text:style-name="T45"> « </text:span><text:span text:style-name="T41">Effacer le formatage direct » </text:span><text:span text:style-name="T45">permet de </text:span><text:span text:style-name="T52">s’assurer que </text:span><text:span text:style-name="T45">les styles</text:span> <text:span text:style-name="T52">définis sont bien </text:span><text:span text:style-name="T54">appliqués sans modifications</text:span><text:span text:style-name="T45">.</text:span></text:p>
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<text:h text:style-name="Heading_20_2" text:outline-level="2"><text:span text:style-name="T20">P</text:span>olices</text:h>
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<text:p text:style-name="_2d__3e__20_JRES">La police de base est de type Liberation Serif en 1<text:span text:style-name="T1">2</text:span> points.</text:p>
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<text:p text:style-name="P6"><text:span text:style-name="T12">Les titres </text:span><text:span text:style-name="T14">utilisent, selon la section, des déclinaisons de </text:span><text:span text:style-name="T16">Liberation Sans </text:span><text:span text:style-name="T17">de 20, 14 et 12 points </text:span>avec numérotation arabe, rappel du numéro de section et séparation par un point. L<text:span text:style-name="T14">a </text:span>couleur <text:span text:style-name="T15">bleu sombre RGB (0,51,95), #00335F</text:span> <text:span text:style-name="T14">est utilisée</text:span>.</text:p>
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<text:p text:style-name="Standard">Les titres de niveaux inférieurs <text:span text:style-name="T14">à 3 </text:span>sont à éviter, pour des raisons de lisibilité.</text:p>
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<text:p text:style-name="P32">Le code source est Liberation Mono 8 points.</text:p>
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<text:p text:style-name="P32">L’utilisation du style approprié ajoute le cadre et grise le fond.</text:p>
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<text:p text:style-name="Standard">Les notes de bas de page sont en 8 points<text:note text:id="ftn1" text:note-class="footnote"><text:note-citation>1</text:note-citation><text:note-body>
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<text:p text:style-name="P28">Comme ceci</text:p></text:note-body></text:note>.</text:p>
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<text:h text:style-name="Heading_20_2" text:outline-level="2"><text:soft-page-break/>Typographie</text:h>
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<text:p text:style-name="Standard">Les auteurs s’attacheront, dans la mesure du possible, à respecter les règles typographiques françaises.</text:p>
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<text:p text:style-name="P3">En particulier, ils veilleront à utiliser des espaces insécables avant les ponctuations hautes (; : ! ?) et des guillemets français (<text:span text:style-name="T3">«»</text:span>).</text:p>
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<text:p text:style-name="Standard">Il est suggéré aux auteurs de lire les leçons de typographie <text:bookmark-ref text:reference-format="number-all-superior" text:ref-name="__RefNumPara__1586_302321950">[1]</text:bookmark-ref><text:s/>de Jacques André.</text:p>
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<text:h text:style-name="Heading_20_2" text:outline-level="2">Bibliographie</text:h>
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<text:p text:style-name="Standard">La bibliographie sera réalisée avec le style « Bibliographie – Liste de références » avec des numéros et dans l’ordre d’apparition dans le texte.</text:p>
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<text:p text:style-name="Standard">Pour faire référence à un élément de cette liste, il faut insérer un « Renvoi » en sélectionnant dans la partie « Paragraphes numérotés » le numéro de la référence de cet élément, par exemple <text:bookmark-ref text:reference-format="number-all-superior" text:ref-name="__RefNumPara__1569_302321950">Erreur : source de la référence non trouvée</text:bookmark-ref>.</text:p>
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<text:list xml:id="list1566743610" text:style-name="L1">
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P74">Pour les articles d’une revue, on indiquera obligatoirement les auteurs, le titre de l’article, la revue, le numéro, le volume, l’année et le mois. Voir <text:bookmark-ref text:reference-format="number-all-superior" text:ref-name="__RefNumPara__1569_302321950">Erreur : source de la référence non trouvée</text:bookmark-ref>.</text:p>
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</text:list-item>
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P74">Pour les articles dans les actes d’un congrès, on mentionnera obligatoirement les auteurs, le titre de l’article, le titre des actes, l’année. Voir <text:bookmark-ref text:reference-format="number-all-superior" text:ref-name="__RefNumPara__2647_302321950">Erreur : source de la référence non trouvée</text:bookmark-ref> : (le mois et le lieu sont facultatifs mais conseillés).</text:p>
