Quelques idées.

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@@ -8,6 +8,51 @@ présenter une démarche. Comment et pourquoi faire de utiliser des logiciels li
 
 # Plan
 
+Le logiciel libre --- de part sa nature même --- est un objet scientifique
+canonique en ce sens qu'il se décline sous trois formes inter-dépendantes: il
+constitue un outil pour la recherche scientifique, il est un produit de la
+recherche scientifique et enfin, il est un objet de recherche scientifique.
+
+Nous voulons montrer dans notre exposé comment la liberté logicielle a permis à
+notre plateforme, d'abord de bâtir une infrastructure informatique
+réseaux/serveurs robuste comme socle pour la mise en place ultérieure de nos
+activités de recherche scientifique et de développement logiciel.
+
+La plateforme PAPPSO (plateforme...) de spectrométrie de masse pour la biologie
+est destinée à fournir à ses usagers scientifiques des services complémentaires:
+en premier lieu, la préparation de l'échantillon biologique, en deuxième lieu,
+son analyse par spectrométrie de masse, en deuxième lieu, et enfin la fouille
+des données expérimentales obtenues afin de fournir aux usagers des données
+d'intérêt biologique immédiatement exploitables. La mise en œuvre des ces trois
+services a requis la mise en place d'une infrastructure informatique permettant
+1) l'enregistrement des caractéristiques détaillées de chacune des
+étapes, 2) le stockage des données et leur transfert sur les postes de travail
+des différents intervenants, 3) le traitement des données (fouille des données
+et analyses statistiques), 4) le stockage de toutes les données produites dans
+un dépôt accessible aux usagers.
+
+1) Chaque étape du processus analytique est minutieusement documentée et --- dès
+que possible --- standardisée de manière à nous approcher autant que possible
+d'un objectif désormais central dans la démarche scientifique: la recherche
+reproductible (git / sourcesup);
+
+2) Les données de spectrométrie de masse sont massives et requièrent pour leur
+stockage et leur traitement une infrastructure informatique robuste (ceph,
+serveurs de calcul);
+
+3) Le traitement des données impose une utilisation massive de logiciels conçus
+pour leur majorité au sein de PAPPSO. Le développement et la maintenance de
+toute une gamme de logiciels libres pour la spectrométrie de masse est l'une des
+caractéristiques saillantes qui font l'originalité de PAPPSO en France.
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+4) Les données brutes et les données issues de nos analyses sont stockées dans
+un dépôt qui permet leur sauvegarde au long cours et leur recherche par les
+usagers.
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 * introduire le logiciel libre, mariage science / ouverture du code (recherche reproductible),  public money public code, obligation éthique en science, pérennité, investissement rentable
 * contexte de la plateforme : fabricants de spectromètres, éditeurs de logiciels scientifique. Adaptation permanente, incompatibilité des logiciels entre eux, perte d'expertise lors des changements de versions ou d'éditeur, analyse entre projets ou sur la durée difficile, coût des licences, maintenance, postes dédiés, nombre d'utilisateur restreint, nombre de CPU restreint.
 * Expérience PAPPSO en 15 ans d'engagement FOSS : réinvestissement des gains en licence vers l'infrastructure, maitrise du déploiement, maitrise du SI matériel et logiciel, développements à façon, rationalisation des flux de données (production, analyse, archivage), réutilisation des données, compatibilité. Adaptation permanente à l'émergence de nouvelles techniques : comment PAPPSO a pu grâce aux logiciels libres, s'adapter et monter en puissance. gel2D, analyses shotgun, haut débit, explosion des données, métaprotéomique, mobilité ionique...