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Encore un peu structure, sans prétention.

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Filippo Rusconi 3 months ago
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  1. 62
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62
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@ -21,15 +21,59 @@ activités de recherche scientifique et de développement logiciel.
La plateforme PAPPSO (plateforme...) de spectrométrie de masse pour la biologie
est destinée à fournir à ses usagers scientifiques des services complémentaires:
en premier lieu, la préparation de l'échantillon biologique, en deuxième lieu,
son analyse par spectrométrie de masse, en deuxième lieu, et enfin la fouille
des données expérimentales obtenues afin de fournir aux usagers des données
d'intérêt biologique immédiatement exploitables. La mise en œuvre des ces trois
services a requis la mise en place d'une infrastructure informatique permettant
1) l'enregistrement des caractéristiques détaillées de chacune des
étapes, 2) le stockage des données et leur transfert sur les postes de travail
des différents intervenants, 3) le traitement des données (fouille des données
et analyses statistiques), 4) le stockage de toutes les données produites dans
un dépôt accessible aux usagers.
son analyse par spectrométrie de masse et enfin la fouille des données
expérimentales obtenues afin de fournir aux usagers des données d'intérêt
biologique immédiatement exploitables. La mise en œuvre des ces trois services a
requis la mise en place d'une infrastructure informatique permettant un traçage
continu de chaque étape avec stockage des paramètres et des résultats à chaque
instant.
Infrastructure
--------------
L'infrastructure informatique dont le socle est un réseau interne au laboratoire
est constituée des élements suivants:
.
.
.
Dans ce contexte, l'emploi exclusif de logiciels libres garantit ceci, cela et
encore autre chose. Ainsi, nous limitons la dépendance vis-à-vis d'éditeurs de
logiciels dont les produits ont cet inconvénient et cet autre inconvénient
encore. Le succès de notre démarche est lié à ceci et cela et nous permet de
faire la suite.
Logiciels métier
----------------
- Gestion documentaire (sourcesup, git)
- Interfaçage instruments (proteowizard, pappsomspp, expérience Bruker)
- Science à proprement parler (visualisation/fouille des données, explorations
statistiques, production des résultats, mises en oeuvre par notre suite
logicielle)
Bilans
------
Je pense que c'est ici qu'il faut faire la morale en montrant que la morale
colle bien avec efficacité technique et production scientifique
Ainsi,
1)
l'enregistrement des caractéristiques détaillées de chacune des étapes, 2) le
stockage des données et leur transfert sur les postes de travail des différents
intervenants, 3) le traitement des données (fouille des données et analyses
statistiques), 4) le stockage de toutes les données produites dans un dépôt
accessible aux usagers.
1) Chaque étape du processus analytique est minutieusement documentée et --- dès
que possible --- standardisée de manière à nous approcher autant que possible

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