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</text:list-item>
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P74">Pour les livres, on citera obligatoirement le ou les auteurs, le titre, l’éditeur et l’année (il est conseillé de rajouter le lieu d’édition) <text:bookmark-ref text:reference-format="number-all-superior" text:ref-name="__RefNumPara__2649_302321950">Erreur : source de la référence non trouvée</text:bookmark-ref>.</text:p>
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</text:list-item>
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</text:list>
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<text:h text:style-name="Heading_20_2" text:outline-level="2">Adresses électroniques</text:h>
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<text:p text:style-name="Standard">Pour diminuer les risques de moissonnage, aucune adresse mail ne figurera dans l’article.</text:p>
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<text:p text:style-name="Standard">Pour les références à des pages web, il conviendra d’utiliser le menu « Insertion/Hyperlien » disponible dans le menu de LibreOffice, par exemple comme ceci : <text:a xlink:type="simple" xlink:href="http://www.jres.org/" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">http://www.jres.org</text:a>.</text:p>
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<text:h text:style-name="Heading_20_1" text:outline-level="1">Mise en page</text:h>
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<text:p text:style-name="P31">Tout comme le respect des règles de typographie, la mise en page du document est parfois négligée. Un document soigné augmente le confort de lecture et permet de se concentrer sur le fond plutôt que la forme : <text:span text:style-name="T59">l’</text:span>article n’en sera que plus apprécié.</text:p>
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<text:h text:style-name="P43" text:outline-level="2">Marques de formatage</text:h>
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<text:p text:style-name="P5"><text:span text:style-name="T9">Pour s’assurer d’une bonne qualité de </text:span><text:span text:style-name="T36">composition</text:span><text:span text:style-name="T9"> </text:span><text:span text:style-name="T36">du document</text:span><text:span text:style-name="T9">, </text:span><text:span text:style-name="T37">il est conseillé d’</text:span><text:span text:style-name="T42">utiliser</text:span><text:span text:style-name="T37"> </text:span>l’a<text:span text:style-name="T36">ffichage des marques de formatage</text:span><text:span text:style-name="T9">. </text:span><text:span text:style-name="T42">Son activation</text:span><text:span text:style-name="T9"> </text:span>permet de <text:span text:style-name="T42">mieux </text:span>détecter quelques erreurs <text:span text:style-name="T42">souvent </text:span><text:span text:style-name="T9">peu visibles (doubles espaces, </text:span><text:span text:style-name="T5">retours de lignes ou </text:span><text:span text:style-name="T9">caractères parasites).</text:span></text:p>
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<text:p text:style-name="P26"><draw:frame draw:style-name="fr1" draw:name="Image8" text:anchor-type="char" svg:width="0.847cm" svg:height="1.323cm" draw:z-index="0"><draw:image draw:mime-type="image/png">
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</office:binary-data>
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</draw:image>
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</draw:frame><text:span text:style-name="T43">Figure </text:span><text:span text:style-name="T43"><text:sequence text:ref-name="refFigure0" text:name="Figure" text:formula="ooow:Figure+1" style:num-format="1">2</text:sequence></text:span><text:span text:style-name="T43"><text:s/>– Bouton du bandeau supérieur à activer</text:span></text:p>
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<text:h text:style-name="Heading_20_2" text:outline-level="2"><text:soft-page-break/>Figures</text:h>
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<text:p text:style-name="P4">Les figures sont de préférence insérées à proximité du texte qui y fait référence. Elles sont numérotées et suivies d’une légende explicite, en italique, non gras, à l’aide du style « Légende – <text:span text:style-name="T39">Figure</text:span> ». Le texte <text:span text:style-name="T59">peut alors y </text:span>fai<text:span text:style-name="T59">re</text:span> référence <text:span text:style-name="T59">ainsi</text:span> : <text:sequence-ref text:reference-format="category-and-value" text:ref-name="ref0">Erreur : source de la référence non trouvée</text:sequence-ref>. Il est déconseillé de créer des liens d’objets dynamiques. Il conviendra plutôt d’utiliser le menu « Insertion/Image » disponible dans le menu de LibreOffice.</text:p>
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<text:p text:style-name="P4">En cas d’insertion de figure contenant des couleurs, il est souhaitable d’en assurer la lisibilité sur une imprimante noir et blanc.</text:p>
