Encore un peu structure, sans prétention.
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@ -21,15 +21,59 @@ activités de recherche scientifique et de développement logiciel.
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La plateforme PAPPSO (plateforme...) de spectrométrie de masse pour la biologie
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est destinée à fournir à ses usagers scientifiques des services complémentaires:
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en premier lieu, la préparation de l'échantillon biologique, en deuxième lieu,
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son analyse par spectrométrie de masse, en deuxième lieu, et enfin la fouille
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des données expérimentales obtenues afin de fournir aux usagers des données
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d'intérêt biologique immédiatement exploitables. La mise en œuvre des ces trois
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services a requis la mise en place d'une infrastructure informatique permettant
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1) l'enregistrement des caractéristiques détaillées de chacune des
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étapes, 2) le stockage des données et leur transfert sur les postes de travail
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des différents intervenants, 3) le traitement des données (fouille des données
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et analyses statistiques), 4) le stockage de toutes les données produites dans
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un dépôt accessible aux usagers.
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son analyse par spectrométrie de masse et enfin la fouille des données
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expérimentales obtenues afin de fournir aux usagers des données d'intérêt
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biologique immédiatement exploitables. La mise en œuvre des ces trois services a
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requis la mise en place d'une infrastructure informatique permettant un traçage
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continu de chaque étape avec stockage des paramètres et des résultats à chaque
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instant.
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Infrastructure
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L'infrastructure informatique dont le socle est un réseau interne au laboratoire
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est constituée des élements suivants:
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Dans ce contexte, l'emploi exclusif de logiciels libres garantit ceci, cela et
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encore autre chose. Ainsi, nous limitons la dépendance vis-à-vis d'éditeurs de
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logiciels dont les produits ont cet inconvénient et cet autre inconvénient
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encore. Le succès de notre démarche est lié à ceci et cela et nous permet de
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faire la suite.
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Logiciels métier
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- Gestion documentaire (sourcesup, git)
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- Interfaçage instruments (proteowizard, pappsomspp, expérience Bruker)
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- Science à proprement parler (visualisation/fouille des données, explorations
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statistiques, production des résultats, mises en oeuvre par notre suite
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logicielle)
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Bilans
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Je pense que c'est ici qu'il faut faire la morale en montrant que la morale
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colle bien avec efficacité technique et production scientifique
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Ainsi,
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1)
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l'enregistrement des caractéristiques détaillées de chacune des étapes, 2) le
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stockage des données et leur transfert sur les postes de travail des différents
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intervenants, 3) le traitement des données (fouille des données et analyses
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statistiques), 4) le stockage de toutes les données produites dans un dépôt
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accessible aux usagers.
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1) Chaque étape du processus analytique est minutieusement documentée et --- dès
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que possible --- standardisée de manière à nous approcher autant que possible
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