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<text:h text:style-name="P42" text:outline-level="2">Puces et listes numérotées</text:h>
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<text:p text:style-name="P9">Si les styles « Puce 1 » et « Liste » <text:span text:style-name="T59">sont utilisés</text:span>, voici quelques exemples qu’il est utile de rappeler et de respecter.</text:p>
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<text:p text:style-name="P9">Que ce soit pour les puces ou les listes numérotées, il est conseillé de n’utiliser que deux niveaux.</text:p>
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<text:list xml:id="list1267272348" text:style-name="List_20_2">
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P50">exemple de niveau 1 pour les puces (style « Liste à puces ») ;</text:p>
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<text:list>
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P50"><text:span text:style-name="T3">e</text:span>xemple de niveau 2 pour les puces (style « Liste à puces – Niveau 2 ») ;</text:p>
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</text:list-item>
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</text:list>
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</text:list-item>
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P50">deuxième exemple de niveau 1 pour les puces.</text:p>
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</text:list-item>
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</text:list>
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<text:list xml:id="list2380330063" text:style-name="L2">
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P75">exemple de niveau 1 pour les listes numérotées (style « Liste numérotée ») ;</text:p>
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<text:list>
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P75">exemple de niveau 2 pour les listes numérotées (style « Liste numérotée – Niveau 2 ») ;</text:p>
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</text:list-item>
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P75">deuxième exemple de niveau 2 pour les listes numérotées ;</text:p>
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</text:list-item>
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</text:list>
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</text:list-item>
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P76">deuxième exemple de niveau 1 pour les listes numérotées.</text:p>
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</text:list-item>
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</text:list>
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<text:p text:style-name="P30">Annexe</text:p>
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<text:p text:style-name="Standard">Les auteurs ajoutent, si nécessaire, une annexe avec une section non numérotée.</text:p>
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<text:p text:style-name="Titre_20_Bibliographie">Bibliographie</text:p>
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<text:list xml:id="list1713884191" text:style-name="Numbering_20_4">
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P57"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__1586_302321950"/><text:span text:style-name="Strong_20_Emphasis"><text:span text:style-name="T86">Langella O</text:span></text:span><text:span text:style-name="T86">, </text:span><text:span text:style-name="Strong_20_Emphasis"><text:span text:style-name="T86">Rusconi F</text:span></text:span><text:span text:style-name="T86">. </text:span>mineXpert2: Full-Depth Visualization and Exploration of MSn Mass Spectrometry Data. <text:span text:style-name="Emphasis">J. Am. Soc. Mass Spectrom.,</text:span> 4 (32) 1138-114, <text:span text:style-name="T81">mars 2021 ; </text:span><text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://doi.org/10.1021/jasms.0c00402" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link"><text:span text:style-name="T81">https://doi.org/10.1021/jasms.0c00402</text:span></text:a><text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__1586_302321950"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P57"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4219_4199412181"/>Rusconi F. Free Open Source Software for Protein and Peptide Mass Spectrometry- based Science. Curr Protein Pept Sci, 2 (22) 134-147, 2021 ; https://doi.org/10.2174/1389203722666210118160946<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4219_4199412181"/></text:p>
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</text:list-item>
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P57"><text:span text:style-name="Strong_20_Emphasis"><text:span text:style-name="T86">Rusconi F</text:span></text:span><text:span text:style-name="T86">. </text:span>Free Open Source Software for Protein and Peptide Mass Spectrometry- based Science. <text:span text:style-name="Emphasis">Curr Protein Pept Sci,</text:span> 2 (22) 134-147, <text:span text:style-name="T81">2021</text:span> ; https://doi.org/10.2174/1389203722666210118160946</text:p>
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<text:p text:style-name="P57"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4321_4199412181"/><text:span text:style-name="T86">Langella O. , Valot B., Jacob D., Balliau T., Flores R., Hoogland C., Joets J., Zivy M.. (2013) Management and dissemination of MS proteomic data with PROTICdb: Example of a quantitative comparison between methods of protein extraction. Proteomics, 9 (13) 1457-66</text:span><text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4321_4199412181"/></text:p>
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</text:list-item>
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P57">Valot B, Langella O, Nano E, Zivy M. MassChroQ: a versatile tool for mass spectrometry quantification. <text:span text:style-name="Emphasis">Proteomics,</text:span> 17 (11) 3572-3577, <text:span text:style-name="T81">juin 2011</text:span> ; <text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://doi.org/10.1002/pmic.201100120" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">https://doi.org/10.1002/pmic.201100120</text:a></text:p>
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<text:p text:style-name="P57"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4323_4199412181"/>Langella O, Rusconi F. mineXpert2: Full-Depth Visualization and Exploration of MSn Mass Spectrometry Data. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 4 (32) 1138-114, mars 2021 ; https://doi.org/10.1021/jasms.0c00402<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4323_4199412181"/></text:p>
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</text:list-item>
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<text:list-item>
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<text:p text:style-name="P57"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4176_4199412181"/>Langella O, Valot B, Balliau T, Blein-Nicolas M, Bonhomme L, Zivy M. X!TandemPipeline: A Tool to Manage Sequence Redundancy for Protein Inference and Phosphosite Identification. J. Proteome Res., 2 (16) 494-503, décembre 2016 ; <text:a xlink:type="simple" xlink:href="https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.6b00632" text:style-name="Internet_20_link" text:visited-style-name="Visited_20_Internet_20_Link">https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.6b00632</text:a><text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4176_4199412181"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P57">Van Den Bossche T, Kunath BJ, Schallert K, Schäpe SS, Abraham PE, Armengaud J, Arntzen M, Bassignani A, Benndorf D, Fuchs S, Giannone RJ, Griffin TJ, Hagen LH, Halder R, <text:span text:style-name="Strong_20_Emphasis"><text:span text:style-name="T86">Henry C</text:span></text:span><text:span text:style-name="T86">, Hettich RL, Heyer R, Jagtap P, Jehmlich N, Jensen M, Juste C, Kleiner M, </text:span><text:span text:style-name="Strong_20_Emphasis"><text:span text:style-name="T86">Langella O</text:span></text:span><text:span text:style-name="T86">,</text:span> Lehmann T, Leith E, May P, Mesuere B, Miotello G, Peters SL, Pible O, Queiros PT, Reichl U, Renard BY, Schiebenhoefer H, Sczyrba A, Tanca A, Trappe K, Trezzi JP, Uzzau S, Verschaffelt P, von Bergen M, Wilmes P, Wolf M, Martens L, Muth T. Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows. <text:span text:style-name="Emphasis">N</text:span><text:span text:style-name="Emphasis"><text:span text:style-name="T34">ature </text:span></text:span><text:span text:style-name="Emphasis"><text:s/>Commun</text:span><text:span text:style-name="Emphasis"><text:span text:style-name="T81">iations</text:span></text:span><text:span text:style-name="Emphasis">,</text:span> 1 (12) 7305, <text:span text:style-name="T81">décembre 2021</text:span> ; https://doi.org/10.1038/s41467-021-27542-8</text:p>
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<text:p text:style-name="P57"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4381_4199412181"/>Valot B, Langella O, Nano E, Zivy M. MassChroQ: a versatile tool for mass spectrometry quantification. Proteomics, 17 (11) 3572-3577, juin 2011 ; https://doi.org/10.1002/pmic.201100120<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4381_4199412181"/></text:p>
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<text:p text:style-name="P57"><text:bookmark-start text:name="__RefNumPara__4411_4199412181"/>Van Den Bossche T, Kunath BJ, Schallert K, Schäpe SS, Abraham PE, Armengaud J, Arntzen M, Bassignani A, Benndorf D, Fuchs S, Giannone RJ, Griffin TJ, Hagen LH, Halder R, Henry C, Hettich RL, Heyer R, Jagtap P, Jehmlich N, Jensen M, Juste C, Kleiner M, Langella O, Lehmann T, Leith E, May P, Mesuere B, Miotello G, Peters SL, Pible O, Queiros PT, Reichl U, Renard BY, Schiebenhoefer H, Sczyrba A, Tanca A, Trappe K, Trezzi JP, Uzzau S, Verschaffelt P, von Bergen M, Wilmes P, Wolf M, Martens L, Muth T. Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows. Nature <text:s/>Communiations, 1 (12) 7305, décembre 2021 ; https://doi.org/10.1038/s41467-021-27542-8<text:bookmark-end text:name="__RefNumPara__4411_4199412181"/></text:p>
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